281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1183 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1183  rhodanese-like protein  100 
 
 		 122 aa  249  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1190  Rhodanese domain protein  77.69 
 
 		 126 aa  193  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1051  rhodanese-like protein  81.15 
 
 		 122 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1937  rhodanese-like protein  60 
 
 		 120 aa  153  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.964453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2371  rhodanese-like protein  42.61 
 
 		 175 aa  84  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000779942  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1620  rhodanese domain-containing protein  41.03 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000202366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2911  inner membrane protein YgaP  39.66 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3100  inner membrane protein YgaP  39.66 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.5055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2943  inner membrane protein YgaP  39.66 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.143183 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2995  inner membrane protein YgaP  39.66 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.366204  normal  0.0280507 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2978  hypothetical protein  39.66 
 
 		 175 aa  76.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.1375 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1015  Rhodanese domain protein  38.98 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1280  rhodanese-like protein  39.05 
 
 		 170 aa  73.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.678095 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1038  rhodanese domain-containing protein  38.98 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02524  predicted inner membrane protein with hydrolase activity  38.14 
 
 		 174 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2788  putative inner membrane protein  38.98 
 
 		 174 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.34112 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2803  putative inner membrane protein  38.14 
 
 		 174 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02488  hypothetical protein  38.14 
 
 		 174 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3910  putative inner membrane protein  38.98 
 
 		 172 aa  72  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.347321 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1591  Rhodanese domain protein  40.35 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0149932  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3213  putative inner membrane protein  38.14 
 
 		 174 aa  70.9  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2948  putative inner membrane protein  38.14 
 
 		 174 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0744  rhodanese domain-containing protein  34.62 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.547874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2590  rhodanese domain-containing protein  37.74 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2103  rhodanese-like protein  34.29 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.588432 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2223  Rhodanese domain protein  36.19 
 
 		 108 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3723  rhodanese domain-containing protein  40.38 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.464029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1499  rhodanese-like protein  34.29 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0775  Rhodanese domain protein  37.4 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.61343 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2871  Rhodanese domain protein  35.96 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1239  rhodanese-like protein  35.24 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.549266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3362  rhodanese-like protein  36.19 
 
 		 108 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00352544 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2080  rhodanese-like protein  36.19 
 
 		 108 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.218119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2274  rhodanese domain-containing protein  34.48 
 
 		 175 aa  63.5  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2023  Rhodanese domain protein  34.65 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2475  rhodanese domain-containing protein  40.7 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2630  Rhodanese domain protein  37.86 
 
 		 112 aa  62  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2851  Rhodanese domain-containing protein  33.67 
 
 		 220 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0924  rhodanese domain-containing protein  38.26 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0241  rhodanese domain-containing protein  35.85 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0494  rhodanese-like protein  38.78 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1705  Rhodanese domain protein  31.19 
 
 		 185 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000174118 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1392  rhodanese domain-containing protein  35.92 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.100688  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0020  Rhodanese domain-containing protein  38.46 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.529293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3514  hypothetical protein  33 
 
 		 107 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0487  Rhodanese domain protein  33.33 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0533  rhodanese-like protein  35 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000298777  normal  0.316081 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0094  rhodanese-like protein  35.29 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1792  rhodanese-like protein  31.19 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1431  rhodanese domain-containing protein  33.04 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.430812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1997  Rhodanese domain protein  33.96 
 
 		 141 aa  53.5  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.885175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2364  rhodanese-like domain protein  33.96 
 
 		 141 aa  53.5  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2629  Rhodanese domain protein  32.29 
 
 		 216 aa  53.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.770931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3835  rhodanese domain-containing protein  35.05 
 
 		 113 aa  52.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0573  rhodanese-like protein  29.9 
 
 		 109 aa  52.8  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0032  rhodanese-like protein  32.71 
 
 		 248 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1618  rhodanese domain-containing protein  35.05 
 
 		 175 aa  52.8  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576106 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2834  rhodanese domain-containing protein  32.46 
 
 		 126 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175675 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2860  Rhodanese domain protein  32.35 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0787  Rhodanese domain protein  30.7 
 
 		 154 aa  51.2  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.403999  normal  0.138616 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2680  rhodanese-like protein  32.11 
 
 		 105 aa  51.2  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2054  rhodanese domain-containing protein  32.69 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1774  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  28.97 
 
 		 386 aa  51.2  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1710  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  28.97 
 
 		 379 aa  51.2  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1844  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  31.07 
 
 		 393 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21280  Rhodanese-related sulfurtransferase  31.58 
 
 		 216 aa  50.8  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.781801  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1543  Rhodanese domain protein  31.63 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.973949  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1502  rhodanese domain-containing protein  32.67 
 
 		 113 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.184229  normal  0.558017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3899  rhodanese domain-containing protein  34.58 
 
 		 129 aa  50.4  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.485004 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1649  hypothetical protein  30.83 
 
 		 173 aa  50.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.616423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1642  rhodanese domain-containing protein  37.04 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0936  rhodanese-like protein  30.7 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0889376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06090  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  29.46 
 
 		 379 aa  49.7  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00932  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  29.46 
 
 		 379 aa  49.7  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0103  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  32.99 
 
 		 565 aa  48.9  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000211886  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2399  rhodanese-like protein  31.68 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2895  beta-lactamase-like protein  37.14 
 
 		 346 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973984 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2558  rhodanese-like domain protein  34.65 
 
 		 109 aa  49.7  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.029677  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3667  beta-lactamase-like  36.04 
 
 		 346 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1183  beta-lactamase domain protein  28.16 
 
 		 476 aa  49.3  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0291229  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1184  Rhodanese domain protein  27.27 
 
 		 194 aa  49.3  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.111986  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0229  Rhodanese domain protein  32.69 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.479162  hitchhiker  0.0025446 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2188  Rhodanese domain protein  34.65 
 
 		 109 aa  49.7  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0415469  hitchhiker  0.000000235552 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0678  Rhodanese domain protein  35.64 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.682716 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1308  Rhodanese domain protein  37.74 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2309  metallo-beta-lactamase family protein  31.25 
 
 		 472 aa  48.5  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2254  hypothetical protein  27.88 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2225  hypothetical protein  27.88 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3484  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.63 
 
 		 561 aa  48.5  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.663901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1308  Rhodanese domain protein  33.33 
 
 		 271 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.197822  normal  0.0310663 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2723  beta-lactamase domain protein  26.17 
 
 		 476 aa  48.5  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00124827  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0305  rhodanese-like protein  31.07 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4510  rhodanese domain-containing protein  33.65 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3607  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  33.65 
 
 		 387 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.156981  normal  0.010154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4224  rhodanese domain-containing protein  28.87 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0154  rhodanese domain-containing protein  30.97 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4973  Rhodanese domain protein  33.65 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.133162 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3735  rhodanese domain-containing protein  31.68 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254792 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1271  rhodanese-like protein  26.61 
 
 		 138 aa  47.8  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2349  Rhodanese domain protein  30.48 
 
 		 141 aa  47.8  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000398103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>