40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1198 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1198  hypothetical protein  100 
 
 
165 aa  329  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1069  hypothetical protein  90.3 
 
 
175 aa  302  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4979  protein of unknown function DUF1159  83.02 
 
 
159 aa  262  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160251  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2606  hypothetical protein  72.5 
 
 
209 aa  239  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.203976 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3228  hypothetical protein  69.81 
 
 
159 aa  234  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2320  hypothetical protein  75.69 
 
 
144 aa  224  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4371  hypothetical protein  68.35 
 
 
159 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0866118  normal  0.0388954 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3373  protein of unknown function DUF1159  43.71 
 
 
158 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.190252  normal  0.945495 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6940  hypothetical protein  43.42 
 
 
161 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3502  protein of unknown function DUF721  41.06 
 
 
158 aa  124  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7653  protein of unknown function DUF721  42.11 
 
 
162 aa  124  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134794  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3178  hypothetical protein  41.06 
 
 
158 aa  124  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1171  hypothetical protein  40.4 
 
 
186 aa  124  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0717  hypothetical protein  43.15 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.924689  normal  0.695432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1602  protein of unknown function DUF721  41.72 
 
 
168 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0552613 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0747  hypothetical protein  37.13 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.301449  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0766  hypothetical protein  38.93 
 
 
172 aa  104  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0611  hypothetical protein  37.5 
 
 
175 aa  99  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0498  hypothetical protein  39.29 
 
 
175 aa  98.6  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0422598  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0494  hypothetical protein  39.29 
 
 
175 aa  98.6  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3250  hypothetical protein  39.64 
 
 
190 aa  89  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.745967  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0416  hypothetical protein  36.72 
 
 
164 aa  89.4  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0544  hypothetical protein  34.27 
 
 
168 aa  82.4  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21317  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0708  protein of unknown function DUF721  31.79 
 
 
163 aa  80.5  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0555982  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0959  hypothetical protein  36.42 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209446  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0653  protein of unknown function DUF1159  30.46 
 
 
163 aa  77.8  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.304635 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0029  protein of unknown function DUF1159  33.55 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0188375 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2644  hypothetical protein  33.54 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1091  hypothetical protein  27.38 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0116  hypothetical protein  33.78 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.165186 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1465  hypothetical protein  33.11 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0396  hypothetical protein  34.44 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4370  hypothetical protein  35.37 
 
 
178 aa  67.4  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4691  hypothetical protein  30.57 
 
 
197 aa  67.4  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.165026  normal  0.387608 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2267  hypothetical protein  31.54 
 
 
198 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2096  hypothetical protein  39.29 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.287519 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0063  hypothetical protein  33.11 
 
 
176 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  0.368675 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2033  protein of unknown function DUF1159  29.7 
 
 
153 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0187777  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0390  hypothetical protein  30.86 
 
 
113 aa  47  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1102  hypothetical protein  28.21 
 
 
155 aa  42  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000565832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>