183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0577 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0577  methyltransferase type 12  100 
 
 		 192 aa  390  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4100  NodS  71.35 
 
 		 192 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246696  normal  0.139963 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3661  methyltransferase type 12  44.56 
 
 		 197 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0983592  normal  0.117601 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3847  methyltransferase type 12  47.37 
 
 		 198 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4156  Methyltransferase type 12  46.32 
 
 		 198 aa  160  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0265563  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3595  Methyltransferase type 12  47.4 
 
 		 192 aa  159  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1345  methyltransferase type 12  47.18 
 
 		 191 aa  154  7e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0930798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2920  Methyltransferase type 12  40.88 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.338698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4304  Methyltransferase type 12  49.69 
 
 		 197 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0637573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0800  Methyltransferase type 12  42.93 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.721847 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0200  Methyltransferase type 12  41.36 
 
 		 240 aa  121  7e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4938  NodS  43.71 
 
 		 203 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0511  LmbE family protein  43.4 
 
 		 464 aa  117  7.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.211712  decreased coverage  0.000000388452 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20100  uncharacterized LmbE-like protein  40 
 
 		 502 aa  115  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153307  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2654  methyltransferase type 12  37.99 
 
 		 199 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268056  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5417  methyltransferase type 12  40.65 
 
 		 199 aa  114  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3271  LmbE family protein  41.77 
 
 		 462 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000861736  hitchhiker  0.0000637715 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0556  LmbE family protein  42.14 
 
 		 464 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  41.67 
 
 		 447 aa  112  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3257  methyltransferase, putative  37.43 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.509429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2504  methyltransferase type 12  37.43 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0336  LmbE family protein  34.41 
 
 		 471 aa  108  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3133  methyltransferase, putative  39.58 
 
 		 208 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0805315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3000  methyltransferase, putative  39.58 
 
 		 208 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2638  NodS family protein  38.31 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2028  putative methyltransferase protein  40 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2239  Methyltransferase type 12  38.89 
 
 		 201 aa  104  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2541  NodS  35.62 
 
 		 199 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01090  uncharacterized LmbE-like protein  35.75 
 
 		 708 aa  94  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5873  methyltransferase type 12  34.12 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444387 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2568  LmbE family protein  35.17 
 
 		 427 aa  90.5  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.219184  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0019  NodS family protein  34.12 
 
 		 207 aa  89  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1799  methyltransferase type 12  31.36 
 
 		 265 aa  87  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.0767519 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7716  NodS family protein  31.4 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.935412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2950  glycosyl transferase family 2  33.51 
 
 		 1001 aa  65.1  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  34.53 
 
 		 1015 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0957  methyltransferase type 12  33.04 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0352326 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2970  hypothetical protein  34.19 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1408  membrane-associated protein  33.01 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4321  UbiE/COQ5 methyltransferase  35.78 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701577  normal  0.237369 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2110  methyltransferase type 11  35.34 
 
 		 266 aa  52.8  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.594236 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0390  Methyltransferase type 11  31.82 
 
 		 194 aa  51.2  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3695  methyltransferase type 12  28.29 
 
 		 726 aa  50.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0608  Trans-aconitate 2-methyltransferase  29.48 
 
 		 262 aa  50.4  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0288273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0913  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  30 
 
 		 407 aa  50.8  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3404  methyltransferase type 11  30.93 
 
 		 226 aa  50.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.236605  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2830  methylase  29.23 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.036188  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1226  methyltransferase  28.19 
 
 		 263 aa  50.1  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1330  Methyltransferase type 11  33.57 
 
 		 252 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2082  Methyltransferase type 11  32.73 
 
 		 265 aa  48.9  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0250363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4652  Methyltransferase type 11  27.97 
 
 		 254 aa  47.8  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.230067 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3471  methyltransferase type 11  28.57 
 
 		 207 aa  47.8  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00055475  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2527  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  28.79 
 
 		 238 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.142022  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0292  MCP methyltransferase, CheR-type  29.93 
 
 		 253 aa  47.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4215  methyltransferase type 12  33.64 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.515794  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1424  methyltransferase type 11  40 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.96391 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04350  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  37.11 
 
 		 155 aa  47.4  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0249  Methyltransferase type 11  32.48 
 
 		 244 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0971  Methyltransferase type 12  34.62 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2952  amino acid adenylation domain protein  30.17 
 
 		 2012 aa  47.4  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.537682 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2806  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  28.46 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000560342 
 
 
-
 
NC_002978  WD0350  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.37 
 
 		 391 aa  46.6  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19303  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4902  putative SAM-dependent methyltransferase  29.9 
 
 		 541 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1352  hypothetical protein  27.87 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1957  methyltransferase type 11  33.62 
 
 		 236 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.476882  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4828  methyltransferase domain family  29.9 
 
 		 541 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1443  UbiE/COQ5 methyltransferase  25.35 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000720373  normal  0.0497361 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2850  methylase  26.92 
 
 		 235 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00782865  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0366  acylneuraminate cytidylyltransferase  28.85 
 
 		 453 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592907  normal  0.873597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5499  Methyltransferase type 11  32.26 
 
 		 196 aa  45.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1974  Methyltransferase type 11  36.75 
 
 		 260 aa  45.8  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00383386  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4852  putative SAM-dependent methyltransferase  29.9 
 
 		 541 aa  45.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0491612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4011  methyltransferase type 12  33.96 
 
 		 317 aa  46.2  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.550687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4899  putative SAM-dependent methyltransferase  29.9 
 
 		 541 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00310573 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0712  Methyltransferase type 11  32.35 
 
 		 246 aa  45.8  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1223  Methyltransferase type 12  29.81 
 
 		 219 aa  45.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.902999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2300  methyltransferase type 11  27.4 
 
 		 260 aa  45.8  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1389  methyltransferase type 12  29.73 
 
 		 2112 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.768634 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2481  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  26.92 
 
 		 235 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.817194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0619  Mg-protoporphyrin IX methyl transferase  29.29 
 
 		 236 aa  45.4  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00265376  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2809  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  26.92 
 
 		 235 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5940  amino acid adenylation domain-containing protein  30.69 
 
 		 6999 aa  45.4  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4752  putative methionine biosynthesis protein MetW  29.9 
 
 		 541 aa  45.1  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.432574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1983  Methyltransferase type 11  28.71 
 
 		 252 aa  45.1  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.600797 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3983  hypothetical protein  31.67 
 
 		 206 aa  45.1  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.117251  normal  0.595141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1280  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  35.45 
 
 		 402 aa  45.1  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280031  unclonable  0.0000000000741696 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2490  Methyltransferase type 11  37.25 
 
 		 296 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0330  hypothetical protein  28.57 
 
 		 226 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.892923  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3500  Methyltransferase type 11  28.35 
 
 		 243 aa  45.1  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0524086 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1366  methyltransferase type 11  33.94 
 
 		 288 aa  44.7  0.0009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0002  amino acid adenylation  30.91 
 
 		 2867 aa  44.3  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0171576 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1093  methyltransferase  33.33 
 
 		 201 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280373  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0628  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.01 
 
 		 230 aa  44.3  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.308347  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3425  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  34.38 
 
 		 258 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129288 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2011  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  31.96 
 
 		 253 aa  43.9  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.3567 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1026  methyltransferase type 11  35.05 
 
 		 207 aa  43.9  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.735672  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4083  methyltransferase type 11  31.03 
 
 		 257 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.189475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1428  Methyltransferase type 11  28.57 
 
 		 233 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.258196 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2066  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  26.67 
 
 		 236 aa  44.3  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.10278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4409  methyltransferase type 11  31.21 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>