270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0170 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0170  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  100 
 
 		 380 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0663  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  80.56 
 
 		 382 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0043  domain of unknown function DUF1730  80.94 
 
 		 370 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0440  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  75.28 
 
 		 388 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1337  hypothetical protein  64.74 
 
 		 393 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0983  putative iron-sulfur cluster-binding protein  63.71 
 
 		 404 aa  479  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1045  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  63.43 
 
 		 398 aa  478  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1809  hypothetical protein  64.44 
 
 		 385 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.188281 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4319  domain of unknown function DUF1730  63.87 
 
 		 383 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3598  hypothetical protein  62.22 
 
 		 383 aa  464  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3534  hypothetical protein  61.94 
 
 		 387 aa  458  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0221  hypothetical protein  77.88 
 
 		 325 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0340  iron-sulfur cluster binding protein  62.12 
 
 		 390 aa  454  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4944  hypothetical protein  64.33 
 
 		 374 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0200  hypothetical protein  62.88 
 
 		 383 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4582  domain of unknown function DUF1730  63.87 
 
 		 385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.231177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5422  domain of unknown function DUF1730  63.39 
 
 		 389 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.98716  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2662  domain of unknown function DUF1730  60 
 
 		 392 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2784  hypothetical protein  67.09 
 
 		 343 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3314  iron-sulfur cluster binding protein  59.84 
 
 		 392 aa  431  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.117611  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2804  hypothetical protein  63.17 
 
 		 348 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0957966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1143  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur cluster binding protein  62.87 
 
 		 348 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2385  hypothetical protein  61.99 
 
 		 349 aa  427  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.341142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0118  putative iron-sulfur cluster binding protein  60.91 
 
 		 372 aa  426  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.921505  normal  0.832944 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2290  hypothetical protein  63.17 
 
 		 347 aa  427  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.439481  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2342  protein of unknown function DUF1730  61.08 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.932969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3682  iron-sulfur cluster binding protein  60.8 
 
 		 366 aa  414  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.253797 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3307  putative 4Fe-4S binding domain protein  64.83 
 
 		 344 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.917643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0279  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  57.51 
 
 		 375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2806  hypothetical protein  61.8 
 
 		 347 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.578108 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0274  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  60.67 
 
 		 343 aa  403  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.097204 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3132  hypothetical protein  58.38 
 
 		 363 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0217  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  59.52 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2899  putative iron-sulfur cluster binding protein  61.3 
 
 		 382 aa  394  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1141  domain of unknown function DUF1730  62.16 
 
 		 357 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2868  4Fe-4S cluster binding  62.54 
 
 		 350 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.622728 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1342  hypothetical protein  63.55 
 
 		 353 aa  370  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.185892  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1627  hypothetical protein  46.65 
 
 		 387 aa  303  3.0000000000000004e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0340  4Fe-4S cluster binding protein  44.84 
 
 		 368 aa  276  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.246127  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1302  iron-sulfur cluster binding protein, putative  45.92 
 
 		 373 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0490  iron-sulfur cluster binding protein  45.1 
 
 		 380 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3051  4Fe-4S cluster binding  44.14 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1520  4Fe-4S ferredoxin protein  44.97 
 
 		 438 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0107493  normal  0.24299 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2673  tRNA pseudouridine synthase B  42.03 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3728  iron-sulfur cluster binding protein  43.93 
 
 		 379 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2530  4Fe-4S cluster binding  43.84 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0891  4Fe-4S cluster binding protein  45.37 
 
 		 363 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0619732  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3925  iron-sulfur cluster binding protein  43.93 
 
 		 379 aa  262  6e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00310532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2775  putative iron-sulfur cluster binding protein  42.6 
 
 		 362 aa  260  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.886764  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1317  putative iron-sulfur cluster binding protein  42.04 
 
 		 357 aa  259  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.468365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0672  putative iron-sulfur cluster binding protein  43.84 
 
 		 355 aa  259  7e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.75883  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3461  iron-sulfur cluster binding protein  43.07 
 
 		 362 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.265251  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0524  4Fe-4S cluster binding protein  43.8 
 
 		 377 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.257966  hitchhiker  0.00311756 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00414  iron-sulfur cluster binding protein, putative  42.58 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0582  4Fe-4S cluster binding  42.74 
 
 		 393 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3972  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.14 
 
 		 397 aa  256  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0529  iron-sulfur cluster binding protein  41.07 
 
 		 379 aa  257  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.465139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0425  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.89 
 
 		 379 aa  257  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000030316  hitchhiker  0.000000852685 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002253  iron-sulfur cluster-binding protein  39.53 
 
 		 375 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000253209  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3861  iron-sulfur cluster-binding protein  41.97 
 
 		 393 aa  255  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1785  iron-sulfur cluster binding protein  44.52 
 
 		 366 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.280211  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0486  iron-sulfur cluster binding protein  43.28 
 
 		 379 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000360257  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1379  4Fe-4S cluster binding  41.42 
 
 		 355 aa  253  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1713  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.95 
 
 		 348 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4182  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  42.09 
 
 		 360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327368  normal  0.429609 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4753  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.9 
 
 		 384 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4624  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.9 
 
 		 384 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000999766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4634  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.9 
 
 		 384 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000341327  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4717  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.9 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000105537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4774  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.9 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0366705  normal  0.043554 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3042  hypothetical protein  41.03 
 
 		 383 aa  251  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00069817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0349  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.6 
 
 		 379 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000159146  unclonable  0.00000283659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0745  putative iron-sulfur cluster binding protein  41 
 
 		 393 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0556677 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2758  iron-sulfur cluster binding protein  43.45 
 
 		 356 aa  250  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.620502  normal  0.744246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5125  iron-sulfur cluster binding protein  41.55 
 
 		 351 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0783629  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2817  iron-sulfur cluster binding protein  42.29 
 
 		 385 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.309396  normal  0.804371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3244  putative iron-sulfur cluster binding protein  39.64 
 
 		 386 aa  249  8e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00099  iron-sulfur cluster-binding protein  38.94 
 
 		 375 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0985  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.4 
 
 		 361 aa  248  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.188512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0771  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.28 
 
 		 391 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.885868  normal  0.0280629 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3193  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.28 
 
 		 393 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.190045  hitchhiker  0.0000321766 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0900  iron-sulfur cluster binding protein  41.69 
 
 		 360 aa  245  8e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04033  predicted Fe-S electron transport protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000233876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3827  iron-sulfur cluster binding protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000294328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4697  iron-sulfur cluster binding protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000309577  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0304  iron-sulfur cluster binding protein  43.61 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000115389  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4409  iron-sulfur cluster binding protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.448649999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03995  hypothetical protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000106432  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3847  iron-sulfur cluster binding protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000133072  hitchhiker  0.00000262117 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4723  iron-sulfur cluster binding protein  39.1 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000626886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3526  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.35 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0669  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.3 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3301  4Fe-4S cluster binding  42.23 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2411  iron-sulfur cluster binding protein  41.53 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1172  putative iron-sulfur cluster binding protein  43.34 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0269954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2979  putative iron-sulfur cluster binding protein  40.96 
 
 		 387 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4637  iron-sulfur cluster binding protein  39.1 
 
 		 379 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000171021  normal  0.0426509 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3639  putative iron-sulfur cluster binding protein  41.84 
 
 		 400 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.894476  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00643  putative 4Fe-4S binding protein  40.99 
 
 		 380 aa  243  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3571  iron-sulfur cluster binding protein  41.84 
 
 		 400 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>