92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1166 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1166  HupE/UreJ protein  100 
 
 		 194 aa  345  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.232797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1158  HupE/UreJ protein  71.67 
 
 		 197 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1164  HupE/UreJ protein  48.39 
 
 		 194 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0663  HupE/UreJ protein  48.31 
 
 		 190 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.32608  normal  0.0353183 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0830  urease accessory protein  47.19 
 
 		 202 aa  136  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768034  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0164  nickel-iron hydrogenase, accessory protein  47.06 
 
 		 192 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1763  HupE/UreJ protein  50.57 
 
 		 188 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.353058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0327  HupE/UreJ protein  50.63 
 
 		 191 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.994931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0960  HupE/UreJ protein  46.15 
 
 		 194 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3268  urease accessory protein  55.06 
 
 		 192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232463  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3799  HupE/UreJ protein  49.69 
 
 		 198 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414571  normal  0.346057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0479  hydrogenase/urease accessory protein  51.57 
 
 		 166 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230165  normal  0.16849 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3991  HupE/UreJ protein  44.71 
 
 		 192 aa  130  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6538  HupE/UreJ protein  49.36 
 
 		 199 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436397  normal  0.193844 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3892  HupE/UreJ protein  44.71 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430028 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4085  HupE/UreJ protein  44.71 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3969  HupE/UreJ protein  44.71 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3578  HupE/UreJ protein  43.53 
 
 		 192 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.567629  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4304  hypothetical protein  43.53 
 
 		 191 aa  128  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0560  HupE/UreJ protein  51.69 
 
 		 190 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6126  HupE/UreJ protein  50.87 
 
 		 199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549865  normal  0.331316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4125  urease accessory protein UreJ  41.77 
 
 		 192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.4167 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3272  urease accessory protein UreJ  49.35 
 
 		 194 aa  125  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0396  HupE/UreJ protein  42.94 
 
 		 192 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0395  HupE/UreJ protein  42.94 
 
 		 192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347304  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3747  HupE/UreJ protein  52.27 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3629  HupE/UreJ protein  42.35 
 
 		 192 aa  124  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0223294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1210  HupE/UreJ protein  48.91 
 
 		 186 aa  124  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2188  HupE/UreJ protein  56.69 
 
 		 199 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.382919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5085  HupE/UreJ protein  56.16 
 
 		 202 aa  123  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.893105  normal  0.0304442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2281  HupE/UreJ protein  49.19 
 
 		 203 aa  122  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2123  HupE/UreJ protein  49.14 
 
 		 203 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4241  HupE/UreJ protein  48.66 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5110  HupE/UreJ protein  47.3 
 
 		 199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.774333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5823  HupE/UreJ protein  56.06 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2438  HupE/UreJ protein  53.09 
 
 		 195 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0959  HupE/UreJ protein  44.5 
 
 		 211 aa  117  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.355166  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4912  urease accessory protein, putative  52.27 
 
 		 190 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5617  hypothetical protein  53.12 
 
 		 190 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1290  hypothetical protein  52.98 
 
 		 197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0362901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5001  HupE/UreJ protein  49.16 
 
 		 192 aa  111  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.66529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2290  HupE/UreJ protein  50.63 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202641  normal  0.223499 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0333  HupE/UreJ protein  51.23 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.836087  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2034  urease accessory UREJ transmembrane protein  48.57 
 
 		 205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.357302 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0829  urease accessory protein  46.75 
 
 		 222 aa  109  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1863  HupE/UreJ protein  46.78 
 
 		 205 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.867351  normal  0.454948 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2876  HupE/UreJ protein  44.13 
 
 		 194 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64680  hypothetical protein  52.5 
 
 		 190 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0396536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2825  HupE/UreJ protein  47.57 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3803  HupE/UreJ protein  54.82 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0577478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2682  HupE/UreJ protein  46.58 
 
 		 194 aa  101  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.669277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4454  HupE/UreJ protein  52.23 
 
 		 190 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0993  HupE/UreJ protein  46.91 
 
 		 203 aa  97.1  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614894  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1184  HupE/UreJ protein  43.79 
 
 		 203 aa  96.7  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2186  HupE/UreJ protein  47.95 
 
 		 205 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.114509 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3099  HupE/UreJ protein  41.48 
 
 		 194 aa  95.9  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3527  HupE/UreJ protein  48.98 
 
 		 197 aa  95.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1374  membrane-bound hydrogenase component hupE  47.98 
 
 		 194 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00671086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3245  urease accessory protein UreJ  37.5 
 
 		 195 aa  94  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1265  urease accessory protein UreJ  42.62 
 
 		 189 aa  92.8  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4087  HupE/UreJ protein  43.75 
 
 		 200 aa  91.3  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.248426  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2989  HupE/UreJ protein  40.27 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.231706  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50400  HupE/UreJ protein  45.83 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0886  HupE/UreJ protein  34.18 
 
 		 194 aa  86.3  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.219262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3943  HupE/UreJ protein  56.41 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.788882  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0976  HupE/UreJ protein  42.5 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2301  HupE/UreJ protein  40.37 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3100  HupE/UreJ protein  42.76 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3374  hypothetical protein  40.25 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0180  HupE/UreJ protein  45.45 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.683623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1296  HupE/UreJ protein  39.19 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00297181  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2148  HupE/UreJ protein  42.34 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140678  normal  0.213077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1973  HupE/UreJ protein  40.15 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.374971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0497  HupE/UreJ accessory protein  42.34 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1218  hypothetical protein  31.79 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1195  HupE/UreJ protein  37.4 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.108904  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1026  HupE/UreJ protein  36.29 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2419  HupE/UreJ protein  39.62 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00415524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2842  HupE/UreJ protein  37.06 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2847  HupE/UreJ protein  37.06 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2139  HupE/UreJ protein  28.29 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2095  HupE/UreJ protein  28.78 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4228  HupE/UreJ protein  36.07 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2933  HupE/UreJ protein  36.81 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.629521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1728  HupE/UreJ protein  46.21 
 
 		 208 aa  52.4  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2580  HupE/UreJ protein  42.4 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04450  nickel transporter for carbon monoxide dehydrogenase, HupE/UreJ family  53.77 
 
 		 187 aa  51.2  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0761175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3141  hypothetical protein  36.02 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0344917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1373  hydrogenase accessory protein  33.87 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.695906  normal  0.247708 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2124  hypothetical protein  34.57 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5111  hypothetical protein  35.17 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5052  HupE/UreJ protein  35.78 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.864731  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>