More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0099 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0379  aspartate kinase  87.26 
 
 
417 aa  734    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.11584  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7602  aspartate kinase  89.93 
 
 
418 aa  738    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.221383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0077  aspartate kinase  97.36 
 
 
417 aa  784    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.216369  normal  0.0840427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0514  aspartate kinase  94.48 
 
 
417 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0514405 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0099  aspartate kinase  100 
 
 
417 aa  850    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.211168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0472  aspartate kinase  87.26 
 
 
417 aa  743    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.179406  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0608  aspartate kinase  94.96 
 
 
417 aa  760    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.134577  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2625  aspartate kinase  75.12 
 
 
419 aa  605  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0110  aspartate kinase  72.84 
 
 
411 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4746  aspartate kinase  72.84 
 
 
411 aa  598  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.681376  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1034  aspartate kinase  70.19 
 
 
423 aa  596  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0654239  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0135  aspartate kinase  71.39 
 
 
411 aa  597  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0420777  normal  0.197945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0891  aspartate kinase  72.18 
 
 
411 aa  594  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0921  aspartate kinase  71.88 
 
 
411 aa  590  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.507077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0896  aspartate kinase  72.36 
 
 
411 aa  590  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.434223  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0958  aspartate kinase  71.88 
 
 
411 aa  590  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.859872  normal  0.0328142 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1562  aspartate kinase  71.15 
 
 
411 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.633798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3001  aspartate kinase  69.16 
 
 
424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0370  aspartate kinase  69.45 
 
 
417 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3526  aspartate kinase  69.86 
 
 
424 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.566908  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2504  aspartate kinase  69.65 
 
 
424 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1802  aspartate kinase  69.48 
 
 
423 aa  575  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0701255  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1871  aspartate kinase  69.25 
 
 
423 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3957  aspartate kinase  70.79 
 
 
424 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3818  aspartate kinase  70.55 
 
 
419 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1743  aspartate kinase  66.98 
 
 
419 aa  558  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.557086  normal  0.669364 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1008  aspartate kinase  64.82 
 
 
405 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4503  aspartate kinase  65.16 
 
 
418 aa  518  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0573198 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0743  aspartate kinase  63.61 
 
 
406 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3191  aspartate kinase  59.09 
 
 
412 aa  499  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2061  aspartokinase  60.77 
 
 
412 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.227299  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0132  aspartate kinase  62.56 
 
 
417 aa  491  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.143811 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1934  aspartate kinase  58.85 
 
 
412 aa  485  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.167611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3304  aspartate kinase  61.58 
 
 
418 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0250326  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0950  aspartate kinase  61.08 
 
 
415 aa  480  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109725  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0636  aspartate kinase  59.1 
 
 
419 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.581867  normal  0.697868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1849  aspartate kinase  59.34 
 
 
419 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0498  aspartate kinase  59.34 
 
 
419 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366794  normal  0.703447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2144  aspartate kinase  62.05 
 
 
415 aa  477  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0884042  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0862  aspartate kinase  57.31 
 
 
418 aa  470  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2515  aspartate kinase  53.11 
 
 
406 aa  421  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00310544  normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1799  aspartate kinase  52.9 
 
 
405 aa  420  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00100247  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1264  aspartate kinase  53.83 
 
 
404 aa  419  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000223474  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3019  aspartate kinase  54.33 
 
 
405 aa  421  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2318  aspartate kinase  53.62 
 
 
407 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000267569  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1461  aspartate kinase  52.97 
 
 
428 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000357046  hitchhiker  0.0000374387 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1300  aspartate kinase  53.35 
 
 
408 aa  417  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000018313  normal  0.0162978 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1639  aspartate kinase  53.44 
 
 
428 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000145942  hitchhiker  0.000682871 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34450  aspartate kinase  53.07 
 
 
411 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0250796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1006  aspartate kinase  52.88 
 
 
410 aa  412  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000423126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0567  aspartate kinase  54.12 
 
 
408 aa  413  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.475671  normal  0.793189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0966  aspartate kinase  52.3 
 
 
418 aa  413  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0227813  hitchhiker  0.000505058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3762  aspartate kinase  53.59 
 
 
411 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.216913  normal  0.392085 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1843  aspartate kinase, monofunctional class  53.59 
 
 
410 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.369756  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3555  aspartate kinase  53.59 
 
 
410 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00961214  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3978  aspartate kinase  52.63 
 
 
411 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3627  aspartate kinase  53.48 
 
 
413 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000937685  decreased coverage  0.000000109716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4473  aspartate kinase  52.63 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1880  aspartate kinase  53.14 
 
 
405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000266682  hitchhiker  0.0000823679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1442  aspartate kinase  52.63 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0731797  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4611  aspartate kinase  53 
 
 
412 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0969  aspartate kinase  51.8 
 
 
409 aa  405  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4274  aspartate kinase  53.32 
 
 
413 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000967452  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1589  aspartate kinase  52.14 
 
 
408 aa  403  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1290  aspartate kinase  53.37 
 
 
409 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.686916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2902  aspartate kinase  53.46 
 
 
424 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1480  aspartate kinase  54.2 
 
 
416 aa  405  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.630457  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2531  aspartate kinase  53.12 
 
 
404 aa  402  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000021173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52580  aspartate kinase  52.74 
 
 
412 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1377  aspartate kinase  52.06 
 
 
400 aa  402  1e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000378473  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0390  aspartate kinase  54.33 
 
 
409 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1612  aspartate kinase  52.62 
 
 
427 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000435622  hitchhiker  0.0000000129841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2048  aspartate kinase  51.33 
 
 
409 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.122311  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1650  aspartate kinase  50.85 
 
 
403 aa  398  1e-109  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00485759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0276  aspartate kinase  52.78 
 
 
409 aa  397  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067186 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0358  aspartate kinase  52.77 
 
 
410 aa  394  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00114688  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1386  aspartate kinase  53.83 
 
 
416 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0459009  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1353  aspartate kinase  52.21 
 
 
422 aa  394  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0422902  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0626  aspartate kinase  51.9 
 
 
414 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000147671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4940  aspartate kinase  53.61 
 
 
422 aa  391  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.43762  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2506  aspartate kinase  53.83 
 
 
416 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0261079  hitchhiker  0.00613103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1674  aspartate kinase  53.4 
 
 
422 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.998246 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0927  aspartate kinase  50.84 
 
 
413 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0407  aspartate kinase, monofunctional class  52.53 
 
 
408 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1630  aspartate kinase  54.31 
 
 
416 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000735102  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2452  aspartate kinase  53.54 
 
 
453 aa  389  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.459441  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0571  aspartate kinase  52.53 
 
 
408 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1141  aspartate kinase  49.88 
 
 
411 aa  390  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0966  aspartate kinase  53.96 
 
 
412 aa  391  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00725941  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1251  aspartate kinase  51.45 
 
 
408 aa  391  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.545654 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1044  aspartate kinase  52.91 
 
 
411 aa  385  1e-106  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2889  aspartate kinase  53.61 
 
 
422 aa  385  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.428464  normal  0.0547466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2511  aspartate kinase  52.72 
 
 
421 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.628463  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2540  aspartate kinase  53.59 
 
 
416 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.585891  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2677  aspartate kinase  53.35 
 
 
416 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.88533  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2324  aspartate kinase  53.15 
 
 
423 aa  384  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.752292  hitchhiker  0.000104056 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1945  aspartate kinase  53.11 
 
 
416 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2154  aspartate kinase  53.35 
 
 
416 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2860  aspartate kinase  52.96 
 
 
422 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2093  aspartate kinase  53.11 
 
 
417 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0140093  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>