More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0090 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0090  PfkB  100 
 
 
309 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0671  PfkB  87.21 
 
 
309 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  81.49 
 
 
312 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0460  PfkB  68.46 
 
 
308 aa  417  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.413409  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4851  PfkB  66.89 
 
 
309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4029  carbohydrate kinase, PfkB  40.33 
 
 
299 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5471  PfkB domain protein  37.97 
 
 
324 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.784292 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  36.33 
 
 
298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  36 
 
 
298 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  36 
 
 
298 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  36 
 
 
298 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  36 
 
 
298 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  35.67 
 
 
298 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  35.67 
 
 
298 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  35.67 
 
 
298 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  35.67 
 
 
298 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  35.67 
 
 
298 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  35.67 
 
 
298 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5201  PfkB domain protein  36 
 
 
326 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal  0.135366 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4349  kinase, PfkB family  35 
 
 
298 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4140  ribokinase-like domain-containing protein  34.67 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.682006  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4103  PfkB family kinase  34.67 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0358  ribokinase-like domain-containing protein  34.11 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0799  ribokinase-like domain-containing protein  37.01 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2455  PfkB domain-containing protein  35.12 
 
 
282 aa  128  9.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.287722  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  33.88 
 
 
298 aa  125  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  34.56 
 
 
314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1019  PfkB domain protein  32.21 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.485278 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  27.97 
 
 
304 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  28.48 
 
 
309 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  27.78 
 
 
301 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  33.22 
 
 
304 aa  102  1e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0980  ribokinase-like domain-containing protein  31.43 
 
 
300 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.167032 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0752  ribokinase-like domain-containing protein  31.02 
 
 
310 aa  100  4e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  29.11 
 
 
316 aa  99  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  29.04 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  31.63 
 
 
304 aa  97.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  32.04 
 
 
308 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  31.72 
 
 
308 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  33.54 
 
 
305 aa  93.2  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5483  PfkB domain protein  30.86 
 
 
313 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.235286 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  30.49 
 
 
297 aa  92.8  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2817  PfkB domain protein  29.49 
 
 
295 aa  92.8  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.575722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  29.87 
 
 
309 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  29.65 
 
 
309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  31.61 
 
 
309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  25.8 
 
 
306 aa  90.1  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  28.01 
 
 
305 aa  89.7  6e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0579  ribokinase  25.93 
 
 
298 aa  89  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  27.3 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2308  ribokinase  30.98 
 
 
289 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.0234698 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  30.92 
 
 
302 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2812  PfkB  30 
 
 
321 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1622  PfkB domain protein  23.3 
 
 
297 aa  88.2  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  28.12 
 
 
315 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  25.59 
 
 
298 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  32.24 
 
 
295 aa  87.4  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  86.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  29.9 
 
 
295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  87  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  86.3  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  86.3  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  27.1 
 
 
302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1488  PfkB  26.32 
 
 
401 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  25.25 
 
 
298 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0034  PfkB domain protein  27.07 
 
 
308 aa  84.7  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0204225  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  24.27 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  27.07 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  24.83 
 
 
298 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  27.07 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  27.45 
 
 
306 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  27.18 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  20.98 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0921  ketohexokinase  30.8 
 
 
292 aa  83.2  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  25.66 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  28.95 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  30.45 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  27.3 
 
 
308 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  27.44 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  31.21 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  27.36 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  26.97 
 
 
302 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  28.8 
 
 
305 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  25.95 
 
 
312 aa  80.9  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5220  PfkB domain protein  30.48 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.946183  normal  0.655823 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  39.36 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1546  PfkB domain protein  25.86 
 
 
285 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.418317 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  24.37 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  26.75 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  30.42 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0616  ribokinase-like domain-containing protein  26.42 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00109848  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  30.1 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  30.13 
 
 
308 aa  79.3  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  30.42 
 
 
311 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  30.42 
 
 
311 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  30.42 
 
 
311 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  27 
 
 
302 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>