More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0354 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0354  enoyl-CoA hydratase/isomerase  100 
 
 
263 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000842665 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1365  enoyl-CoA hydratase/isomerase  48.85 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6908  enoyl-CoA hydratase/isomerase  47.69 
 
 
264 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1014  enoyl-CoA hydratase/isomerase  46.12 
 
 
269 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.108431 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0515  enoyl-CoA hydratase  45.42 
 
 
266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.658249  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1700  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.46 
 
 
268 aa  211  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.672867  hitchhiker  0.0000387176 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6511  enoyl-CoA hydratase/isomerase  44.49 
 
 
262 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.305352  normal  0.309603 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3255  enoyl-CoA hydratase/isomerase  44.49 
 
 
262 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.574629 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4908  enoyl-CoA hydratase/isomerase  44.49 
 
 
262 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1822  enoyl-CoA hydratase  43.8 
 
 
269 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0818763  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5283  enoyl-CoA hydratase  41.09 
 
 
267 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7280  enoyl-CoA hydratase  41.86 
 
 
281 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.83721  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2750  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.39 
 
 
268 aa  196  3e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3006  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.85 
 
 
269 aa  193  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0321  1,4-dihydroxy-2-naphthoate synthase  40.84 
 
 
279 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.303532  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1991  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.47 
 
 
264 aa  185  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.19767  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2162  enoyl-CoA hydratase  40 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0484  enoyl-CoA hydratase  41.04 
 
 
295 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.056437 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4233  enoyl-CoA hydratase  40.8 
 
 
295 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.375859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1840  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.36 
 
 
264 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15718  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6254  enoyl-CoA hydratase  42.06 
 
 
275 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2926  enoyl-CoA hydratase  42.06 
 
 
275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  0.995806 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2911  enoyl-CoA hydratase  42.06 
 
 
275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.210869  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2297  enoyl-CoA hydratase  42.06 
 
 
275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201677  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0198  enoyl-CoA hydratase  40.8 
 
 
286 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0304  enoyl-CoA hydratase  38.55 
 
 
272 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0110  enoyl-CoA hydratase  38.55 
 
 
277 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0159  enoyl-CoA hydratase  38.17 
 
 
272 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4780  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40 
 
 
258 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0080  enoyl-CoA hydratase  38.93 
 
 
275 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0393  enoyl-CoA hydratase  40.87 
 
 
295 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.350305  normal  0.0100997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0166  enoyl-CoA hydratase  38.17 
 
 
272 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2823  enoyl-CoA hydratase  40.87 
 
 
275 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4486  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.16 
 
 
258 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.5704  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4399  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.16 
 
 
258 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2960  enoyl-CoA hydratase  40.87 
 
 
275 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4150  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.02 
 
 
269 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.135617  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12694  enoyl-CoA hydratase  41.53 
 
 
276 aa  169  5e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311561  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0420  enoyl-CoA hydratase  41.23 
 
 
275 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.411652  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3213  enoyl-CoA hydratase  40.79 
 
 
275 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1350  enoyl-CoA hydratase  40.79 
 
 
275 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0076  enoyl-CoA hydratase  40.79 
 
 
275 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.426099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0244  enoyl-CoA hydratase  40.79 
 
 
275 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2705  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.57 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0439  enoyl-CoA hydratase  41.05 
 
 
275 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0603  enoyl-CoA hydratase  41.05 
 
 
326 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.383469  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6835  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.8 
 
 
264 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103255  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0363  enoyl-CoA hydratase  39.91 
 
 
249 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3993  enoyl-CoA hydratase  42.11 
 
 
260 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169816  normal  0.366348 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4253  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.07 
 
 
254 aa  158  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6922  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.4 
 
 
258 aa  157  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2395  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.69 
 
 
254 aa  155  7e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0269  enoyl-CoA hydratase  35.51 
 
 
259 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.453887  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3892  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.36 
 
 
255 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594401  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3818  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.36 
 
 
255 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3643  enoyl-CoA hydratase  41.85 
 
 
265 aa  151  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3804  enoyl-CoA hydratase  35.95 
 
 
255 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726553  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0401  enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.47 
 
 
260 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1781  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.84 
 
 
260 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.655694  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0063  enoyl-CoA hydratase  35.61 
 
 
262 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1633  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.96 
 
 
266 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.959548  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2735  enoyl-CoA hydratase  36.8 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3622  enoyl-CoA hydratase  37.04 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538204  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0790  enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase  35.63 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0090  enoyl-CoA hydratase  39.48 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1671  enoyl-CoA hydratase  39.64 
 
 
265 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0787983  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2031  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  36.63 
 
 
260 aa  146  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0287  putative enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.87 
 
 
270 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0921872  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2856  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.02 
 
 
260 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0080  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.23 
 
 
266 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2444  enoyl-CoA hydratase  32.82 
 
 
260 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7128  enoyl-CoA hydratase  34.83 
 
 
265 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3272  enoyl-CoA hydratase  35.85 
 
 
266 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2902  enoyl-CoA hydratase  37.16 
 
 
263 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1572  short chain enoyl-CoA hydratase  32.17 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150745  normal  0.335046 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0815  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.51 
 
 
257 aa  139  6e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.731883  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1419  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.36 
 
 
266 aa  139  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.317109  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2368  short chain enoyl-CoA hydratase  37.55 
 
 
258 aa  138  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0372  short chain enoyl-CoA hydratase  36.51 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.83461  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2212  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.12 
 
 
262 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136101  normal  0.0104789 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1308  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.86 
 
 
253 aa  137  2e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000837602 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3285  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39 
 
 
264 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2808  enoyl-CoA hydratase  34.4 
 
 
262 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000147189 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2034  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.69 
 
 
266 aa  135  5e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.868532  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0603  enoyl-CoA hydratase  35.85 
 
 
267 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110461  normal  0.0769343 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1703  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.38 
 
 
260 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0541  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3566  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0331605  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3548  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.067753  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0933  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1903  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0497842  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3575  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.615843  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0636  enoyl-CoA hydratase  36.72 
 
 
263 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0710524  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2864  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.74 
 
 
258 aa  135  9e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1877  short chain enoyl-CoA hydratase  33.71 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0147635  normal  0.173046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2613  enoyl-CoA hydratase  32.44 
 
 
263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.870505  normal  0.148892 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3100  enoyl-CoA hydratase  31.68 
 
 
263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.26522  hitchhiker  0.000108196 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3100  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.92 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000599217 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2135  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.74 
 
 
260 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.322719 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0481  enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.02 
 
 
254 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>