41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4222 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4222  hypothetical protein  100 
 
 
313 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5623  hypothetical protein  58.84 
 
 
320 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.0083696  normal  0.628731 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1073  hypothetical protein  57.14 
 
 
330 aa  346  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.179281  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1301  hypothetical protein  56.45 
 
 
350 aa  335  5e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4504  hypothetical protein  54.84 
 
 
319 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1606  hypothetical protein  56.13 
 
 
319 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2879  hypothetical protein  32.45 
 
 
339 aa  123  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5600  hypothetical protein  29.55 
 
 
319 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1744  hypothetical protein  29.87 
 
 
302 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4413  hypothetical protein  24.43 
 
 
326 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00830012  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0577  hypothetical protein  25.08 
 
 
359 aa  80.9  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.112901  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0731  hypothetical protein  25.08 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000108123 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1174  hypothetical protein  30.12 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0634  hypothetical protein  26.03 
 
 
298 aa  72  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0305  hypothetical protein  28.66 
 
 
314 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2457  hypothetical protein  30.97 
 
 
326 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.379583  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2204  hypothetical protein  24.03 
 
 
297 aa  62.4  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0688  hypothetical protein  23.45 
 
 
305 aa  60.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.700427  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1794  hypothetical protein  23.51 
 
 
319 aa  59.3  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.51439  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1672  hypothetical protein  23.36 
 
 
303 aa  58.9  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000269859  normal  0.37402 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0745  hypothetical protein  26.36 
 
 
316 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3771  hypothetical protein  21.22 
 
 
289 aa  53.5  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.720928  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1675  hypothetical protein  25.09 
 
 
278 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1410  hypothetical protein  24.17 
 
 
347 aa  50.4  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.92034  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2495  hypothetical protein  20.14 
 
 
297 aa  50.1  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000133938  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0723  hypothetical protein  25.85 
 
 
326 aa  49.3  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0275507  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1029  hypothetical protein  28.1 
 
 
380 aa  48.9  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0089  hypothetical protein  24.24 
 
 
350 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0416134  normal  0.0758597 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0178  hypothetical protein  23.85 
 
 
328 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00230408  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0604  hypothetical protein  20.95 
 
 
295 aa  47.4  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0404  hypothetical protein  31.2 
 
 
302 aa  47  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0536  hypothetical protein  34.94 
 
 
349 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0549  hypothetical protein  24.29 
 
 
347 aa  46.6  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.00564002  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4166  hypothetical protein  25.9 
 
 
316 aa  45.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.237065  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0755  integral membrane protein-like protein  27.55 
 
 
325 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0643382 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2411  hypothetical protein  26.4 
 
 
334 aa  45.4  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.150142 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0463  hypothetical protein  21.12 
 
 
288 aa  45.4  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0042  hypothetical protein  21.49 
 
 
316 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  decreased coverage  0.000066001 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4079  hypothetical protein  26.78 
 
 
347 aa  43.9  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0412  hypothetical protein  26.35 
 
 
309 aa  43.1  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3582  hypothetical protein  25.71 
 
 
378 aa  42.7  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>