More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0193 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0193  signal peptide peptidase SppA, 36K type  100 
 
 
326 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.116765  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0639  signal peptide peptidase SppA, 36K type  90.49 
 
 
321 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0068  signal peptide peptidase SppA, 36K type  83.54 
 
 
326 aa  507  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0824847  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0102  S49 family peptidase  76.71 
 
 
326 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0396  signal peptide peptidase SppA, 36K type  79.38 
 
 
325 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.302309  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0059  peptidase S49, SppA  74.77 
 
 
327 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0430254  normal  0.117031 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  76 
 
 
325 aa  480  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2220  signal peptide peptidase SppA, 36K type  54.66 
 
 
323 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.205102  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2929  signal peptide peptidase SppA, 36K type  51.55 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359605  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0143  signal peptide peptidase SppA, 36K type  52.02 
 
 
324 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2197  signal peptide peptidase SppA, 36K type  50.93 
 
 
321 aa  288  8e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.321393  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2445  signal peptide peptidase SppA, 36K type  52.72 
 
 
320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.534538  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2500  signal peptide peptidase SppA, 36K type  50.31 
 
 
321 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0180  signal peptide peptidase SppA, 36K type  59.92 
 
 
321 aa  280  3e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.589969  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0122  signal peptide peptidase SppA, 36K type  59.92 
 
 
321 aa  279  4e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0205  signal peptide peptidase SppA, 36K type  59.5 
 
 
322 aa  279  5e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0219029  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0166  signal peptide peptidase SppA, 36K type  45.18 
 
 
323 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0020  signal peptide peptidase SppA, 36K type  44.51 
 
 
319 aa  239  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184229 
 
 
-
 
NC_004310  BR0154  signal peptide peptidase SppA  42.3 
 
 
331 aa  237  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0149  signal peptide peptidase SppA  42.3 
 
 
331 aa  237  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.415563  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  44.27 
 
 
314 aa  233  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0060  signal peptide peptidase SppA, 36K type  41.67 
 
 
316 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3671  signal peptide peptidase A  43.93 
 
 
322 aa  227  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0044  signal peptide peptidase SppA, 36K type  40.74 
 
 
316 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316268  normal  0.230689 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3198  signal peptide peptidase SppA, 36K type  39.2 
 
 
313 aa  209  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216895  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0618  signal peptide peptidase A  35.97 
 
 
288 aa  171  2e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0401  signal peptide peptidase SppA  33.2 
 
 
288 aa  166  4e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0409  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.84 
 
 
308 aa  161  2e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.927346  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2329  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.92 
 
 
383 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2179  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.33 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0052  signal peptide peptidase SppA, 36K type  45.6 
 
 
296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1521  signal peptide peptidase A  37.95 
 
 
316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.290741  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1281  signal peptide peptidase A  42.71 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13811  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  43.22 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.99906  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0032  signal peptide peptidase SppA, 36K type  42.61 
 
 
371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.557774  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0067  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.79 
 
 
274 aa  136  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13731  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  40.91 
 
 
269 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13521  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  40.91 
 
 
269 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0228  protease IV  33.89 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0799  signal peptide peptidase A  39.9 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16541  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  39.9 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5345  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.76 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2434  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.61 
 
 
382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270678  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2346  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.61 
 
 
382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0508  signal peptide peptidase A  38.1 
 
 
280 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2291  signal peptide peptidase SppA, 36K type  39.46 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212937  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0725  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.84 
 
 
335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12671  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  38.61 
 
 
269 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000540358 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1881  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.59 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971573  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1689  signal peptide peptidase A  38.81 
 
 
273 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0236  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.75 
 
 
296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0147104  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2494  signal peptide peptidase A  38.31 
 
 
272 aa  130  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.641741  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06151  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  39.9 
 
 
270 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0720976 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4753  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.82 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0127167  hitchhiker  0.0000000108216 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4106  signal peptide peptidase A  33.58 
 
 
303 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.827209  normal  0.751736 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0392  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.47 
 
 
311 aa  125  1e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.163931  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0639  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.84 
 
 
595 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.352059 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1781  peptidase S49, SppA  35.18 
 
 
270 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0583  signal peptide peptidase A  36.41 
 
 
273 aa  123  5e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.15 
 
 
272 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1703  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.07 
 
 
297 aa  122  7e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0403  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.15 
 
 
272 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.469925  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2497  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.31 
 
 
295 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.609347  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3180  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.82 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000448923  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0423  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.51 
 
 
339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2714  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.2 
 
 
336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2415  periplasmic serine proteases (ClpP class)  39.18 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.025979  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2205  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.46 
 
 
323 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3085  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.94 
 
 
348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1980  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.94 
 
 
299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000026819  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0148  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.47 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000244919  normal  0.445804 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0715  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.17 
 
 
290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1595  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.67 
 
 
357 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.39752  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2255  signal peptide peptidase SppA  34 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.221521  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2159  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.35 
 
 
338 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1234  signal peptide peptidase SppA, 36K type  37.56 
 
 
260 aa  116  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1750  signal peptide peptidase A  35.58 
 
 
301 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3163  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.64 
 
 
335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.016437 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1590  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.52 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.152894  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2394  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.02 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1702  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.74 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000021867  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0288  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.17 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2119  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.5 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  unclonable  0.00000986804 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1916  signal peptide peptidase A  33.66 
 
 
270 aa  113  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0373  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.34 
 
 
287 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0119133  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2551  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.53 
 
 
295 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.210829  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1442  signal peptide peptidase A  37.65 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000119274  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1723  signal peptide peptidase SppA, 67K type  29.32 
 
 
617 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000437439  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0361  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.93 
 
 
287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.366365  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0522  signal peptide peptidase SppA, 67K type  34.08 
 
 
626 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200693  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2526  signal peptide peptidase SppA, 36K type  36.74 
 
 
561 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0222519 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0697  signal peptide peptidase A  36.81 
 
 
340 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2285  signal peptide peptidase SppA, 36K type  34.52 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.693274  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1825  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.59 
 
 
307 aa  109  6e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0185284  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1759  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.3 
 
 
350 aa  108  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.172005  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1197  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33 
 
 
282 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1788  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.41 
 
 
611 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.969097  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4062  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.33 
 
 
613 aa  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244218  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2145  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.14 
 
 
614 aa  106  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000233078  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1739  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.86 
 
 
319 aa  106  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000870898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>