243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1237 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1237  DNA-3-methyladenine glycosylase I  100 
 
 
217 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1116  DNA-3-methyladenine glycosylase I  88.94 
 
 
217 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.182535 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1255  DNA-3-methyladenine glycosylase I  86.85 
 
 
218 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.454095  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4332  DNA-3-methyladenine glycosylase I  78.54 
 
 
208 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.239227 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2705  DNA-3-methyladenine glycosylase I  79.1 
 
 
208 aa  343  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.176992  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2374  DNA-3-methyladenine glycosylase I  80.1 
 
 
208 aa  342  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.218826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4020  DNA-3-methyladenine glycosylase I  77.11 
 
 
208 aa  337  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1176  DNA-3-methyladenine glycosylase I  68.42 
 
 
207 aa  276  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0747  DNA-3-methyladenine glycosylase I  65.59 
 
 
198 aa  271  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.898824  normal  0.829388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1101  DNA-3-methyladenine glycosylase I  65.1 
 
 
198 aa  267  8e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1417  DNA-3-methyladenine glycosylase I  67.03 
 
 
223 aa  264  7e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.53524  normal  0.801121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4822  DNA-3-methyladenine glycosylase I  61.88 
 
 
213 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.724787 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4305  DNA-3-methyladenine glycosylase I  63.54 
 
 
209 aa  260  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3988  DNA-3-methyladenine glycosylase I  62.37 
 
 
221 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.138626  decreased coverage  0.000983487 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4674  DNA-3-methyladenine glycosylase I  63.02 
 
 
209 aa  259  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.818815  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6187  DNA-3-methyladenine glycosylase I  65.82 
 
 
209 aa  246  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6706  methyladenine glycosylase  64.29 
 
 
222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535788  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2400  DNA-3-methyladenine glycosylase I  62.76 
 
 
215 aa  241  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.385566  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0744  DNA-3-methyladenine glycosylase I  63.21 
 
 
195 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  60.77 
 
 
187 aa  235  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00154604  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0153  DNA-3-methyladenine glycosylase I  59.56 
 
 
194 aa  236  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0555  DNA-3-methyladenine glycosylase I  61.62 
 
 
214 aa  235  4e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870987  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1473  DNA-3-methyladenine glycosylase I  58.89 
 
 
190 aa  233  2.0000000000000002e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.333166  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2464  DNA-3-methyladenine glycosylase I  60.22 
 
 
192 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3064  DNA-3-methyladenine glycosylase 1  62.64 
 
 
189 aa  230  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0810  DNA-3-methyladenine glycosylase I  58.2 
 
 
192 aa  229  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0581984  hitchhiker  0.00269095 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0008  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.07 
 
 
187 aa  227  9e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0027  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.53 
 
 
189 aa  226  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0112451 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2514  DNA-3-methyladenine glycosylase I  54.69 
 
 
196 aa  225  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0495  DNA-3-methyladenine glycosylase I  56.91 
 
 
195 aa  226  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  59.02 
 
 
191 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0579886 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  59.02 
 
 
190 aa  225  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000602981 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0016  DNA-3-methyladenine glycosidase I  59.02 
 
 
191 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0011  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.14 
 
 
189 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00532682 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4364  DNA-3-methyladenine glycosylase I  55.73 
 
 
195 aa  224  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2619  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.78 
 
 
191 aa  224  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.3294  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0016  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.14 
 
 
196 aa  224  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000166004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2024  DNA-3-methyladenine glycosylase I  56.32 
 
 
194 aa  224  9e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.488047  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0018  DNA-3-methyladenine glycosylase I  58.47 
 
 
191 aa  223  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000168083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1887  DNA-3-methyladenine glycosylase I  60.34 
 
 
196 aa  221  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3245  DNA-3-methyladenine glycosylase I  58.33 
 
 
191 aa  220  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3581  DNA-3-methyladenine glycosylase I  59.78 
 
 
191 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4105  DNA-3-methyladenine glycosylase I  59.89 
 
 
192 aa  219  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0058  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.3 
 
 
194 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04565  DNA-3-methyladenine glycosidase I  59.89 
 
 
189 aa  219  3e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.902141  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0008  DNA-3-methyladenine glycosylase I  55.43 
 
 
186 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0014  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.38 
 
 
200 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000164435 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0014  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.38 
 
 
200 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0102454 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0570  DNA-3-methyladenine glycosylase I  51.63 
 
 
183 aa  218  6e-56  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.890211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3518  DNA-3-methyladenine glycosylase I  56.98 
 
 
202 aa  216  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.104093  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0010  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.38 
 
 
200 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3856  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50 
 
 
193 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0008  DNA-3-methyladenine glycosylase I  56.83 
 
 
198 aa  216  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2227  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.63 
 
 
199 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.62127  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1605  DNA-3-methyladenine glycosylase I  55.98 
 
 
186 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3837  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50 
 
 
193 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.363143  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3964  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50 
 
 
193 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.58086  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3921  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50 
 
 
193 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.696634 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4025  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50 
 
 
193 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.612137  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0014  DNA-3-methyladenine glycosylase I  56.83 
 
 
204 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3870  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  51.1 
 
 
187 aa  215  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3977  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  51.1 
 
 
187 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1686  DNA-3-methyladenine glycosylase  54.24 
 
 
212 aa  214  5.9999999999999996e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00244866  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0493  DNA-3-methyladenine glycosylase I  54.24 
 
 
204 aa  214  5.9999999999999996e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000244091  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0050  DNA-3-methyladenine glycosylase I  51.96 
 
 
190 aa  214  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.184428  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03399  3-methyl-adenine DNA glycosylase I, constitutive  50.55 
 
 
187 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1888  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.88 
 
 
200 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03350  hypothetical protein  50.55 
 
 
187 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0666  DNA-3-methyladenine glycosylase I protein  55.31 
 
 
190 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3094  DNA-3-methyladenine glycosylase I  54.97 
 
 
198 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0590  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.51 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.444252  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0567  DNA-3-methyladenine glycosylase I  57.14 
 
 
191 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.118693  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4925  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50.55 
 
 
187 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.571955  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3477  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.88 
 
 
188 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.112409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4549  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.88 
 
 
188 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3749  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50.55 
 
 
187 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4044  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50.55 
 
 
187 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0167  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50.55 
 
 
187 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00010  constitutive 3-methyl-adenine DNA glycosylase I  54.89 
 
 
202 aa  211  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0163  DNA-3-methyladenine glycosylase I  50.55 
 
 
187 aa  211  7.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0211  DNA-3-methyladenine glycosylase  52.22 
 
 
210 aa  209  2e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0491  DNA-3-methyladenine glycosylase I  55.43 
 
 
202 aa  208  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.902381  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1181  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.4 
 
 
198 aa  208  5e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2291  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.37 
 
 
186 aa  207  7e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1178  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.16 
 
 
198 aa  206  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00524762  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3701  DNA-3-methyladenine glycosylase I  51.87 
 
 
197 aa  206  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3785  DNA-3-methyladenine glycosylase  50.27 
 
 
190 aa  206  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0021  DNA-3-methyladenine glycosylase I  50.27 
 
 
190 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092391  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0794  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.89 
 
 
186 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0175  3-methyl-adenine DNA glycosylase I  50.55 
 
 
193 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1933  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.8 
 
 
193 aa  205  5e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4132  DNA-3-methyladenine glycosylase I  50.27 
 
 
190 aa  204  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0014  DNA-3-methyladenine glycosylase I  54.75 
 
 
194 aa  204  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000247076 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2862  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.28 
 
 
200 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0245  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.28 
 
 
200 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0227  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.28 
 
 
200 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0358  DNA-3-methyladenine glycosylase I  54.75 
 
 
191 aa  204  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0062  DNA-3-methyladenine glycosylase I  53.55 
 
 
183 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000318334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0064  DNA-3-methyladenine glycosylase I  50 
 
 
187 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0154  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.85 
 
 
200 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.951839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>