More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1188 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1188  modD protein  100 
 
 
291 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1056  modD protein  85.97 
 
 
282 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1194  modD protein  82.37 
 
 
280 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4318  modD protein  75.64 
 
 
287 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0022213  normal  0.0469871 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5866  molybdenum transport component,pyrophosphorylase ModD  68.5 
 
 
291 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0279  modD protein  56.49 
 
 
286 aa  291  8e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4317  hypothetical protein  54.34 
 
 
280 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.922994 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1475  putative molybdenum utilization protein ModD  53.7 
 
 
281 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1551  modD protein  51.42 
 
 
293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.593391  normal  0.205266 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4167  modD protein  56.27 
 
 
277 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277005  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0412  putative molybdenum utilization protein ModD  45.52 
 
 
282 aa  230  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.783583  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0448  modD protein  46.64 
 
 
334 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2963  modD protein  45.88 
 
 
283 aa  226  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2039  modD protein  51.61 
 
 
279 aa  225  7e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.197629  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3873  quinolinate phosphoribosyl transferase/putativemolybdenum utilization protein ModD  56.27 
 
 
277 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124116  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0375  modD protein  45.13 
 
 
281 aa  223  4e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0455  modD protein  44.04 
 
 
281 aa  219  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0148  modD protein  48.9 
 
 
280 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.42259  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1726  modD protein  43.17 
 
 
290 aa  212  7e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.27933  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1707  putative molybdenum utilization protein ModD  42.03 
 
 
285 aa  205  8e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.36441 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4264  modD protein  40.74 
 
 
281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0476  modD protein  45.22 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1543  putative molybdenum utilization protein ModD  49.06 
 
 
286 aa  195  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.107574  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0544  modD protein  35.4 
 
 
283 aa  193  3e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.537412  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1540  putative molybdenum utilization protein ModD  37.64 
 
 
288 aa  190  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1260  modD protein  40.22 
 
 
284 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.649684  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0908  modD protein  38.66 
 
 
270 aa  187  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.830488  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1544  pyrophosphorylase, putative  39.86 
 
 
284 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13700  putative molybdenum utilization protein ModD  41.97 
 
 
279 aa  186  4e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2028  modD protein  37.76 
 
 
298 aa  185  9e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.33908  normal  0.318387 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1193  modD protein  38.77 
 
 
283 aa  182  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.17865 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2229  modD protein  36.2 
 
 
285 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3263  modD protein  35.59 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000266277  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1951  molybdenum transport protein ModD  36.73 
 
 
284 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0448433 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2224  modD protein  40.58 
 
 
280 aa  176  5e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.197416 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0949  modD protein  34.77 
 
 
279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000429339  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0809  modD protein  36.06 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0251  molybdenum transport protein ModD  38.15 
 
 
282 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0376  modD protein  32.97 
 
 
283 aa  169  4e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3533  modD protein  52.99 
 
 
280 aa  168  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1536  modD protein  34.43 
 
 
283 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.515796  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0060  modD protein  41.57 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.747163  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1092  modD protein  34.07 
 
 
283 aa  166  4e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0979  modD protein  41.57 
 
 
272 aa  162  6e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.918465  normal  0.0845492 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1375  ModD protein  31.32 
 
 
280 aa  152  7e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1392  ModD protein  35.02 
 
 
277 aa  150  2e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0320  molybdenum transport system protein ModD  32.84 
 
 
279 aa  145  1e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0259  nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)  30.88 
 
 
263 aa  140  3e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1867  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  30.23 
 
 
275 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.284093 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2501  hypothetical protein  42.98 
 
 
279 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1163  quinolinate phosphoribosyl transferase  42.98 
 
 
296 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.465501  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0224  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.67 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1682  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  29.23 
 
 
274 aa  112  5e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000108714  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1304  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase (carboxylating)  29.15 
 
 
263 aa  107  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.424331 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0821  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.85 
 
 
286 aa  107  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0360  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  28.74 
 
 
269 aa  107  3e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0528  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.46 
 
 
270 aa  105  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1495  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.95 
 
 
271 aa  105  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.451714  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1549  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.39 
 
 
287 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2135  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  30.63 
 
 
279 aa  103  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1581  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.21 
 
 
275 aa  103  4e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0241  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  29.34 
 
 
272 aa  102  5e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03770  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  32.02 
 
 
307 aa  99.4  6e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.797923  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0378  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  27.9 
 
 
279 aa  99  8e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0420  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  26.12 
 
 
277 aa  99  9e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.640134  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1988  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  30.91 
 
 
276 aa  98.2  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.103319  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0384  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  27.9 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1973  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  30 
 
 
275 aa  96.7  4e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.795275  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0647  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  25.37 
 
 
275 aa  97.1  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.173443  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0532  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  36.24 
 
 
512 aa  94.7  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.147571  normal  0.119991 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1728  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  28.73 
 
 
278 aa  93.6  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1237  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  26.64 
 
 
272 aa  93.6  4e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6033  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.71 
 
 
308 aa  92.4  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5465  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  34.48 
 
 
290 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0160408  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2872  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  34.12 
 
 
286 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.188879  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1316  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  29.77 
 
 
275 aa  90.1  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000271836  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2646  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.33 
 
 
286 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250858  normal  0.306201 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0685  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  25.19 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.20191  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2354  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  28.52 
 
 
277 aa  89.7  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2452  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  30.45 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0125  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  25.78 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.300128  normal  0.334676 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0107  nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)  26.84 
 
 
276 aa  89.4  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3164  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.7 
 
 
282 aa  89.4  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00339828  hitchhiker  0.00016604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3748  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]  27.37 
 
 
277 aa  89  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00301149  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2352  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  28.4 
 
 
283 aa  89  9e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0918  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.25 
 
 
276 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1663  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  29.58 
 
 
275 aa  89  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.103144  unclonable  0.000000000000154791 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2920  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.76 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2769  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.33 
 
 
286 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0943247  normal  0.209722 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11612  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.76 
 
 
285 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.588375  normal  0.382236 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00640  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  27.6 
 
 
280 aa  87.4  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0431  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  30.71 
 
 
285 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302379  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6035  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  31.1 
 
 
298 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227072  normal  0.478221 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0499  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  28.32 
 
 
276 aa  86.7  4e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.209852  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0752  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  27.13 
 
 
279 aa  85.9  6e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3559  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  32.16 
 
 
291 aa  85.5  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00528415  normal  0.118693 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0133  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  29.52 
 
 
292 aa  85.5  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.539491  normal  0.0277976 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0043  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  24.31 
 
 
297 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.541216  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2555  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase  33.2 
 
 
283 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.90388  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02081  nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase:quinolinate phosphoriobsyl transferase  24.63 
 
 
288 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0194041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>