80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0578 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0578  glycosyl transferase family protein  100 
 
 
419 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4101  glycosyl transferase family protein  73.25 
 
 
390 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0116147  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3596  glycosyl transferase family 2  44.2 
 
 
418 aa  253  6e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4582  glycosyl transferase family 2  43.77 
 
 
386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.077978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4727  glycosyl transferase family 2  44.16 
 
 
386 aa  230  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4212  glycosyl transferase family protein  42.51 
 
 
386 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.787376  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2977  glycosyl transferase family protein  40.72 
 
 
390 aa  186  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707645  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0799  glycosyl transferase family 2  36.46 
 
 
369 aa  169  7e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.958251 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1394  glycosyl transferase family 2  43.19 
 
 
362 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.295637 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1232  glycosyl transferase family protein  42.41 
 
 
362 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1173  glycosyl transferase family 2  42.8 
 
 
372 aa  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2919  glycosyl transferase family 2  32.36 
 
 
384 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.60146  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5107  glycosyl transferase family protein  39.61 
 
 
364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120649  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2540  glycosyl transferase family protein  33.86 
 
 
219 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.409391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2505  glycosyl transferase family protein  29.8 
 
 
219 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2639  glycosyl transferase family protein  31.44 
 
 
232 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.613658 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3256  glycosyl transferase, group 2 family protein  29.41 
 
 
219 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0789044  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10920  acylphosphatase  33.2 
 
 
393 aa  74.7  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.551581  normal  0.319268 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3001  glycosyl transferase family protein  27.89 
 
 
217 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1343  glycosyl transferase family protein  35.06 
 
 
522 aa  72.8  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0725214  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1798  glycosyl transferase family protein  29.07 
 
 
224 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.521662  normal  0.0312048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2655  glycosyl transferase family protein  31.33 
 
 
223 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584909  normal  0.786422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3134  glycosyl transferase, group 2 family protein  29.13 
 
 
217 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0455635  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5418  glycosyl transferase family protein  30.52 
 
 
218 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.39706  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0557  glycosyl transferase family 2  29.5 
 
 
250 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5874  glycosyl transferase family protein  28.8 
 
 
270 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.191955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2569  glycosyl transferase family 2  32.81 
 
 
227 aa  61.2  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.392565  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4939  glycosyl transferase family protein  28.35 
 
 
227 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2088  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 
807 aa  57.4  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.169515  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2029  glycosyl transferase family protein  29.82 
 
 
217 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80207  normal  0.710453 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0022  glycosyl transferase family protein  28.57 
 
 
234 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.647116  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1256  glycosyl transferase family protein  34.92 
 
 
240 aa  54.3  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000223583  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2334  glycosyl transferase family 2  30.38 
 
 
417 aa  53.9  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.876722  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20090  glycosyl transferase  28.68 
 
 
255 aa  53.9  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.308185  normal  0.813225 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7707  glycosyl transferase family protein  27.21 
 
 
889 aa  53.5  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3270  glycosyl transferase family 2  30.08 
 
 
247 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141739  hitchhiker  0.0000443809 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2509  glycosyl transferase family 2  26.03 
 
 
408 aa  51.2  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.790074 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1675  glycosyl transferase family 2  29.58 
 
 
415 aa  50.8  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1781  glycosyl transferase family 2  27.06 
 
 
326 aa  50.8  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.456914  normal  0.601286 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0674  glycosyl transferase family 2  27.12 
 
 
382 aa  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780318 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  29.18 
 
 
708 aa  49.7  0.00009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4384  glycosyl transferase family protein  31.5 
 
 
328 aa  49.7  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0212  glycosyl transferase  31.75 
 
 
382 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000843162  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3224  glycosyl transferase family 2  28.74 
 
 
367 aa  48.5  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.210562  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3652  glycosyl transferase family 2  29.91 
 
 
246 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0575879  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2953  glycosyl transferase family protein  27.18 
 
 
268 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666852  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0337  glycosyl transferase family protein  27.09 
 
 
273 aa  48.9  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1411  glycosyl transferase family protein  24.44 
 
 
424 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.584249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1040  glycosyl transferase family 2  31.82 
 
 
380 aa  47.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1225  family 2 glycosyl transferase  26.36 
 
 
236 aa  47.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9270  glycosyltransferase-like protein  26.76 
 
 
243 aa  47.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.444008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3247  glycosyl transferase family protein  28.69 
 
 
375 aa  47.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.14939  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2238  glycosyl transferase family 2  28.79 
 
 
218 aa  47  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1571  glycosyl transferase family 2  24.48 
 
 
342 aa  46.6  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.79772e-16 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0505  glycosyl transferase family protein  30.37 
 
 
262 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1913  glycosyl transferase family 2  30.72 
 
 
286 aa  45.8  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3138  glycosyltransferase  22.67 
 
 
253 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259725  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1158  glycosyl transferase family protein  39.44 
 
 
403 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0386  glycosyl transferase family protein  30 
 
 
393 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.737923  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3434  glycosyl transferase, group 2 family protein  23.33 
 
 
253 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1393  glycosyl transferase family protein  30.57 
 
 
395 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0519554  hitchhiker  0.000418344 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2111  glycosyl transferase family 2  28.57 
 
 
236 aa  45.4  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2406  glycosyl transferase family protein  32.54 
 
 
280 aa  45.8  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4488  glycosyl transferase family 2  32.14 
 
 
273 aa  45.1  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3442  glycosyl transferase, group 2 family protein  24 
 
 
253 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.184184  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3459  glycosyl transferase, group 2 family protein  23.33 
 
 
253 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0198533  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3232  glycosyl transferase, group 2 family protein  22.67 
 
 
193 aa  44.7  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0263281  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3446  glycosyl transferase, group 2 family protein  22 
 
 
253 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3171  glycosyl transferase family protein  24.64 
 
 
297 aa  43.9  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.675731  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3111  glycosyl transferase family protein  24.64 
 
 
297 aa  43.9  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2081  glycosyl transferase  23.53 
 
 
316 aa  43.9  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.797991  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0333  glycosyl transferase family 2  23.21 
 
 
420 aa  43.9  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0372  glycosyl transferase family 2  30.08 
 
 
381 aa  43.9  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0194499  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2238  glycosyl transferase family 2  29.32 
 
 
374 aa  43.5  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3648  hypothetical protein  26.92 
 
 
365 aa  43.5  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3832  glycosyl transferase, group 2 family protein  27.97 
 
 
413 aa  43.5  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.956349  normal  0.0237391 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2444  glycosyl transferase family protein  31.19 
 
 
320 aa  43.1  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.181475  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0268  glycosyl transferase family protein  28.81 
 
 
323 aa  43.1  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0340  glycosyl transferase family 2  28.93 
 
 
270 aa  43.1  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167181  normal  0.387021 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3925  glycosyl transferase family 2  31.58 
 
 
379 aa  43.1  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.207175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>