More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1047 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1047  ABC transporter related  100 
 
 		 244 aa  493  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0944  ABC transporter related  92.21 
 
 		 244 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1253  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  61.25 
 
 		 244 aa  296  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4907  ABC transporter related  45.83 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1820  ABC transporter related protein  38.11 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.257202  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2775  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  41.91 
 
 		 254 aa  192  5e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3315  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.21 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1563  ABC transporter related protein  42.74 
 
 		 259 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2989  ABC transporter ATP-binding protein  42.5 
 
 		 271 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3060  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.21 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.963696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2892  ABC transporter related protein  39.68 
 
 		 266 aa  188  5e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3205  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.09 
 
 		 238 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3490  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (urea/amide)  42.62 
 
 		 251 aa  186  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3378  ABC transporter related  43.97 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3017  ABC transporter related  43.72 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.207365 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0229  histidine kinase  39.92 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.990532 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3237  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  44.03 
 
 		 259 aa  185  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0314824  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5756  ABC transporter related  42.32 
 
 		 236 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.638783  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3319  ABC transporter related  41.15 
 
 		 248 aa  185  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1258  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.33 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.974612  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0596  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40.42 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393475  normal  0.0536117 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3497  ABC transporter-related protein  43.1 
 
 		 292 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0603668  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  41.22 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1000  ABC transporter related  43.53 
 
 		 292 aa  182  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3861  ABC transporter related  40 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4608  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  41.98 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27919  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1671  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.62 
 
 		 248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.513247  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1396  ABC transporter related  43.53 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299838  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3864  ABC transporter related  40 
 
 		 252 aa  182  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2972  response regulator receiver domain-containing protein  40.17 
 
 		 248 aa  181  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.85607  normal  0.195493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40 
 
 		 251 aa  181  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.685432  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5509  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40 
 
 		 261 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2617  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.67 
 
 		 264 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0395155 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4187  ABC transporter related  42.39 
 
 		 250 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5725  ABC transporter related  39.92 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.8 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000680503 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6089  ABC transporter related  39.92 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.589988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6572  ABC transporter related  39.51 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.25899  normal  0.0683418 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1375  ABC transporter related  39 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4188  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40.98 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4636  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.56 
 
 		 285 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.880683  normal  0.0525731 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0979  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  39.17 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.436167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4901  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.97 
 
 		 285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0221262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7015  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  40.74 
 
 		 253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.61355  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3569  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  39.17 
 
 		 262 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.376374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3507  ABC transporter related  41.34 
 
 		 254 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0491012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  40 
 
 		 254 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4722  ABC transporter related  43.53 
 
 		 285 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.194668  hitchhiker  0.00869396 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3378  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  39.17 
 
 		 262 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3687  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  39.17 
 
 		 262 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4152  ABC transporter related  42.62 
 
 		 286 aa  178  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4289  ABC transporter related  45.04 
 
 		 239 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00311988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0223  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40 
 
 		 247 aa  178  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1255  ABC transporter related  38.75 
 
 		 251 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0657  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  38.75 
 
 		 251 aa  178  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.357814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4844  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  43.53 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.21445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2666  ABC transporter related  42.11 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297517  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1594  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  38.26 
 
 		 247 aa  177  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4001  ABC transporter related  39.83 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.172922  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2698  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  40.16 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.358687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6571  ABC transporter related  39.51 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0185453  normal  0.0225757 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1022  ABC transporter related  42.24 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.216915  normal  0.173863 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3344  ABC transporter ATP-binding protein  39.42 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4009  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.24 
 
 		 292 aa  176  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4075  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  39.58 
 
 		 253 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4817  putative ABC transporter, ATP-binding protein  38.62 
 
 		 260 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.730838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1797  ABC transporter related  40.94 
 
 		 254 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131538  normal  0.177117 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3699  ABC transporter related  40.98 
 
 		 252 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2563  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  39.09 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4478  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP binding protein  36.78 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423389  hitchhiker  0.00964914 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4905  ABC transporter related  37.19 
 
 		 256 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0298  ABC branched chain amino acid transporter, ATPase subunit  40.16 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0430613  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2718  ABC transporter related  42.56 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.743331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1942  ABC transporter related  40.16 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00884  ABC transporter-like protein  42.42 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3828  ABC transporter related  37.19 
 
 		 256 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0191  ABC transporter related  41.08 
 
 		 280 aa  176  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3501  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  39.67 
 
 		 257 aa  175  5e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.638418  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3539  ABC transporter related  39.83 
 
 		 256 aa  175  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.610144  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0991  ABC transporter related  41.6 
 
 		 323 aa  175  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  39.08 
 
 		 250 aa  175  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0791  ABC transporter-related protein  40.24 
 
 		 248 aa  175  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.323414 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3461  ABC transporter related  39.26 
 
 		 259 aa  175  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5860  ABC transporter related  43.16 
 
 		 272 aa  175  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0806  ABC transporter related  39.09 
 
 		 241 aa  175  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3213  ABC transporter related  39.83 
 
 		 256 aa  174  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0996  ABC transporter related  38.52 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3590  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  37.12 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2247  ATPase  40 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3208  ABC transporter related  41.81 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.260719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1991  ABC transporter related  41.81 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.662576  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6115  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  40.32 
 
 		 247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.746507  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3934  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.06 
 
 		 288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4205  ABC transporter related  39.18 
 
 		 254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.628741 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1653  ABC transporter related  38.27 
 
 		 248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1424  ABC transporter-related protein  42.24 
 
 		 268 aa  173  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.66 
 
 		 250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1772  ABC transporter related  39.13 
 
 		 247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4046  ABC transporter related  39.34 
 
 		 251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0587  ABC transporter-like  40.52 
 
 		 289 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>