More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0723 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0723  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 293 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.476462 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0022  short chain dehydrogenase  93.17 
 
 		 293 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0025  short chain dehydrogenase  90.31 
 
 		 291 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0020  short chain dehydrogenase  86.16 
 
 		 298 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.76 
 
 		 284 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.282253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.71 
 
 		 289 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307947  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.04 
 
 		 284 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.36 
 
 		 289 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.225271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70 
 
 		 284 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.53 
 
 		 272 aa  389  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0688  short chain dehydrogenase  67.84 
 
 		 285 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.902774 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.81 
 
 		 279 aa  369  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.424869  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5502  short chain dehydrogenase  64.1 
 
 		 271 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16540  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  61.09 
 
 		 280 aa  349  4e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.21 
 
 		 284 aa  343  2e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.44197  normal  0.213043 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.76 
 
 		 275 aa  338  9e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144161 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3760  short chain dehydrogenase  61.54 
 
 		 273 aa  334  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.601387  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3816  short chain dehydrogenase  61.9 
 
 		 273 aa  333  3e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.651668  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3900  short chain dehydrogenase  61.9 
 
 		 273 aa  332  4e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3873  short chain dehydrogenase  60.81 
 
 		 273 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13251  short chain dehydrogenase  56.43 
 
 		 282 aa  321  7e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.922859 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1399  short chain dehydrogenase  57.35 
 
 		 284 aa  321  8e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.319631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1776  short chain dehydrogenase  57.45 
 
 		 281 aa  319  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.306101  normal  0.665044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3295  short chain dehydrogenase  58.61 
 
 		 272 aa  318  6e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1365  short chain dehydrogenase  56.99 
 
 		 284 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1383  short chain dehydrogenase  56.99 
 
 		 284 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4014  short chain dehydrogenase  55.67 
 
 		 284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0877933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 		 290 aa  313  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.265278  normal  0.13517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4691  short chain dehydrogenase  57.8 
 
 		 281 aa  311  9e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0951384  normal  0.0455737 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3931  short chain dehydrogenase  59.78 
 
 		 275 aa  310  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464883  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25480  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.88 
 
 		 274 aa  309  4e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1333  short chain dehydrogenase  56.13 
 
 		 269 aa  307  1.0000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1306  short chain dehydrogenase  58.3 
 
 		 277 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.174791  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1337  short chain dehydrogenase  55.76 
 
 		 269 aa  305  7e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5211  short chain dehydrogenase  53.85 
 
 		 274 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00876226 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1326  short chain dehydrogenase  52.9 
 
 		 295 aa  291  8e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000371918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2262  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 		 274 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0413  short chain dehydrogenase  56.68 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0685563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26650  short chain dehydrogenase  52.94 
 
 		 274 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.999044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2695  short chain dehydrogenase  53.68 
 
 		 274 aa  289  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18208  normal  0.175359 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2808  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 		 274 aa  289  5.0000000000000004e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1282  short chain dehydrogenase  51.62 
 
 		 296 aa  285  5e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3813  short chain dehydrogenase  51.36 
 
 		 285 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3827  short chain dehydrogenase  51.36 
 
 		 285 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.393449  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3901  short chain dehydrogenase  51.36 
 
 		 285 aa  280  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4262  short chain dehydrogenase  49.42 
 
 		 289 aa  266  4e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.696965 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2386  short chain dehydrogenase  49.42 
 
 		 286 aa  264  1e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0668382  normal  0.810998 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_6391  predicted protein  37.08 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000576275 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2352  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0218125 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 246 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.317605  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3871  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 246 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 		 246 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.805429  normal  0.439717 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 246 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 		 287 aa  105  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181549  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 		 260 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.05 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 		 259 aa  99.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.85 
 
 		 249 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.38 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 235 aa  97.4  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  31.88 
 
 		 269 aa  96.7  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 		 240 aa  96.7  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  29.69 
 
 		 236 aa  96.3  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.45 
 
 		 247 aa  95.5  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.86 
 
 		 257 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 246 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.373471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.33498 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.33 
 
 		 268 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.271129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 		 249 aa  93.2  4e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  33.68 
 
 		 247 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.6 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.114191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.64 
 
 		 249 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  30.35 
 
 		 247 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 		 270 aa  92  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.12 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 		 248 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 		 253 aa  91.3  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.15 
 
 		 238 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.52 
 
 		 247 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 		 301 aa  89.7  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 265 aa  89.4  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 		 246 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 		 249 aa  89  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.61 
 
 		 249 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 		 250 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 		 248 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 		 273 aa  87.4  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>