More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0045 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0045  enoyl-CoA hydratase/isomerase  100 
 
 
256 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0897  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.5 
 
 
265 aa  198  9e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1123  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.84 
 
 
268 aa  191  8e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2703  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39 
 
 
268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41088  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1779  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.15 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1877  short chain enoyl-CoA hydratase  28.35 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0147635  normal  0.173046 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4537  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.4 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.049531  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0541  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  32.53 
 
 
661 aa  103  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.000690617 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2854  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.19 
 
 
257 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.509119  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3188  enoyl-CoA hydratase  31.2 
 
 
262 aa  102  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2287  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  26.88 
 
 
260 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.867439  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2585  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  26.48 
 
 
260 aa  102  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1434  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  29.88 
 
 
662 aa  102  6e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0508311  normal  0.0451179 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0873  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.51 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0453  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  30.4 
 
 
662 aa  99.4  5e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.840152  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0239  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  26.67 
 
 
258 aa  99.4  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1936  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  26.98 
 
 
260 aa  99  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2001  short chain enoyl-CoA hydratase  27.24 
 
 
259 aa  98.6  9e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0005  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.71 
 
 
260 aa  97.8  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4187  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.91 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0496567  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1713  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  25.6 
 
 
252 aa  95.9  5e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0590  short chain enoyl-CoA hydratase  33.97 
 
 
262 aa  96.3  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1572  short chain enoyl-CoA hydratase  29.17 
 
 
259 aa  96.3  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150745  normal  0.335046 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2213  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.48 
 
 
257 aa  95.9  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0591948  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2165  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.47 
 
 
258 aa  96.3  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192446  normal  0.593108 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2301  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.05 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.684552  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2856  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.2 
 
 
260 aa  95.9  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2750  enoyl-CoA hydratase  32.49 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.480706 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0918  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  31.38 
 
 
657 aa  95.9  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3943  enoyl-CoA hydratase  32.41 
 
 
256 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1099  enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.92 
 
 
257 aa  94  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0490806  normal  0.0220595 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0936  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.57 
 
 
260 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1353  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.56 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0413537  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1308  enoyl-CoA hydratase/isomerase  25.98 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000837602 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3172  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.64 
 
 
259 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0434  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  26.64 
 
 
266 aa  92.8  5e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1206  enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.87 
 
 
257 aa  92.8  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2115  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.48 
 
 
254 aa  92.8  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0090  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  25 
 
 
258 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8123  enoyl-CoA hydratase  31.06 
 
 
257 aa  92.8  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.86506  normal  0.402683 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1703  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.05 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1281  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.64 
 
 
257 aa  92.4  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3571  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.33 
 
 
262 aa  92.4  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1079  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  32.03 
 
 
256 aa  91.7  9e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.209168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1815  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.13 
 
 
268 aa  91.7  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1645  short chain enoyl-CoA hydratase  32.48 
 
 
257 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0337  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  31.17 
 
 
659 aa  91.3  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.598683  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4849  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.66 
 
 
257 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0828  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.52 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1968  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  30.33 
 
 
258 aa  90.9  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.503691  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0372  short chain enoyl-CoA hydratase  30.38 
 
 
258 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.83461  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0790  enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase  26.97 
 
 
260 aa  90.5  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3420  enoyl-CoA hydratase  30.43 
 
 
261 aa  90.1  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1492  enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.13 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.992582  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0321  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  34.64 
 
 
663 aa  89.7  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.468082  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2046  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  30.33 
 
 
258 aa  89.7  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.577666  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0841  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  28.92 
 
 
662 aa  89.4  5e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03685  Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase  31.18 
 
 
260 aa  89.4  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.675482  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3100  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  26.79 
 
 
264 aa  89.4  5e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000599217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4271  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.08 
 
 
252 aa  89.4  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.370753  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1781  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.29 
 
 
260 aa  89  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.655694  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3304  enoyl-CoA hydratase  29.77 
 
 
256 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09128  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein (AFU_orthologue; AFUA_8G01210)  28.3 
 
 
271 aa  88.2  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0401  enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.09 
 
 
260 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2090  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.7 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0323462  normal  0.4563 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2936  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.81 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09590  short chain enoyl-CoA hydratase  30.34 
 
 
268 aa  87.4  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0374629  normal  0.0718522 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5245  enoyl-CoA hydratase  31.47 
 
 
258 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3107  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  27.78 
 
 
657 aa  87.8  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2951  short chain enoyl-CoA hydratase  29.68 
 
 
257 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1484  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  24.6 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0044  short chain enoyl-CoA hydratase  29.96 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.535261  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28460  short chain enoyl-CoA hydratase  33.92 
 
 
259 aa  86.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.528871  normal  0.841191 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2067  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  29.57 
 
 
654 aa  87  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3329  enoyl-CoA hydratase  30.51 
 
 
257 aa  85.9  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1670  enoyl-CoA hydratase  28.83 
 
 
257 aa  85.9  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141752 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3871  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.78 
 
 
263 aa  86.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.266339 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2368  short chain enoyl-CoA hydratase  28.74 
 
 
258 aa  86.3  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000372  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  30.87 
 
 
258 aa  85.9  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.616977  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4597  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.38 
 
 
266 aa  85.5  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.937217 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_49128  predicted protein  31.38 
 
 
722 aa  85.5  8e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.769408 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2627  enoyl-CoA hydratase  28.38 
 
 
257 aa  85.1  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000218794  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1743  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  26.27 
 
 
663 aa  85.1  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.987316  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2252  enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.73 
 
 
259 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1550  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.19 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1240  enoyl-CoA hydratase  29.62 
 
 
282 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220656  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0995  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.17 
 
 
267 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3797  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding protein  27.24 
 
 
649 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5256  enoyl-CoA hydratase  28.57 
 
 
267 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22791  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1765  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.09 
 
 
251 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346734  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5201  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.22 
 
 
257 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.492182  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1551  enoyl-CoA hydratase  28.97 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1514  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.58 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.47137  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33170  enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase  32.69 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.119109  normal  0.701419 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2284  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.47 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.381343  hitchhiker  0.000000462375 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1380  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.79 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.871476 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4260  enoyl-CoA hydratase  30.56 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1738  enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.4 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0269497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3005  short chain enoyl-CoA hydratase  27.4 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.717917 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3453  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.21 
 
 
234 aa  84  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>