More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1084 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1084  nitrogen-fixing NifU-like  100 
 
 		 331 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0980  nitrogen-fixing NifU-like protein  81.33 
 
 		 333 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.191022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5090  Fe-S cluster assembly protein NifU  71.47 
 
 		 328 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4452  nitrogen-fixing NifU-like  59.21 
 
 		 338 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3582  Fe-S cluster assembly protein NifU  54.95 
 
 		 329 aa  328  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.370448  normal  0.0119473 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1559  Fe-S cluster assembly protein NifU  49.24 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.746235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3621  Fe-S cluster assembly protein NifU  47.16 
 
 		 344 aa  291  9e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.237955 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1226  Fe-S cluster assembly protein NifU  43.64 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000342519 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1508  nitrogen fixation protein nifU  43.64 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.63468  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1514  Fe-S cluster assembly protein NifU  41.87 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0503  Fe-S cluster assembly protein NifU  40.73 
 
 		 277 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1832  Fe-S cluster assembly protein NifU  35.4 
 
 		 286 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000450727  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1568  Fe-S cluster assembly protein NifU  36.8 
 
 		 284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000157708  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2648  Fe-S cluster assembly protein NifU  36.5 
 
 		 284 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000357887 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0689  Fe-S cluster assembly protein NifU  38.02 
 
 		 277 aa  207  1e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0701297  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3915  Fe-S cluster assembly protein NifU  38.42 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01620  Nitrogen fixation Fe-S cluster scaffold protein  53.55 
 
 		 312 aa  203  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3078  Fe-S cluster assembly protein NifU  39.31 
 
 		 280 aa  202  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2363  Fe-S cluster assembly protein NifU  40.13 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1355  Fe-S cluster assembly protein NifU  35.28 
 
 		 306 aa  196  3e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4246  Fe-S cluster assembly protein NifU  37.13 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1812  Fe-S cluster assembly protein NifU  37.46 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1784  Fe-S cluster assembly protein NifU  37.46 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2016  Fe-S cluster assembly protein NifU  36.73 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000826142  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0436  Fe-S cluster assembly protein NifU  34.73 
 
 		 284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2012  NifU family protein  34.02 
 
 		 285 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000109359  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2295  Fe-S cluster assembly protein NifU  37.54 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0991  Fe-S cluster assembly protein NifU  35.4 
 
 		 286 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000244062  normal  0.0771529 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1606  Fe-S cluster assembly protein NifU  34.11 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.149672  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0051  Fe-S cluster assembly protein NifU  35.84 
 
 		 281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2660  Fe-S cluster assembly protein NifU  38.18 
 
 		 281 aa  183  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.729914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2684  Fe-S cluster assembly protein NifU  35.51 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0380338 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0101  Fe-S cluster assembly protein NifU  34.46 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2121  Fe-S cluster assembly protein NifU  36.28 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.141137 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1076  Fe-S cluster assembly protein NifU  35 
 
 		 278 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.650115  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4135  Fe-S cluster assembly protein NifU  33.24 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.0000225432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2007  nitrogen-fixing NifU-like-like  31.2 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2153  nitrogen-fixing NifU domain protein  29.66 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0043  nitrogen fixation protein NifU  28.53 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0290  NifU family protein  29.46 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0237  NifU family protein  29.46 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0264  NifU family protein  29.46 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1487  NifU-like protein  27.97 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1162  acetolactate synthase small subunit  28.33 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1697  nitrogen fixation protein NifU  29.3 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0518954  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1771  NifU family protein  36.46 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.630256  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0406  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.34 
 
 		 154 aa  119  7e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.54432  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0720  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.32 
 
 		 207 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.985893  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1836  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  42.74 
 
 		 145 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0842476 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0206  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  40.32 
 
 		 150 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00147996  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1298  nitrogen-fixing NifU domain protein  35.77 
 
 		 153 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.114268  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08890  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.03 
 
 		 138 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000453527  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2174  nitrogen-fixing NifU domain protein  31.75 
 
 		 203 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2425  NifU protein  42.61 
 
 		 129 aa  105  9e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.191396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0483  scaffold protein  42.5 
 
 		 128 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.360702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1754  nifU protein  39.32 
 
 		 144 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00241183  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2362  NifU domain-containing protein  32.11 
 
 		 203 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.201706  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0207  IscU protein  31.91 
 
 		 203 aa  104  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2038  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  39.32 
 
 		 142 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0366  nitrogen-fixing NifU domain protein  31.75 
 
 		 203 aa  103  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.041625  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0265  hypothetical protein  43.1 
 
 		 143 aa  103  4e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.164856 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3580  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  39.32 
 
 		 124 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1651  nitrogen-fixing NifU-like  40.17 
 
 		 125 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.86354  normal  0.0135811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2143  FeS cluster assembly scaffold IscU  39.39 
 
 		 139 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26628  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0236  IscU protein  31.02 
 
 		 203 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2214  nitrogen-fixing NifU-like  41.03 
 
 		 143 aa  102  1e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.728312 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1673  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  41.32 
 
 		 131 aa  101  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.439756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2001  nitrogen-fixing NifU domain protein  31.72 
 
 		 203 aa  101  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.488301 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41017  Iron sulfur cluster assembly protein 1, mitochondrial precursor (Iron sulfur cluster scaffold protein 1)  38.93 
 
 		 182 aa  101  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.27253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1046  FeS cluster assembly scaffold IscU  40.16 
 
 		 128 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0533  nitrogen-fixing NifU domain protein  31.02 
 
 		 200 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2231  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.11 
 
 		 203 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2444  FeS cluster assembly scaffold IscU  40.16 
 
 		 132 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.463921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0721  nitrogen-fixing NifU-like protein  37.61 
 
 		 149 aa  100  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0316213  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3998  FeS cluster assembly scaffold IscU  40.16 
 
 		 132 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0455021  hitchhiker  0.00958668 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2143  FeS cluster assembly scaffold IscU  39.34 
 
 		 133 aa  99.4  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760622 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1639  FeS cluster assembly scaffold IscU  39.34 
 
 		 133 aa  99.4  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0422  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  36.84 
 
 		 137 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0312726  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2289  scaffold protein  38.28 
 
 		 133 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0320081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0303  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  37.29 
 
 		 137 aa  98.2  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.11332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0484  NifU domain-containing protein  48.98 
 
 		 106 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1859  NifU-like protein  37.61 
 
 		 122 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319001  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2261  (Fe-S) cluster formation/repair protein  38.52 
 
 		 138 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1361  FeS cluster assembly scaffold IscU  40.83 
 
 		 142 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2126  NifU domain-containing protein  39.82 
 
 		 144 aa  97.8  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04655  iron-sulfur cofactor synthesis protein (Isu1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06770)  41.94 
 
 		 173 aa  97.4  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.593219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2374  FeS cluster assembly scaffold IscU  39.17 
 
 		 133 aa  97.4  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.161574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2273  FeS cluster assembly scaffold protein NifU  38.46 
 
 		 124 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.913167  hitchhiker  0.00000451937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2179  scaffold protein  40 
 
 		 128 aa  97.8  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000106692  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0741  NifU domain-containing protein  40.18 
 
 		 129 aa  97.4  3e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0765  NifU domain-containing protein  37.93 
 
 		 123 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00307292  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2146  NifU domain-containing protein  40.71 
 
 		 129 aa  97.1  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.480493  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2178  scaffold protein  39.17 
 
 		 132 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00857387  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3202  nitrogen fixation protein  45.13 
 
 		 129 aa  96.3  7e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0956766  normal  0.0289436 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0755  NifU domain-containing protein  42.48 
 
 		 173 aa  95.9  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000803052  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1478  scaffold protein  43.44 
 
 		 128 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.671651  hitchhiker  0.00720513 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1736  NifU protein  38.05 
 
 		 211 aa  94  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.495331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0288  nitrogen-fixing NifU-like protein  40.71 
 
 		 211 aa  94.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3061  scaffold protein  43.97 
 
 		 130 aa  94  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.969828  unclonable  0.000000668017 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3026  scaffold protein  41.13 
 
 		 128 aa  93.2  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.050274  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>