More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4924 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4924  histidine kinase  100 
 
 
443 aa  884    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543055 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0887  ATP-binding region, ATPase-like  74.77 
 
 
451 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0634  histidine kinase  75.12 
 
 
450 aa  640    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0505  Signal transduction histidine kinase  76.21 
 
 
417 aa  599  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.611545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0775  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  74.2 
 
 
449 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82168  normal  0.228948 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  76.99 
 
 
448 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0757  two component sensor histidine kinase  77.18 
 
 
435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.162212 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2811  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.3 
 
 
422 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1659  histidine kinase  52.03 
 
 
433 aa  334  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.455173  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0196  histidine kinase  52.94 
 
 
510 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.447748  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.04 
 
 
445 aa  323  5e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3588  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.3 
 
 
423 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.149511  hitchhiker  0.00271132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0381  histidine kinase  44.61 
 
 
430 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1042  histidine kinase  48.51 
 
 
438 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0389643  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0840  histidine kinase  51.45 
 
 
363 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3196  histidine kinase  47.23 
 
 
356 aa  316  5e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0721667  normal  0.0151706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2916  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.24 
 
 
430 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2689  histidine kinase  46.24 
 
 
430 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0312  putative sensor histidine kinase  46.71 
 
 
438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0298  sensor histidine kinase, putative  46.71 
 
 
438 aa  305  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0496  phosphate regulon sensor kinase PhoR  42.12 
 
 
419 aa  297  3e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.27503  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0012  histidine kinase  48.95 
 
 
424 aa  289  7e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.61719  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.5 
 
 
415 aa  286  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.26579 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0177  histidine kinase  46.36 
 
 
407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.450001  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0167  histidine kinase  44.71 
 
 
407 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114642  normal  0.326562 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2915  two-component sensor histidine kinase  46.94 
 
 
346 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1559  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.65 
 
 
346 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.306197  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2288  histidine kinase  44.19 
 
 
346 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.677673  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3543  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  44.22 
 
 
478 aa  253  6e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1106  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.29 
 
 
346 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.306668  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4551  histidine kinase  41.96 
 
 
480 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.412829 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1263  histidine kinase  46.53 
 
 
346 aa  242  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0478  histidine kinase  39.78 
 
 
438 aa  236  6e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1535  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.31 
 
 
459 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.896315  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3938  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.39 
 
 
350 aa  227  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1532  histidine kinase  45.06 
 
 
353 aa  223  6e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.628543  normal  0.374808 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2689  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
402 aa  214  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.10288  normal  0.570693 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 
489 aa  209  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1123  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44.49 
 
 
482 aa  204  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.702413  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0836  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  34.02 
 
 
599 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.342989  normal  0.397263 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0488  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.16 
 
 
442 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4698  sensory box histidine kinase PhoR  34.07 
 
 
587 aa  196  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.92933  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0540  sensory box histidine kinase PhoR  34.07 
 
 
587 aa  196  6e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3575  histidine kinase  41.25 
 
 
416 aa  196  8.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455968  normal  0.483915 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 
585 aa  195  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3568  sensor histidine kinase  37 
 
 
430 aa  194  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4719  sensory box histidine kinase PhoR  33.52 
 
 
587 aa  194  4e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4329  phosphate regulon sensor protein  33.52 
 
 
587 aa  193  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
412 aa  193  6e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4713  sensory box histidine kinase PhoR  33.24 
 
 
587 aa  192  9e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 
587 aa  192  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  33.24 
 
 
587 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  33.24 
 
 
587 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  33.24 
 
 
587 aa  191  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1175  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 
412 aa  191  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0245607  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  33.24 
 
 
587 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.42 
 
 
458 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2232  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
433 aa  190  4e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1783  PAS sensor protein  30.49 
 
 
554 aa  190  5e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.62815  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
444 aa  190  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0140272  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1749  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 
554 aa  190  5e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0217  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 
449 aa  189  7e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.217538 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0958  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 
440 aa  189  9e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770114  normal  0.0682778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.08 
 
 
442 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.531342  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1535  phosphate regulon two-component sensor kinase transcription regulator protein  36.13 
 
 
443 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.591465  normal  0.777366 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2179  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
450 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.87 
 
 
464 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2200  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
448 aa  188  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148395  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2161  sensor histidine kinase  32.74 
 
 
444 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1278  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
460 aa  187  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00211916  normal  0.292462 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0708  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
453 aa  187  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 
442 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000310244  normal  0.666466 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2092  histidine kinase  36.81 
 
 
555 aa  186  7e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00961022  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2674  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 
585 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.239294  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 
432 aa  186  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3104  histidine protein kinase PhoR  35.16 
 
 
438 aa  184  3e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0547463  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2317  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 
431 aa  184  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.837858  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2275  histidine kinase  40.4 
 
 
394 aa  184  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0585084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0589  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
581 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2215  histidine kinase  35.9 
 
 
356 aa  184  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.269438 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1996  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 
456 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.113749  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2670  histidine kinase  44.44 
 
 
352 aa  183  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2989  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
585 aa  182  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2267  histidine kinase  37.1 
 
 
472 aa  182  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1287  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
468 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
445 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1435  phosphate regulon sensor protein PhoR  35.63 
 
 
442 aa  182  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1152  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 
442 aa  182  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2632  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.12 
 
 
454 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.434659  normal  0.0783763 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0654  two-component sensor histidine kinase PhoR  35.57 
 
 
591 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1571  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 
592 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000011549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.57 
 
 
439 aa  179  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3839  two-component sensor PhoR  35.03 
 
 
434 aa  179  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000175105  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 
446 aa  178  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1717  phosphate regulon sensor protein  43.64 
 
 
252 aa  179  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0057387  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
468 aa  179  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156826  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 
582 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 
431 aa  179  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000711716  decreased coverage  0.0000471047 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0952  sensory box histidine kinase  33.62 
 
 
346 aa  179  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000116101  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0472  hypothetical protein  43.64 
 
 
252 aa  179  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>