46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1187 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1187  hypothetical protein  100 
 
 
195 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.963781  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1193  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  73.58 
 
 
196 aa  286  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1055  hypothetical protein  80.56 
 
 
209 aa  273  8e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4317  hypothetical protein  55.96 
 
 
196 aa  210  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000958638  normal  0.0413497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5867  molybdenum transport component, ATP-binding protein ModC  56.89 
 
 
185 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3672  hypothetical protein  45.09 
 
 
171 aa  128  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1479  hypothetical protein  35.71 
 
 
188 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.730321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0852  hypothetical protein  37.65 
 
 
189 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3002  hypothetical protein  37.75 
 
 
312 aa  96.3  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.935893  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0979  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  33.94 
 
 
189 aa  92  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0204451 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2477  hypothetical protein  35.93 
 
 
207 aa  91.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.843664  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5394  hypothetical protein  35.62 
 
 
191 aa  90.9  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1074  hypothetical protein  38.41 
 
 
201 aa  91.3  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.847783  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5201  hypothetical protein  32.5 
 
 
189 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5195  hypothetical protein  43.1 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117531  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5508  hypothetical protein  36.48 
 
 
170 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2557  hypothetical protein  38.97 
 
 
171 aa  88.6  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.507228 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0270  hypothetical protein  35.58 
 
 
178 aa  88.2  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0294  hypothetical protein  35.58 
 
 
178 aa  88.2  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.881437  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4647  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  36.69 
 
 
182 aa  87.8  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000186592 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1987  hypothetical protein  35.75 
 
 
182 aa  87.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4320  hypothetical protein  33.12 
 
 
188 aa  85.9  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0356129  normal  0.0779574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0960  hypothetical protein  32.5 
 
 
189 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2747  hypothetical protein  34.59 
 
 
182 aa  84.7  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0135  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  34.34 
 
 
191 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2896  hypothetical protein  33.95 
 
 
179 aa  84.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.876495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2076  hypothetical protein  36.31 
 
 
196 aa  83.6  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5674  hypothetical protein  36.02 
 
 
193 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3410  hypothetical protein  30.86 
 
 
186 aa  82.4  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.217104  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3221  hypothetical protein  34.36 
 
 
175 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1988  hypothetical protein  34.57 
 
 
177 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2053  3-dehydroquinate dehydratase  33.97 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3844  hypothetical protein  32.16 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2724  hypothetical protein  36.31 
 
 
171 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180261  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2951  hypothetical protein  36.16 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.568018  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6153  hypothetical protein  36.16 
 
 
174 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0869  hypothetical protein  35.12 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0933  hypothetical protein  27.16 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0467352  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1578  hypothetical protein  32.72 
 
 
186 aa  73.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0966  hypothetical protein  39.66 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2276  hypothetical protein  28.48 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.108208  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4231  hypothetical protein  36.3 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.658834  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5082  3-dehydroquinate dehydratase  27.17 
 
 
195 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1092  hypothetical protein  27.16 
 
 
194 aa  64.7  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257178  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0989  hypothetical protein  26.09 
 
 
194 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0923234 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4441  hypothetical protein  27.53 
 
 
196 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>