More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0936 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_3489  argininosuccinate lyase  69.76 
 
 
463 aa  669    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.169097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3289  argininosuccinate lyase  70.41 
 
 
463 aa  672    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.52202  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3612  argininosuccinate lyase  70.19 
 
 
463 aa  670    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7298  argininosuccinate lyase  71.86 
 
 
462 aa  654    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341749  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0715  argininosuccinate lyase  87.45 
 
 
465 aa  831    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5225  argininosuccinate lyase  93.09 
 
 
465 aa  869    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1145  argininosuccinate lyase  87.9 
 
 
463 aa  842    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0827  argininosuccinate lyase  96.13 
 
 
465 aa  896    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.332857  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4875  argininosuccinate lyase  88.39 
 
 
488 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0936  argininosuccinate lyase  100 
 
 
465 aa  947    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3477  argininosuccinate lyase  88.39 
 
 
465 aa  842    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1188  argininosuccinate lyase  71.58 
 
 
466 aa  652    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0735426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4504  argininosuccinate lyase  70.52 
 
 
459 aa  665    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.961173  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1738  argininosuccinate lyase  78.17 
 
 
462 aa  723    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.44445  normal  0.823311 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1602  argininosuccinate lyase  69.43 
 
 
460 aa  647    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.715259  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1906  argininosuccinate lyase  67.1 
 
 
493 aa  624  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1981  argininosuccinate lyase  67.1 
 
 
466 aa  624  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3038  argininosuccinate lyase  66.09 
 
 
473 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2022  argininosuccinate lyase  65.65 
 
 
469 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61578  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3381  argininosuccinate lyase  67.9 
 
 
476 aa  616  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.407242 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0999  argininosuccinate lyase  66.45 
 
 
466 aa  617  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4017  argininosuccinate lyase  65.79 
 
 
467 aa  614  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0397  argininosuccinate lyase  67.49 
 
 
478 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0817462  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2536  argininosuccinate lyase  66.23 
 
 
467 aa  614  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.696712 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3211  argininosuccinate lyase  64.76 
 
 
455 aa  610  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.575771 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0726  argininosuccinate lyase  66.08 
 
 
471 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2381  argininosuccinate lyase  66.08 
 
 
471 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.746379 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2445  argininosuccinate lyase  65.65 
 
 
471 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10802  normal  0.34117 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3858  argininosuccinate lyase  65.35 
 
 
467 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.129189 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5988  argininosuccinate lyase  70.78 
 
 
462 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.156903 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3732  argininosuccinate lyase  65.34 
 
 
463 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.663919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3565  argininosuccinate lyase  65.13 
 
 
466 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.754251  normal  0.282214 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3062  argininosuccinate lyase  66.3 
 
 
463 aa  586  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0497  argininosuccinate lyase  63.36 
 
 
476 aa  578  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2371  argininosuccinate lyase  63.24 
 
 
472 aa  576  1.0000000000000001e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.219426 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0054  argininosuccinate lyase  60.7 
 
 
466 aa  571  1.0000000000000001e-162  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0745  argininosuccinate lyase  62.58 
 
 
471 aa  567  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.470577  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2677  argininosuccinate lyase  62.14 
 
 
469 aa  566  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2864  argininosuccinate lyase  60.79 
 
 
458 aa  549  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15683  normal  0.0573198 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0201  argininosuccinate lyase  62.25 
 
 
468 aa  535  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0180  argininosuccinate lyase  54.41 
 
 
471 aa  534  1e-150  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0937  argininosuccinate lyase  55.48 
 
 
470 aa  532  1e-150  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.941991  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3741  argininosuccinate lyase  55.51 
 
 
464 aa  485  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000875067 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2151  argininosuccinate lyase  52.94 
 
 
475 aa  477  1e-133  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000172098  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2673  argininosuccinate lyase  53.39 
 
 
468 aa  477  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.973964  hitchhiker  0.00000000000598016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47620  argininosuccinate lyase  52.46 
 
 
464 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0184  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
468 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0125  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
464 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0209  argininosuccinate lyase  52.68 
 
 
464 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.822129  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0209  argininosuccinate lyase  52.57 
 
 
458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000346068 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0033  argininosuccinate lyase  53.48 
 
 
467 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1094  argininosuccinate lyase  50.77 
 
 
466 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0434705  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0548  argininosuccinate lyase  49.46 
 
 
463 aa  465  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0254  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
464 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0065  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
464 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3641  argininosuccinate lyase  52.01 
 
 
458 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0501  argininosuccinate lyase  54.04 
 
 
467 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5489  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
464 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3277  argininosuccinate lyase  51.63 
 
 
462 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0206  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
499 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3748  argininosuccinate lyase  52.01 
 
 
458 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3110  argininosuccinate lyase  52.69 
 
 
467 aa  466  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3145  argininosuccinate lyase  52.22 
 
 
458 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.339392  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2875  argininosuccinate lyase  51.63 
 
 
462 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.717741  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0156  argininosuccinate lyase  52.13 
 
 
458 aa  463  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2264  argininosuccinate lyase  51.2 
 
 
491 aa  462  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2418  argininosuccinate lyase  51.41 
 
 
461 aa  462  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00024267  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0277  argininosuccinate lyase  52.23 
 
 
464 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3670  argininosuccinate lyase  50.88 
 
 
469 aa  462  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.122063  normal  0.27596 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0490  argininosuccinate lyase  51.91 
 
 
469 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0038  argininosuccinate lyase  52.11 
 
 
468 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2065  argininosuccinate lyase  51.43 
 
 
465 aa  460  9.999999999999999e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.247909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69500  argininosuccinate lyase  51.56 
 
 
464 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.764994 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1248  argininosuccinate lyase  51.34 
 
 
465 aa  456  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6009  argininosuccinate lyase  51.12 
 
 
464 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80635  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1111  argininosuccinate lyase  51.56 
 
 
467 aa  455  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3590  argininosuccinate lyase  51.57 
 
 
466 aa  455  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1024  argininosuccinate lyase  53.51 
 
 
465 aa  456  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.350248  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0048  argininosuccinate lyase  50.77 
 
 
460 aa  457  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0231  argininosuccinate lyase  52.01 
 
 
458 aa  456  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3168  argininosuccinate lyase  50.44 
 
 
458 aa  456  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0015  argininosuccinate lyase  51.87 
 
 
478 aa  457  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0088  argininosuccinate lyase  50.55 
 
 
457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3681  argininosuccinate lyase  50.91 
 
 
462 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5316  argininosuccinate lyase  49.89 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32969  normal  0.657667 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0110  argininosuccinate lyase  50.54 
 
 
462 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0095  argininosuccinate lyase  50.55 
 
 
457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3312  argininosuccinate lyase  49.89 
 
 
486 aa  450  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.401423  normal  0.113313 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2664  argininosuccinate lyase  49.89 
 
 
486 aa  450  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1484  argininosuccinate lyase  49.34 
 
 
460 aa  449  1e-125  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.209695  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2702  argininosuccinate lyase  48.16 
 
 
459 aa  449  1e-125  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3305  argininosuccinate lyase  48.07 
 
 
462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.167787  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0126  argininosuccinate lyase  49.13 
 
 
462 aa  445  1.0000000000000001e-124  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.013786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1949  argininosuccinate lyase  50.33 
 
 
485 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.789721  decreased coverage  0.00358351 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1728  argininosuccinate lyase  48.81 
 
 
470 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.365452  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2490  argininosuccinate lyase  50.97 
 
 
466 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0865  argininosuccinate lyase  51.79 
 
 
489 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.348748  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4459  argininosuccinate lyase  47.53 
 
 
462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0185476  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1361  argininosuccinate lyase  50.34 
 
 
465 aa  445  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.138182  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1458  argininosuccinate lyase  50.22 
 
 
460 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>