More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1612 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1612  phosphoheptose isomerase  100 
 
 
195 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.94358  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1600  phosphoheptose isomerase  90.1 
 
 
194 aa  328  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4510  phosphoheptose isomerase  85.34 
 
 
195 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5671  phosphoheptose isomerase  65.61 
 
 
198 aa  248  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.1409 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1068  phosphoheptose isomerase  60 
 
 
197 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1296  phosphoheptose isomerase  60.53 
 
 
197 aa  234  6e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2295  phosphoheptose isomerase  48.45 
 
 
197 aa  192  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.715757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3291  phosphoheptose isomerase  48.45 
 
 
197 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3277  phosphoheptose isomerase  51.7 
 
 
192 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3242  phosphoheptose isomerase  51.7 
 
 
192 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544428  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2173  phosphoheptose isomerase  51.7 
 
 
192 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1067  phosphoheptose isomerase  51.7 
 
 
192 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0533  phosphoheptose isomerase  51.7 
 
 
192 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.436359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0321  phosphoheptose isomerase  55.36 
 
 
199 aa  191  7e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0688781  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0582  phosphoheptose isomerase  57.82 
 
 
208 aa  186  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.244141 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1410  phosphoheptose isomerase  52.73 
 
 
186 aa  186  2e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3592  phosphoheptose isomerase  55 
 
 
189 aa  186  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.020908  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1609  phosphoheptose isomerase  45.41 
 
 
201 aa  184  7e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1423  phosphoheptose isomerase  45.41 
 
 
201 aa  184  7e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.831164  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1756  phosphoheptose isomerase  45.45 
 
 
198 aa  184  9e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.174844  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0573  phosphoheptose isomerase  50.6 
 
 
195 aa  183  1.0000000000000001e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0579  phosphoheptose isomerase  57.64 
 
 
186 aa  183  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1166  phosphoheptose isomerase  56.38 
 
 
186 aa  183  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.489496  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2619  phosphoheptose isomerase  52.69 
 
 
280 aa  180  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1285  phosphoheptose isomerase  57.89 
 
 
210 aa  180  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.939986  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1285  phosphoheptose isomerase  55.7 
 
 
186 aa  179  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4312  phosphoheptose isomerase  50 
 
 
195 aa  179  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0478  phosphoheptose isomerase  55.7 
 
 
186 aa  180  2e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0402  phosphoheptose isomerase  49.43 
 
 
186 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.575218  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0770  phosphoheptose isomerase  52.12 
 
 
187 aa  178  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0059313 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1275  phosphoheptose isomerase  55.94 
 
 
212 aa  176  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1338  phosphoheptose isomerase  53.85 
 
 
194 aa  176  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0578  phosphoheptose isomerase  48.59 
 
 
189 aa  175  3e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.711121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0406  phosphoheptose isomerase  50.51 
 
 
195 aa  175  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2381  phosphoheptose isomerase  52.2 
 
 
197 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0245  phosphoheptose isomerase  52.67 
 
 
188 aa  173  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0978  phosphoheptose isomerase  52.38 
 
 
196 aa  171  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0530392  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3096  phosphoheptose isomerase  51.57 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286369  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2087  phosphoheptose isomerase  56.46 
 
 
189 aa  169  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0920  phosphoheptose isomerase  50.94 
 
 
189 aa  169  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0298186  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1812  phosphoheptose isomerase  49.7 
 
 
188 aa  169  3e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3114  phosphoheptose isomerase  44.39 
 
 
191 aa  168  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.169945 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0031  phosphoheptose isomerase  44.79 
 
 
200 aa  167  9e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000157257  hitchhiker  0.0000000939635 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0237  phosphoheptose isomerase  56.29 
 
 
191 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.522825 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3790  phosphoheptose isomerase  50.61 
 
 
200 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3206  phosphoheptose isomerase  50 
 
 
204 aa  166  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2104  phosphoheptose isomerase  45.36 
 
 
198 aa  166  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.375307  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3264  phosphoheptose isomerase  50 
 
 
195 aa  166  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409403  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2605  phosphoheptose isomerase  50 
 
 
188 aa  166  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2319  phosphoheptose isomerase  50.98 
 
 
196 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2370  phosphoheptose isomerase  50.98 
 
 
196 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000861187  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2354  phosphoheptose isomerase  50.93 
 
 
199 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0035  phosphoheptose isomerase  44.79 
 
 
210 aa  165  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0672429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1712  phosphoheptose isomerase  45.99 
 
 
192 aa  165  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.15186e-21 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0721  phosphoheptose isomerase  47.02 
 
 
193 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2507  phosphoheptose isomerase  51.63 
 
 
192 aa  164  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.211977  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1369  phosphoheptose isomerase  50.99 
 
 
197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3874  phosphoheptose isomerase  46.43 
 
 
197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1897  phosphoheptose isomerase  51.57 
 
 
192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.638192  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3429  phosphoheptose isomerase  49.36 
 
 
195 aa  161  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102889  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1225  phosphoheptose isomerase  53.29 
 
 
195 aa  161  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.234834  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2864  phosphoheptose isomerase  47.59 
 
 
189 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412375  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0414  phosphoheptose isomerase  47.62 
 
 
189 aa  160  1e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.113258  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0124  phosphoheptose isomerase  46.63 
 
 
195 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0144  sugar isomerase (SIS)  44.32 
 
 
198 aa  159  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0523  phosphoheptose isomerase  55.7 
 
 
207 aa  159  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1745  phosphoheptose isomerase  48 
 
 
199 aa  158  4e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0930264 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1118  phosphoheptose isomerase  43.71 
 
 
194 aa  158  5e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3356  phosphoheptose isomerase  43.16 
 
 
197 aa  157  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03359  phosphoheptose isomerase  42.19 
 
 
198 aa  157  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0392  phosphoheptose isomerase  44.1 
 
 
199 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.880276  normal  0.0515398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0354  phosphoheptose isomerase  43.78 
 
 
210 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0271  phosphoheptose isomerase  42.11 
 
 
196 aa  156  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000156445  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0717  phosphoheptose isomerase  44.79 
 
 
356 aa  156  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2311  phosphoheptose isomerase  42.86 
 
 
208 aa  156  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.720425  normal  0.582035 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3727  glycosyl transferase group 1  48.1 
 
 
672 aa  156  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121085  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0350  phosphoheptose isomerase  42.11 
 
 
195 aa  155  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0433035  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1270  phosphoheptose isomerase  46.41 
 
 
196 aa  155  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0237  phosphoheptose isomerase  48.75 
 
 
193 aa  155  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4253  phosphoheptose isomerase  42.11 
 
 
197 aa  155  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00003184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1323  phosphoheptose isomerase  45.51 
 
 
195 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.419202  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3621  phosphoheptose isomerase  49.01 
 
 
193 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4401  phosphoheptose isomerase  45.51 
 
 
197 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.152156 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4525  phosphoheptose isomerase  45.51 
 
 
197 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0250  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  154  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.851625  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0931  phosphoheptose isomerase  44.87 
 
 
197 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0225  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  154  9e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0706313  normal  0.114772 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0298  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  154  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4115  phosphoheptose isomerase  44.87 
 
 
197 aa  153  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.726909  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4686  phosphoheptose isomerase  45.51 
 
 
197 aa  153  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.493935  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3686  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0259  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3882  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.118064 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4071  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4101  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3991  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3694  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  153  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.456591  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0387  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  152  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.889842  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4189  phosphoheptose isomerase  41.58 
 
 
197 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0272  phosphoheptose isomerase  43.88 
 
 
199 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>