More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0559 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001307  ANIA_02315  ATP synthase beta chain, mitochondrial (Eurofung)  76.6 
 
 
518 aa  715    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.80478  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03616  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.68 
 
 
460 aa  658    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.587237  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4235  ATP synthase F1, beta subunit  69.68 
 
 
460 aa  658    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0113  F0F1 ATP synthase subunit beta  76.06 
 
 
470 aa  703    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.800377  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5413  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.74 
 
 
458 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278532 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3818  F0F1 ATP synthase subunit beta  78.22 
 
 
474 aa  742    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0012  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.81 
 
 
460 aa  636    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0203  F0F1 ATP synthase subunit beta  71.13 
 
 
475 aa  682    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.838406  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0142  F0F1 ATP synthase subunit beta  70.94 
 
 
465 aa  659    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0029087  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5430  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.7 
 
 
468 aa  647    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0062  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.38 
 
 
461 aa  643    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0102  F0F1 ATP synthase subunit beta  70.94 
 
 
465 aa  659    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.532539  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1799  F0F1 ATP synthase subunit beta  86.75 
 
 
521 aa  797    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.469261  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4747  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.03 
 
 
463 aa  637    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1939  ATP synthase F1 subunit beta  69.65 
 
 
482 aa  656    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5155  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.13 
 
 
469 aa  644    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0181879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4987  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.13 
 
 
469 aa  644    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5005  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.13 
 
 
469 aa  644    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.509964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2957  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3845  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.1 
 
 
458 aa  640    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000208529 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2201  F0F1 ATP synthase subunit beta  78.83 
 
 
475 aa  750    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00570  conserved hypothetical protein  71.9 
 
 
547 aa  690    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0429252  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119590  ATP synthase beta chain, mitochondrial precursor  77.66 
 
 
530 aa  743    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.114737  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2024  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.67 
 
 
477 aa  641    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.531003 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0197  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.53 
 
 
471 aa  636    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0974  F0F1 ATP synthase subunit beta  78.83 
 
 
475 aa  748    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3355  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0459  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.33 
 
 
507 aa  671    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00202199  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2797  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.82 
 
 
459 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0433  F0F1 ATP synthase subunit beta  95.17 
 
 
476 aa  921    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2298  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.96 
 
 
482 aa  655    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0179  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3074  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.6 
 
 
458 aa  639    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2430  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.39 
 
 
458 aa  639    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0681755  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2299  F0F1 ATP synthase subunit beta  78.83 
 
 
475 aa  748    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0962572  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0949  F0F1 ATP synthase subunit beta  73.36 
 
 
468 aa  684    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.740096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3131  F0F1 ATP synthase subunit beta  73.36 
 
 
468 aa  683    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3288  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.38 
 
 
464 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0021  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.23 
 
 
482 aa  660    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.141679 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2608  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.65 
 
 
464 aa  637    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2014  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.02 
 
 
462 aa  657    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3015  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3406  F0F1 ATP synthase subunit beta  75.64 
 
 
470 aa  701    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.732253  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0985  F0F1 ATP synthase subunit beta  71.15 
 
 
470 aa  664    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.197353  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1507  F0F1 ATP synthase subunit beta  75.42 
 
 
471 aa  715    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5547  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.13 
 
 
469 aa  644    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00288434  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1403  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.64 
 
 
468 aa  654    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.593007  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0819  F0F1 ATP synthase subunit beta  65.86 
 
 
503 aa  648    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2315  F0F1 ATP synthase subunit beta  70.62 
 
 
484 aa  644    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.924902  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0310  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.09 
 
 
459 aa  637    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.239632  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0049  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.59 
 
 
462 aa  652    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.534709  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1226  F0F1 ATP synthase subunit beta  80.26 
 
 
474 aa  747    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.877196  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2378  F0F1 ATP synthase subunit beta  70.75 
 
 
462 aa  659    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00260932 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3308  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0659546  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4348  F0F1 ATP synthase subunit beta  72.56 
 
 
482 aa  670    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0265  F0F1 ATP synthase subunit beta  99.37 
 
 
476 aa  960    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2402  F0F1 ATP synthase subunit beta  80.25 
 
 
481 aa  778    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0763  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.74 
 
 
474 aa  647    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0573  F0F1 ATP synthase subunit beta  70.56 
 
 
507 aa  657    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1049  F0F1 ATP synthase subunit beta  78.01 
 
 
474 aa  744    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0106  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.96 
 
 
474 aa  642    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167239  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3968  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0174  F0F1 ATP synthase subunit beta  98.11 
 
 
476 aa  952    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4366  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.45 
 
 
463 aa  644    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.521445  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0327  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.8 
 
 
467 aa  636    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.713422  normal  0.632855 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0040  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0581071  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3752  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.1 
 
 
463 aa  643    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00277276  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0559  F0F1 ATP synthase subunit beta  100 
 
 
476 aa  964    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.29252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3284  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.31 
 
 
458 aa  638    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0529  F0F1 ATP synthase subunit beta  96.01 
 
 
476 aa  932    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2327  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.88 
 
 
477 aa  639    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.568138  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0114  F0F1 ATP synthase subunit beta  80.55 
 
 
537 aa  777    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3644  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.88 
 
 
462 aa  643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0562091  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_77492  F1F0-ATPase complex, F1 beta subunit  76.28 
 
 
503 aa  713    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.686531  normal  0.984135 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2086  F0F1 ATP synthase subunit beta  77.59 
 
 
474 aa  751    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.531544  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2288  F0F1 ATP synthase subunit beta  81.03 
 
 
513 aa  757    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.966957  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4042  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.74 
 
 
464 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4295  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.17 
 
 
461 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.797845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3218  F0F1 ATP synthase subunit beta  85.44 
 
 
519 aa  822    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.409534  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0336  F0F1 ATP synthase subunit beta  66.2 
 
 
501 aa  634    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2452  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.02 
 
 
465 aa  637    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2162  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.23 
 
 
465 aa  639    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1696  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.46 
 
 
457 aa  644    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3385  F0F1 ATP synthase subunit beta  69.62 
 
 
484 aa  635    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3925  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.03 
 
 
463 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0179078 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4017  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.45 
 
 
463 aa  641    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.436457  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2869  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.45 
 
 
458 aa  639    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.761227  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4045  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.81 
 
 
463 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.632906  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0255  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.1 
 
 
474 aa  642    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0651281  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2802  F0F1 ATP synthase subunit beta  79.66 
 
 
479 aa  746    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.472945  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4132  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.82 
 
 
460 aa  652    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.364679  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73240  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.17 
 
 
458 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1525  F0F1 ATP synthase subunit beta  70.43 
 
 
465 aa  654    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00013374  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2195  F0F1 ATP synthase subunit beta  72.22 
 
 
470 aa  672    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0606  F0F1 ATP synthase subunit beta  75.21 
 
 
471 aa  715    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.391377  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0372  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.96 
 
 
476 aa  641    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.678758 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0308  F0F1 ATP synthase subunit beta  67.45 
 
 
468 aa  636    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0848804 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3956  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.24 
 
 
463 aa  643    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0165608  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2582  F0F1 ATP synthase subunit beta  68.01 
 
 
469 aa  650    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.646569  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3458  F0F1 ATP synthase subunit beta  75.43 
 
 
474 aa  698    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>