252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0348 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0348  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00425417 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0446  hypothetical protein  89.05 
 
 		 274 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.179985  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0381  UspA domain protein  82.48 
 
 		 274 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0466978  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1926  hypothetical protein  59.21 
 
 		 277 aa  331  1e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295242  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3114  hypothetical protein  56.36 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.936734  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0952  universal stress protein UspA  54.55 
 
 		 264 aa  290  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.511261  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2353  UspA domain-containing protein  44.6 
 
 		 276 aa  232  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366598  normal  0.604347 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4050  hypothetical protein  40.07 
 
 		 277 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.946948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1366  hypothetical protein  38.16 
 
 		 277 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1345  hypothetical protein  37.86 
 
 		 277 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4724  UspA domain protein  36.14 
 
 		 277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6312  UspA domain protein  38.57 
 
 		 281 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2605  hypothetical protein  39.71 
 
 		 279 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.490664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1854  hypothetical protein  39.07 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.796292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2788  UspA domain protein  39.29 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.084902  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5579  UspA domain protein  35.13 
 
 		 278 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.961326 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1948  hypothetical protein  35.09 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1566  universal stress protein family protein  35.94 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57632  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0708  hypothetical protein  36.3 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.560113  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2431  universal stress protein family protein  36.3 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1416  UspA domain protein  37.4 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0754  universal stress family protein  36.3 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.576046  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1233  universal stress family protein  36.3 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.705496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1159  universal stress family protein  36.3 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1719  universal stress family protein  36.3 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1592  UspA domain protein  35.02 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.757336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1568  universal stress protein family protein  36.52 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.801358  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2248  hypothetical protein  34.35 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4282  UspA domain-containing protein  37.59 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.132109 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4285  UspA domain-containing protein  36.56 
 
 		 279 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.870275  normal  0.299211 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5815  UspA domain-containing protein  35.46 
 
 		 279 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.123141 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3817  UspA domain-containing protein  36.92 
 
 		 279 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16777  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6199  UspA domain-containing protein  37.81 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.320687  normal  0.442079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6103  UspA domain-containing protein  52.02 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3814  UspA domain-containing protein  37.23 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360617  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0185  hypothetical protein  33.1 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5581  UspA domain protein  35.02 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5897  UspA domain-containing protein  35.82 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793802  normal  0.290079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1605  UspA domain-containing protein  45.71 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.591971  normal  0.475521 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0706  hypothetical protein  36.3 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.566487  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2429  universal stress protein family protein  36.3 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1133  UspA domain-containing protein  34.83 
 
 		 279 aa  135  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1231  universal stress family protein  36.3 
 
 		 279 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.709922  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1157  universal stress family protein  36.3 
 
 		 279 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5814  UspA domain-containing protein  37.06 
 
 		 278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.128092 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4433  UspA domain protein  34.78 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4566  UspA domain protein  34.78 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.564371  normal  0.196949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1852  hypothetical protein  36.43 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0578  UspA domain-containing protein  34.62 
 
 		 279 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.1138  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1452  UspA domain protein  39.11 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3435  putative UspA stress protein  34.03 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal  0.52884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1339  hypothetical protein  35.07 
 
 		 280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.305203  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2238  hypothetical protein  36.58 
 
 		 280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.289135  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3179  UspA domain-containing protein  42.61 
 
 		 279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.983564  normal  0.0746884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1135  UspA domain-containing protein  35.23 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0017  hypothetical protein  39.22 
 
 		 280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0334555  normal  0.756521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1142  hypothetical protein  35.02 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6175  UspA domain protein  35.41 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1168  hypothetical protein  34.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0409  UspA domain-containing protein  41.86 
 
 		 286 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1024  universal stress protein UspA  38.14 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7779  putative UspA  35.63 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0208146  normal  0.10666 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1733  UspA domain protein  43.15 
 
 		 276 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.328326 
 
 
-
 
NC_004310  BR1047  hypothetical protein  34.15 
 
 		 281 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1012  hypothetical protein  34.15 
 
 		 281 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4709  hypothetical protein  31.58 
 
 		 278 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8718  UspA domain protein  39.33 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3567  hypothetical protein  31.79 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0533  UspA domain-containing protein  33.96 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5900  UspA domain-containing protein  36.65 
 
 		 278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.556152  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3129  UspA domain protein  40.7 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.131964  normal  0.194874 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2134  UspA domain-containing protein  35.27 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2236  hypothetical protein  34.72 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0697  universal stress protein  37.7 
 
 		 282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2352  UspA domain-containing protein  37.7 
 
 		 282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229476  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4937  UspA domain-containing protein  30.21 
 
 		 279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0427  UspA domain-containing protein  31.91 
 
 		 271 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0939  UspA domain-containing protein  38.73 
 
 		 287 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.799371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0400  hypothetical protein  33.95 
 
 		 281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4210  UspA domain-containing protein  35.78 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3504  UspA domain-containing protein  40.11 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0778665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3571  UspA domain-containing protein  42 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.620295  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2617  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 		 271 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.213655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2231  hypothetical protein  33.33 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0742  UspA domain-containing protein  29.83 
 
 		 286 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.861253 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3584  hypothetical protein  28.78 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2546  hypothetical protein  34.59 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109309  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4520  Universal stress protein UspA family UspA14  31.67 
 
 		 274 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0108751  decreased coverage  0.00456228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3035  UspA domain-containing protein  30.57 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1143  hypothetical protein  37.56 
 
 		 276 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2305  UspA domain-containing protein  38.86 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3815  UspA domain protein  40 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.763121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3811  UspA domain protein  40.66 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.860312 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2220  UspA domain-containing protein  29.5 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2612  hypothetical protein  40.91 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.12045  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3508  UspA domain-containing protein  40 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2599  UspA domain-containing protein  37.85 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0194  UspA domain-containing protein  31.18 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1300  UspA domain protein  31.84 
 
 		 278 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4744  hypothetical protein  40.27 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>