173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1397 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1397  amidohydrolase 2  100 
 
 
289 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.70619  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1417  amidohydrolase 2  96.89 
 
 
289 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4678  amidohydrolase 2  94.12 
 
 
289 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1655  putative amidohydrolase  87.72 
 
 
294 aa  501  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1611  amidohydrolase 2  62.85 
 
 
299 aa  358  5e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0275  amidohydrolase 2  58.48 
 
 
287 aa  355  5e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000138051  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4401  amidohydrolase 2  58.48 
 
 
288 aa  355  5.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4901  amidohydrolase 2  63.6 
 
 
293 aa  352  4e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0686596  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4537  amidohydrolase 2  55.9 
 
 
295 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136824  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0606  amidohydrolase 2  57.19 
 
 
291 aa  349  3e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.47355 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4025  amidohydrolase 2  60.69 
 
 
294 aa  345  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0646692  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1557  amidohydrolase 2  58.42 
 
 
289 aa  338  5.9999999999999996e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0376  amidohydrolase 2  59.72 
 
 
286 aa  334  9e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0995  amidohydrolase 2  55.05 
 
 
287 aa  334  1e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2836  amidohydrolase 2  54.17 
 
 
291 aa  330  1e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.192303  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4144  amidohydrolase 2  52.84 
 
 
297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.46392  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3823  amidohydrolase 2  50.53 
 
 
297 aa  293  3e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4952  amidohydrolase 2  49.14 
 
 
300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.260366 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2868  amidohydrolase 2  50.18 
 
 
290 aa  279  4e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.341603  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4775  amidohydrolase 2  48.25 
 
 
298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4394  amidohydrolase 2  48.59 
 
 
298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4481  amidohydrolase 2  48.59 
 
 
298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2871  amidohydrolase 2  38.3 
 
 
289 aa  208  7e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1017  amidohydrolase 2  36.33 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0756102  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2837  amidohydrolase 2  40.85 
 
 
269 aa  194  2e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0179  amidohydrolase 2  37.04 
 
 
294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0918  amidohydrolase 2  30.77 
 
 
265 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146298  normal  0.0660058 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0364  amidohydrolase 2  33.62 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1278  amidohydrolase family protein  30.95 
 
 
276 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00759688  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2856  amidohydrolase 2  35.07 
 
 
270 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3097  amidohydrolase 2  34.6 
 
 
279 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0495  amidohydrolase 2  30.48 
 
 
278 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2147  amidohydrolase 2  34.74 
 
 
286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1437  amidohydrolase 2  31.42 
 
 
277 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2759  amidohydrolase 2  31.58 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.82576  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1435  amidohydrolase 2  36.32 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2819  amidohydrolase 2  34.72 
 
 
282 aa  112  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1590  amidohydrolase 2  29.02 
 
 
276 aa  112  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00255924  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1757  amidohydrolase 2  30.66 
 
 
293 aa  112  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000243959  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4940  amidohydrolase 2  31 
 
 
305 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207078  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4910  amidohydrolase 2  30.48 
 
 
279 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.177504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1842  amidohydrolase 2  30.83 
 
 
279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2231  amidohydrolase 2  30.09 
 
 
300 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211376  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6447  amidohydrolase 2  34.12 
 
 
286 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469414  unclonable  4.69579e-18 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4417  amidohydrolase 2  29.33 
 
 
286 aa  104  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3852  amidohydrolase 2  29.1 
 
 
283 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13544  hypothetical protein  32.08 
 
 
278 aa  102  9e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.70136e-92  hitchhiker  0.000000875537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2538  putative amidohydrolase  26.51 
 
 
283 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.332826 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4198  amidohydrolase 2  32.27 
 
 
293 aa  97.1  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.200057  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2574  amidohydrolase 2  28.05 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000906856  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3788  amidohydrolase 2  28.44 
 
 
313 aa  94.7  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0676519  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3599  amidohydrolase 2  28.12 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0548656  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1562  amidohydrolase 2  31.22 
 
 
285 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216517  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12326  antibiotic-resistance protein  24.83 
 
 
307 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5612  amidohydrolase 2  29.28 
 
 
277 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8361  amidohydrolase 2  28.69 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8667  amidohydrolase 2  29.57 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1776  amidohydrolase 2  29.12 
 
 
277 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.938541  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1823  amidohydrolase 2  29.12 
 
 
277 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.979278  normal  0.694594 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5104  amidohydrolase 2  31.28 
 
 
294 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.361285  normal  0.325348 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4348  amidohydrolase 2  29.78 
 
 
279 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2701  amidohydrolase 2  27.82 
 
 
291 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1757  amidohydrolase 2  28.57 
 
 
277 aa  87  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.990764  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1607  amidohydrolase 2  29.25 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3529  hypothetical protein  26.97 
 
 
287 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1996  amidohydrolase 2  28.65 
 
 
279 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3173  amidohydrolase 2  26.03 
 
 
287 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.820351  normal  0.79914 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2032  amidohydrolase 2  29.61 
 
 
283 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2839  amidohydrolase 2  25.93 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.975955  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1297  amidohydrolase family protein  29.81 
 
 
262 aa  77  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0950172  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2657  amidohydrolase 2  24.44 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.840659  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2684  amidohydrolase 2  24.66 
 
 
287 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0499  amidohydrolase 2  25.52 
 
 
271 aa  74.7  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2575  amidohydrolase  27.23 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5107  amidohydrolase 2  25.93 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.433963  normal  0.583494 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0561  amidohydrolase 2  27.23 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0928  hypothetical protein  25 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0547  amidohydrolase 2  28.89 
 
 
285 aa  72  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2759  amidohydrolase 2  27.83 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.457931  normal  0.0590433 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3033  amidohydrolase 2  26.7 
 
 
246 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277355  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2944  amidohydrolase 2  27.96 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19972  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3150  amidohydrolase 2  23.89 
 
 
334 aa  69.3  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.992513  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2603  hypothetical protein  25.1 
 
 
339 aa  67.8  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0307  amidohydrolase 2  26.94 
 
 
279 aa  67.8  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.150485 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2838  amidohydrolase 2  23.89 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0085644  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43860  Amidohydrolase  28.12 
 
 
283 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.106274  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2642  amidohydrolase 2  25.62 
 
 
338 aa  67  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.25369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3634  putative amidohydrolase  25.88 
 
 
345 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645114  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0855  amidohydrolase 2  29.28 
 
 
280 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000589459  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4405  amidohydrolase 2  24.34 
 
 
341 aa  66.6  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  0.290728 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1291  amidohydrolase 2  27.93 
 
 
288 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.127908  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1455  hypothetical protein  24.58 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00169486  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1233  hypothetical protein  26.12 
 
 
283 aa  65.1  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.047212  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2287  amidohydrolase 2  26.2 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0025243  decreased coverage  0.0000165 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1748  amidohydrolase 2  25.75 
 
 
347 aa  64.7  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00750  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  30.41 
 
 
300 aa  64.3  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3496  amidohydrolase 2  25.54 
 
 
336 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0664  amidohydrolase 2  23.01 
 
 
334 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1256  amidohydrolase 2  26.64 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00133666  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0926  amidohydrolase 2  26.75 
 
 
358 aa  63.5  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.514632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>