105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0386 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0386  hypothetical protein  100 
 
 
103 aa  215  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0434  hypothetical protein  92.16 
 
 
103 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0341  protein of unknown function DUF1330  86.27 
 
 
102 aa  190  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00521106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0196  hypothetical protein  72.28 
 
 
100 aa  160  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0334  hypothetical protein  68.32 
 
 
100 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.255499  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4815  protein of unknown function DUF1330  59.41 
 
 
114 aa  127  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353052  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2630  hypothetical protein  58.42 
 
 
114 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.152361 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1754  hypothetical protein  59.8 
 
 
114 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1359  hypothetical protein  58.42 
 
 
103 aa  117  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.102563  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0345  hypothetical protein  57.89 
 
 
96 aa  111  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0272597  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1707  hypothetical protein  56.12 
 
 
97 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0785  hypothetical protein  55.79 
 
 
95 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560924  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2129  hypothetical protein  54.74 
 
 
95 aa  104  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2045  hypothetical protein  54.74 
 
 
95 aa  104  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0164673  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4587  protein of unknown function DUF1330  56.84 
 
 
95 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0684  hypothetical protein  54.08 
 
 
97 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4324  protein of unknown function DUF1330  55.79 
 
 
95 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0008  hypothetical protein  50.53 
 
 
94 aa  100  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00922624  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3539  hypothetical protein  51.58 
 
 
95 aa  99.4  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3708  hypothetical protein  50 
 
 
98 aa  97.4  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1519  protein of unknown function DUF1330  49.5 
 
 
114 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.407227 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1521  hypothetical protein  48.51 
 
 
114 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.997326  normal  0.585973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1800  protein of unknown function DUF1330  48.51 
 
 
114 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0472957  normal  0.250055 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3703  hypothetical protein  50.52 
 
 
96 aa  92  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.12428 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0358  hypothetical protein  46.88 
 
 
214 aa  87.4  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0495198  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2669  hypothetical protein  47.87 
 
 
96 aa  84  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2403  hypothetical protein  47.87 
 
 
96 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.79558  normal  0.741886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3445  hypothetical protein  50 
 
 
110 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3239  hypothetical protein  48.94 
 
 
97 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0371902  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1957  hypothetical protein  45.83 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0569002  normal  0.325909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2093  hypothetical protein  43.75 
 
 
97 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302469  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1937  hypothetical protein  46.88 
 
 
97 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0325431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2483  hypothetical protein  45.26 
 
 
97 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1110  hypothetical protein  43.3 
 
 
96 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6118  hypothetical protein  44.68 
 
 
96 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133615  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1268  hypothetical protein  37.89 
 
 
95 aa  70.5  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.253243  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0450  hypothetical protein  41.49 
 
 
96 aa  70.5  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2103  hypothetical protein  41.49 
 
 
96 aa  70.5  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.40869  normal  0.72885 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2371  hypothetical protein  41.49 
 
 
96 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.762767  normal  0.447407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1233  hypothetical protein  38.2 
 
 
95 aa  66.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.346444  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6432  hypothetical protein  41.94 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.386875 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1641  hypothetical protein  36.84 
 
 
97 aa  65.1  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.825876  hitchhiker  0.000000345307 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0599  hypothetical protein  40.45 
 
 
96 aa  63.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.543167  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3229  hypothetical protein  44.44 
 
 
95 aa  60.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0338  hypothetical protein  40.43 
 
 
98 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.418889  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1874  hypothetical protein  40.43 
 
 
98 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.446386  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1789  hypothetical protein  40.43 
 
 
98 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.35863  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2076  hypothetical protein  43.21 
 
 
95 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0958  hypothetical protein  40.43 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0421  hypothetical protein  40.43 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0223  hypothetical protein  40.43 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0195535  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1378  hypothetical protein  40.43 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0182872  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2337  protein of unknown function DUF1330  35.87 
 
 
100 aa  57.8  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1988  hypothetical protein  34.74 
 
 
95 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332704  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0040  protein of unknown function DUF1330  37.89 
 
 
95 aa  54.7  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000083486 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4093  hypothetical protein  34.74 
 
 
97 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3722  hypothetical protein  34.21 
 
 
89 aa  53.9  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104061  normal  0.935166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1007  protein of unknown function DUF1330  38.54 
 
 
96 aa  53.5  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5022  protein of unknown function DUF1330  35.42 
 
 
112 aa  53.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0320092  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1844  hypothetical protein  34.34 
 
 
101 aa  52.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1054  hypothetical protein  37.5 
 
 
96 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4583  hypothetical protein  37.88 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.165656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0727  hypothetical protein  38.37 
 
 
98 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2304  hypothetical protein  34 
 
 
97 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6409  protein of unknown function DUF1330  36.08 
 
 
97 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2189  protein of unknown function DUF1330  35.42 
 
 
96 aa  49.7  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.321653  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4724  hypothetical protein  36.73 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2552  hypothetical protein  40.79 
 
 
98 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758966  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7205  protein of unknown function DUF1330  33.66 
 
 
97 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0913  protein of unknown function DUF1330  36.46 
 
 
96 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0722  protein of unknown function DUF1330  33.33 
 
 
102 aa  49.7  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2667  protein of unknown function DUF1330  34.65 
 
 
97 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3241  protein of unknown function DUF1330  34.88 
 
 
98 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386279  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1194  hypothetical protein  32 
 
 
107 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707621  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3445  protein of unknown function DUF1330  33.33 
 
 
96 aa  46.2  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1128  hypothetical protein  38.54 
 
 
96 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1090  hypothetical protein  34.38 
 
 
97 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2285  hypothetical protein  29.79 
 
 
96 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0613201  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0417  hypothetical protein  31.96 
 
 
97 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6638  hypothetical protein  34.09 
 
 
95 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4723  hypothetical protein  35.71 
 
 
102 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1905  hypothetical protein  32.99 
 
 
98 aa  43.9  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.682108  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1076  hypothetical protein  31.18 
 
 
99 aa  43.9  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.262747  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5107  hypothetical protein  32.29 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.496431 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5163  hypothetical protein  29.87 
 
 
106 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.934572 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3403  hypothetical protein  29.87 
 
 
106 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0971  protein of unknown function DUF1330  37.5 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0127294  normal  0.0142522 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1067  protein of unknown function DUF1330  37.5 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.108805  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3183  hypothetical protein  32.29 
 
 
96 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.614337  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5237  hypothetical protein  29.87 
 
 
133 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1325  hypothetical protein  34.38 
 
 
96 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0668  protein of unknown function DUF1330  36.47 
 
 
95 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0495537  normal  0.0136421 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5793  hypothetical protein  34.12 
 
 
95 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6158  hypothetical protein  34.12 
 
 
95 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3616  hypothetical protein  34.02 
 
 
107 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2715  hypothetical protein  29.87 
 
 
106 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4644  protein of unknown function DUF1330  28.57 
 
 
106 aa  41.6  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0263146  normal  0.598238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1673  hypothetical protein  34.92 
 
 
92 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7719  hypothetical protein  32.94 
 
 
84 aa  41.2  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5042  hypothetical protein  32.94 
 
 
88 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.662041  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>