32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4278 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4278  hypothetical protein  100 
 
 
227 aa  450  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.335635  normal  0.0437903 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4097  hypothetical protein  50.55 
 
 
264 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1193  hypothetical protein  58.56 
 
 
217 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.720566  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4923  putative exported protein of unknown function  50.19 
 
 
247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.616045  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4250  hypothetical protein  83.33 
 
 
290 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0587  hypothetical protein  55.91 
 
 
208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.11001  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0679  hypothetical protein  56.82 
 
 
200 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174044  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6642  hypothetical protein  41.05 
 
 
148 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.543891  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0303  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  41.41 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.220204  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4383  peptidoglycan binding domain-containing protein  39.84 
 
 
233 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.245541  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2148  hypothetical protein  58.82 
 
 
309 aa  71.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.23782 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3834  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.42 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  41.94 
 
 
954 aa  65.5  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4979  hypothetical protein  38.95 
 
 
179 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3744  hypothetical protein  35.05 
 
 
153 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00547053 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4619  hypothetical protein  35.05 
 
 
153 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.364454  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3779  hypothetical protein  34.02 
 
 
136 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00992647  decreased coverage  0.000841718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3629  hypothetical protein  34.74 
 
 
136 aa  62  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2349  hypothetical protein  32.99 
 
 
136 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.97312  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5483  hypothetical protein  34.74 
 
 
153 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.03639  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2232  hypothetical protein  35.48 
 
 
159 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1813  hypothetical protein  29.29 
 
 
206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0898  hypothetical protein  35.79 
 
 
208 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.234161  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2165  hypothetical protein  35.79 
 
 
208 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0807  hypothetical protein  26 
 
 
208 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.523267  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1579  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  37.23 
 
 
232 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.988473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0353  hypothetical protein  32.98 
 
 
199 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.851273  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0935  hypothetical protein  33.02 
 
 
247 aa  50.1  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638492  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2666  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.98 
 
 
224 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.162936  normal  0.560234 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5049  CHAP domain containing protein  32.67 
 
 
562 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0689  hypothetical protein  25 
 
 
1084 aa  42.7  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1935  putative signal peptide protein  35.16 
 
 
147 aa  42  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>