More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0624 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009074  BURPS668_2901  formate dehydrogenase, beta subunit  61.37 
 
 
521 aa  637    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4997  NADH dehydrogenase (quinone)  66.28 
 
 
519 aa  707    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000202694 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2184  NADH dehydrogenase (quinone)  61.94 
 
 
525 aa  638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592195  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1392  formate dehydrogenase, beta subunit  66.07 
 
 
516 aa  674    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4023  formate dehydrogenase, beta subunit  59.23 
 
 
537 aa  641    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0449  formate dehydrogenase, beta subunit  61.37 
 
 
521 aa  636    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903248  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0966  formate dehydrogenase, beta subunit  61.37 
 
 
521 aa  636    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.823585  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0618  NADH dehydrogenase (quinone)  66.67 
 
 
521 aa  655    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.480438  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2963  formate dehydrogenase, beta subunit  61.37 
 
 
527 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3011  NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit  61.37 
 
 
521 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2740  NADH dehydrogenase (quinone)  65.7 
 
 
509 aa  679    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1079  NAD dependent formate dehydrogenase, beta subunit (51 kDa)  66.09 
 
 
509 aa  680    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.434836  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4098  NADH dehydrogenase I chain F  65.7 
 
 
518 aa  703    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3018  NADH dehydrogenase (quinone)  61.99 
 
 
519 aa  653    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2898  NADH dehydrogenase (quinone)  68.79 
 
 
518 aa  739    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4913  NADH dehydrogenase (quinone)  65.16 
 
 
519 aa  691    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.849952  normal  0.190693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3926  NADH dehydrogenase (quinone)  63.58 
 
 
518 aa  695    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2275  NADH dehydrogenase (quinone)  62.08 
 
 
522 aa  653    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3480  NADH dehydrogenase (quinone)  66.47 
 
 
520 aa  707    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3807  normal  0.394192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3553  NADH dehydrogenase (quinone)  61.75 
 
 
519 aa  637    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0725  NADH dehydrogenase (quinone)  94.4 
 
 
518 aa  978    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  66.47 
 
 
516 aa  692    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2751  NADH dehydrogenase (quinone)  63.08 
 
 
523 aa  663    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132633 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4646  NADH dehydrogenase (quinone)  81.66 
 
 
518 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.408864  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0721  NADH dehydrogenase (quinone)  63.16 
 
 
516 aa  677    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
518 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0554  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  64.86 
 
 
518 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0181  formate dehydrogenase, beta subunit  61.37 
 
 
521 aa  636    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3709  NADH dehydrogenase (quinone)  63.8 
 
 
520 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.801479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3090  putative formate dehydrogenase beta subunit  73.55 
 
 
518 aa  798    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.574941  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0840  NADH dehydrogenase (quinone)  64.99 
 
 
516 aa  678    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.882058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2353  NADH dehydrogenase (quinone)  65.9 
 
 
519 aa  679    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.691857  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4868  NADH dehydrogenase (quinone)  65.16 
 
 
519 aa  689    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00138717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0804  NADH dehydrogenase (quinone)  92.66 
 
 
518 aa  958    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3637  NADH dehydrogenase (quinone)  64.55 
 
 
518 aa  704    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288209  normal  0.948278 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2854  NADH dehydrogenase (quinone)  65.7 
 
 
509 aa  664    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0388  NADH dehydrogenase (quinone)  63.2 
 
 
523 aa  652    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1808  NADH dehydrogenase (quinone)  62.99 
 
 
519 aa  643    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0989  NADH dehydrogenase (quinone)  71.26 
 
 
516 aa  729    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2857  NADH dehydrogenase (quinone)  60.99 
 
 
513 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1707  NADH dehydrogenase (quinone)  62.04 
 
 
519 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0256  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  66.28 
 
 
519 aa  677    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.370344  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2594  formate dehydrogenase, beta subunit  61.37 
 
 
521 aa  636    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2384  NADH dehydrogenase (quinone)  63.6 
 
 
518 aa  672    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.649035  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4405  NADH dehydrogenase (quinone)  65.16 
 
 
519 aa  691    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2057  formate dehydrogenase, beta subunit  57.83 
 
 
534 aa  625  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.657575  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1623  formate dehydrogenase, beta subunit  60.59 
 
 
522 aa  625  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0908  NADH dehydrogenase (quinone)  60.23 
 
 
525 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0101124 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2559  NADH dehydrogenase (quinone)  61.34 
 
 
500 aa  622  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126954  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0553  NADH dehydrogenase (quinone)  60.67 
 
 
525 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0896  NADH dehydrogenase (quinone)  60.04 
 
 
525 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1032  NADH dehydrogenase (quinone)  60.67 
 
 
525 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  60.86 
 
 
525 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288712  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1860  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  61.36 
 
 
727 aa  615  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1474  NADH dehydrogenase (quinone)  60.88 
 
 
516 aa  608  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.489293  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4145  NADH dehydrogenase (quinone)  59.49 
 
 
525 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25157  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2365  NADH dehydrogenase (quinone)  61.06 
 
 
525 aa  610  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0728  NADH dehydrogenase (quinone)  59.45 
 
 
518 aa  608  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538891  normal  0.849063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0965  NAD-dependent formate dehydrogenase, beta subunit  60.9 
 
 
521 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162501  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3022  NADH dehydrogenase (quinone)  60.24 
 
 
520 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689492  hitchhiker  0.00492897 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0733  NADH dehydrogenase (quinone)  60.19 
 
 
512 aa  600  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2683  NADH dehydrogenase (quinone)  59.52 
 
 
511 aa  600  1e-170  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0030  NADH dehydrogenase (quinone)  53.01 
 
 
523 aa  565  1e-160  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  50.72 
 
 
602 aa  432  1e-120  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  49.52 
 
 
610 aa  418  9.999999999999999e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  43.82 
 
 
594 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  48.43 
 
 
607 aa  414  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  43.13 
 
 
597 aa  412  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  48.43 
 
 
607 aa  414  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  44.8 
 
 
535 aa  409  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  43.52 
 
 
572 aa  410  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  47.36 
 
 
537 aa  406  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  44.53 
 
 
590 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  47.22 
 
 
535 aa  402  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  47.15 
 
 
532 aa  403  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  44.61 
 
 
604 aa  399  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  42.03 
 
 
562 aa  400  9.999999999999999e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  43.96 
 
 
535 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  43.37 
 
 
535 aa  395  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  42.07 
 
 
595 aa  395  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  46.63 
 
 
597 aa  396  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  41.83 
 
 
629 aa  393  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  44.63 
 
 
552 aa  394  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  40.99 
 
 
624 aa  394  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  43.39 
 
 
597 aa  390  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  44.63 
 
 
614 aa  390  1e-107  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  41.15 
 
 
591 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  41.37 
 
 
594 aa  392  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  41.21 
 
 
538 aa  390  1e-107  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4239  NADH dehydrogenase (quinone)  40.66 
 
 
593 aa  385  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3921  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  41.05 
 
 
593 aa  386  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  39.63 
 
 
614 aa  387  1e-106  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  41.35 
 
 
656 aa  386  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  43.14 
 
 
530 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  47.71 
 
 
596 aa  384  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2304  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  40 
 
 
623 aa  385  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2794  NADH dehydrogenase (quinone)  44.1 
 
 
572 aa  380  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0834  NADH dehydrogenase I, F subunit  42.5 
 
 
617 aa  381  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  44.14 
 
 
588 aa  380  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  40.04 
 
 
545 aa  382  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>