102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0163 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0163  hypothetical protein  100 
 
 		 194 aa  393  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0037  protein of unknown function DUF559  78.91 
 
 		 159 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0046  hypothetical protein  82.21 
 
 		 163 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0213  hypothetical protein  58.27 
 
 		 139 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  43.8 
 
 		 849 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3525  hypothetical protein  49.54 
 
 		 123 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.739621  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1188  hypothetical protein  44.54 
 
 		 124 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1553  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  112  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.672305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2356  hypothetical protein  42.74 
 
 		 142 aa  111  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0831458  normal  0.14274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3954  hypothetical protein  43.38 
 
 		 162 aa  111  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal  0.657782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0813  protein of unknown function DUF559  47.62 
 
 		 139 aa  111  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0541  hypothetical protein  40.79 
 
 		 225 aa  111  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.164679  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1094  hypothetical protein  43.59 
 
 		 144 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.090836  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0550  DNA methyltransferase  48.62 
 
 		 1192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0608509  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0405  hypothetical protein  48.39 
 
 		 131 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1559  hypothetical protein  45.95 
 
 		 121 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.999066 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01266  hypothetical protein  43.48 
 
 		 117 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2357  protein of unknown function DUF559  43.48 
 
 		 117 aa  107  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.218447  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0647  hypothetical protein  47.06 
 
 		 138 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.177117 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2336  hypothetical protein  43.48 
 
 		 117 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00907426 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01277  hypothetical protein  43.48 
 
 		 117 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0011  protein of unknown function DUF559  43.75 
 
 		 123 aa  107  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1220  hypothetical protein  42.74 
 
 		 144 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.975578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1238  protein of unknown function DUF559  42.74 
 
 		 144 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1569  hypothetical protein  47.12 
 
 		 123 aa  105  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0914412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1700  hypothetical protein  47.12 
 
 		 123 aa  105  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.768881  normal  0.131278 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0022  protein of unknown function DUF559  42.86 
 
 		 123 aa  105  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1572  hypothetical protein  40.16 
 
 		 161 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.62267 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1229  hypothetical protein  48.25 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.761518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2348  hypothetical protein  48.57 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0966  hypothetical protein  46.67 
 
 		 137 aa  102  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0444734  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0433  hypothetical protein  48.15 
 
 		 132 aa  102  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7441  protein of unknown function DUF559  44.07 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0206411  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1037  hypothetical protein  52.13 
 
 		 120 aa  102  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.252748 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1369  hypothetical protein  45.71 
 
 		 175 aa  101  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.628827  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2097  hypothetical protein  45.95 
 
 		 118 aa  101  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2301  hypothetical protein  41.09 
 
 		 146 aa  101  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal  0.158552 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1774  hypothetical protein  44.92 
 
 		 146 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1496  hypothetical protein  41.74 
 
 		 116 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.668416  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3456  hypothetical protein  43.48 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0701  hypothetical protein  43.24 
 
 		 116 aa  99.8  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0673  hypothetical protein  40 
 
 		 173 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0683  hypothetical protein  43.24 
 
 		 116 aa  99.4  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2534  hypothetical protein  42.86 
 
 		 114 aa  99.4  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.984532  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0562  hypothetical protein  44.55 
 
 		 111 aa  99  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4529  hypothetical protein  43.86 
 
 		 117 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4935  protein of unknown function DUF559  46.15 
 
 		 122 aa  98.2  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0533861  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5447  protein of unknown function DUF559  44.63 
 
 		 137 aa  98.2  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1403  hypothetical protein  44.23 
 
 		 148 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0860159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1525  hypothetical protein  44.23 
 
 		 111 aa  97.1  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2473  protein of unknown function DUF559  45.26 
 
 		 121 aa  97.1  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0952  leucyl-tRNA synthetase  38.46 
 
 		 1146 aa  97.1  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0900  hypothetical protein  45.54 
 
 		 125 aa  96.7  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1608  hypothetical protein  40.82 
 
 		 1279 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2211  protein of unknown function DUF559  43.22 
 
 		 122 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1674  protein of unknown function DUF559  39.82 
 
 		 133 aa  96.3  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2274  protein of unknown function DUF559  43.22 
 
 		 122 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0690835  hitchhiker  0.00000422818 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1869  hypothetical protein  44.04 
 
 		 111 aa  96.3  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1236  hypothetical protein  42.03 
 
 		 175 aa  95.9  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.453512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3620  protein of unknown function DUF559  38.14 
 
 		 142 aa  96.3  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0546  hypothetical protein  40.83 
 
 		 123 aa  95.5  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  normal  0.680217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0003  hypothetical protein  41.94 
 
 		 123 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.747297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3209  protein of unknown function DUF559  40.74 
 
 		 122 aa  94.4  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0254559 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0029  hypothetical protein  40.18 
 
 		 128 aa  93.2  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510948  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2722  hypothetical protein  40.87 
 
 		 147 aa  92.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0961  protein of unknown function DUF559  39.13 
 
 		 134 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1037  protein of unknown function DUF559  40.17 
 
 		 122 aa  92  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.11 
 
 		 1403 aa  91.7  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  42.59 
 
 		 1421 aa  90.5  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0164  protein of unknown function DUF559  45.54 
 
 		 119 aa  90.5  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0282  hypothetical protein  39.81 
 
 		 122 aa  87.8  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1959  hypothetical protein  40.52 
 
 		 121 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00461889  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1651  hypothetical protein  46.51 
 
 		 123 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.173926 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1578  hypothetical protein  41.82 
 
 		 111 aa  86.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2952  hypothetical protein  41.82 
 
 		 111 aa  86.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3609  hypothetical protein  37.6 
 
 		 201 aa  86.3  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.239567  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3958  hypothetical protein  41 
 
 		 143 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119424  normal  0.553808 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1681  protein of unknown function DUF559  43.3 
 
 		 117 aa  86.7  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51690  hypothetical protein  38.33 
 
 		 120 aa  86.3  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00189742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3917  hypothetical protein  40.95 
 
 		 154 aa  84.7  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0131192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4118  hypothetical protein  38.33 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000578053  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1522  hypothetical protein  37.17 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.576255  normal  0.451706 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0571  hypothetical protein  43.12 
 
 		 133 aa  77.4  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210516  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2808  hypothetical protein  47.57 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.446189  normal  0.692675 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  35.65 
 
 		 1712 aa  75.9  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3969  hypothetical protein  42.59 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897432  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3118  protein of unknown function DUF559  32.76 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.000000197105 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.2 
 
 		 403 aa  68.6  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.94 
 
 		 410 aa  68.2  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0548  hypothetical protein  40.48 
 
 		 104 aa  67.8  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.249593  normal  0.197287 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.74 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1938  hypothetical protein  46.67 
 
 		 90 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3362  hypothetical protein  46.43 
 
 		 65 aa  63.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38 
 
 		 410 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.92 
 
 		 397 aa  62  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0196  hypothetical protein  32.5 
 
 		 173 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.23 
 
 		 398 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0348  hypothetical protein  34.31 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  34.69 
 
 		 399 aa  51.6  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  32.43 
 
 		 925 aa  43.1  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>