More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1313 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1313  phosphoglycerate mutase  100 
 
 		 202 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1141  phosphoglycerate mutase  73.85 
 
 		 197 aa  293  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1393  Phosphoglycerate mutase  72.96 
 
 		 197 aa  293  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0960696  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0769  phosphoglycerate mutase  60.1 
 
 		 197 aa  238  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.578842  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0628  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  59.16 
 
 		 197 aa  227  8e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.190097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2469  putative phosphoglycerate mutase  58.33 
 
 		 199 aa  225  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5852  Phosphoglycerate mutase  46.11 
 
 		 197 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.415555  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5329  phosphoglycerate mutase  47.62 
 
 		 197 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13512  normal  0.0708418 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4807  Phosphoglycerate mutase  45.88 
 
 		 198 aa  142  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000268692  normal  0.187033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4141  phosphoglycerate mutase  39.58 
 
 		 196 aa  138  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.287698 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5528  phosphoglycerate mutase  45.88 
 
 		 195 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00985867 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0513  phosphoglycerate mutase  41.67 
 
 		 194 aa  134  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1020  phosphoglycerate mutase  41.71 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0630  Phosphoglycerate mutase  40.51 
 
 		 196 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0549473 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0536  phosphoglycerate mutase  37.44 
 
 		 196 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0590  Phosphoglycerate mutase  41.85 
 
 		 196 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.57208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4289  phosphoglycerate mutase  44.62 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.808672 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0429  phosphoglycerate mutase family protein  37.95 
 
 		 217 aa  126  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4657  Phosphoglycerate mutase  44.62 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.2831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0728  phosphoglycerate mutase  35.93 
 
 		 195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2679  phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 		 196 aa  91.7  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2747  phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 		 196 aa  91.7  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2893  phosphoglycerate mutase  39.88 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.209877  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2551  Phosphoglycerate mutase  30.57 
 
 		 214 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1900  phosphoglycerate mutase  32.4 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  34.48 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  34.48 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1414  phosphoglycerate mutase  32.98 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1751  phosphoglycerate mutase  36.46 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0730001  normal  0.102833 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1152  phosphoglycerate mutase 1 family  28.71 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1088  Phosphoglycerate mutase  44.04 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0485  phosphoglycerate mutase  44.9 
 
 		 445 aa  78.2  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.081071 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  37.88 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0241  phosphoglycerate mutase  46.53 
 
 		 194 aa  77.8  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1608  Phosphoglycerate mutase  36.21 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.488896  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1847  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  31.07 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0233931  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0701  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  31.86 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2980  phosphoglycerate mutase  38.69 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1553  Phosphoglycerate mutase  34.36 
 
 		 200 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233017  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2812  phosphoglycerate mutase  39.38 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05721  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  31.07 
 
 		 442 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2449  phosphoglycerate mutase  43.14 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  36.76 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0808  Phosphoglycerate mutase  41.38 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0275634 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1079  phosphoglycerate mutase  38.31 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119918  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0960  phosphoglycerate mutase  38.31 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000442989  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2515  phosphoglycerate mutase  38.61 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.279517  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4242  phosphoglycerate mutase  30.43 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3452  phosphoglycerate mutase  32.82 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3085  Phosphoglycerate mutase  38.69 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.115286  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1967  Phosphoglycerate mutase  35.43 
 
 		 447 aa  72.8  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5474  Phosphoglycerate mutase  41.59 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1508  Phosphoglycerate mutase  39.82 
 
 		 459 aa  73.2  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.980913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1640  Phosphoglycerate mutase  40.18 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.794665  hitchhiker  0.00334648 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02509  phosphoglycerate mutase  43.12 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0300  Phosphoglycerate mutase  38.17 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1657  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  30.88 
 
 		 444 aa  72.8  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3445  phosphoglycerate mutase  42.74 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0141958 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  35.61 
 
 		 402 aa  71.6  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1105  phosphoglycerate mutase  32.54 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1438  bifunctional RNase H/acid phosphatase  41.54 
 
 		 378 aa  71.6  0.000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.246631  normal  0.0428381 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0069  broad-specificity phosphatase PhoE  37.4 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11490  fructose-2,6-bisphosphatase  38.32 
 
 		 226 aa  71.6  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317063 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2989  Phosphoglycerate mutase  30.81 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.30555e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1599  phosphoglycerate mutase  43.93 
 
 		 223 aa  71.2  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2169  putative phosphoglycerate mutase  44.23 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.376393  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3651  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  38.68 
 
 		 449 aa  70.9  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.79129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2181  phosphoglycerate mutase  36.7 
 
 		 452 aa  70.9  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.111968  normal  0.338284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5074  bifunctional RNase H/acid phosphatase  40 
 
 		 378 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0171562  normal  0.0167384 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2249  Phosphoglycerate mutase  40 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2516  Phosphoglycerate mutase  35.51 
 
 		 448 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0202  phosphoglycerate mutase  40.77 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0685  phosphoglycerate mutase  40.77 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1107  fructose-2;6-bisphosphatase  29.02 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3358  Phosphoglycerate mutase  43.12 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  34.16 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3578  Phosphoglycerate mutase  42.72 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100767 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0114  Phosphoglycerate mutase  27.59 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110333  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1234  phosphoglycerate mutase  37.43 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0911  Phosphoglycerate mutase  40 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0856  phosphoglycerate mutase  30.69 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3590  Phosphoglycerate mutase  30.66 
 
 		 448 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0571749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1597  Phosphoglycerate mutase  37.27 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0499  putative phosphoglycerate mutase 2 protein  35.42 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725562  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1298  Phosphoglycerate mutase  30.91 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000085953  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0435  putative phosphoglycerate mutase family protein  40.54 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0652  phosphoglycerate mutase  40.77 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0074  Phosphoglycerate mutase  34.1 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.107325  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10190  fructose-2,6-bisphosphatase  40.71 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.149459  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05171  putative alpha-ribazole-5'-P phosphatase  27.62 
 
 		 443 aa  68.6  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2892  bifunctional RNase H/acid phosphatase  38.35 
 
 		 356 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.816574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18180  fructose-2,6-bisphosphatase  37.59 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  43.12 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3483  Phosphoglycerate mutase  33.54 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.75677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0990  phosphoglyceromutase  31.16 
 
 		 206 aa  67.8  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0881  Phosphoglycerate mutase  37.59 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  42.2 
 
 		 226 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  38.93 
 
 		 411 aa  67  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  39.69 
 
 		 440 aa  67  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2350  phosphoglycerate mutase, putative  43.24 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>