164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4151 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4151  PilT protein-like  100 
 
 
140 aa  280  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3575  PilT protein domain protein  64.23 
 
 
140 aa  192  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00704853  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1880  PilT-type plasmid stability protein  62.04 
 
 
140 aa  169  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  51.82 
 
 
142 aa  139  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1045  PilT domain-containing protein  49.64 
 
 
139 aa  136  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0543043  normal  0.324928 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3180  PilT domain-containing protein  51.09 
 
 
141 aa  135  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  52.55 
 
 
138 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4028  PilT protein domain protein  50.72 
 
 
141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2795  PilT domain-containing protein  46.76 
 
 
140 aa  125  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.517688  normal  0.128803 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4019  PilT protein-like  47.45 
 
 
144 aa  122  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1362  plasmid stability protein, putative  47.83 
 
 
142 aa  120  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00298137  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  49.29 
 
 
137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1070  PilT protein-like protein  48.91 
 
 
145 aa  117  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1777  PilT domain-containing protein  41.73 
 
 
143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406004  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4619  PilT domain-containing protein  39.29 
 
 
159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1545  plasmid stabilization protein StbB-like  46.27 
 
 
151 aa  111  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3474  PilT domain-containing protein  44.6 
 
 
141 aa  111  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2302  plasmid stabilization protein  39.42 
 
 
142 aa  111  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1456  PilT protein domain protein  40.15 
 
 
139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.208651  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0469  PilT domain-containing protein  43.97 
 
 
141 aa  110  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1780  plasmid stability protein, putative  40.15 
 
 
139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4764  PilT domain-containing protein  43.07 
 
 
138 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.310304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3889  PilT domain-containing protein  43.07 
 
 
142 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3797  PilT domain-containing protein  43.97 
 
 
151 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238578 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4710  PilT domain-containing protein  41.84 
 
 
139 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552962 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2640  PilT domain-containing protein  42.34 
 
 
139 aa  106  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1045  putative nucleic acid-binding protein  40.88 
 
 
139 aa  106  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.883513  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4188  PilT domain-containing protein  41.84 
 
 
139 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.990127  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5841  PilT domain-containing protein  43.97 
 
 
141 aa  105  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0896  PilT protein-like  41.84 
 
 
139 aa  105  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3569  PilT protein domain protein  41.13 
 
 
140 aa  105  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4210  PilT domain-containing protein  47.45 
 
 
146 aa  104  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.242184  normal  0.98897 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0074  PilT protein domain protein  42.34 
 
 
139 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3767  PilT domain-containing protein  41.13 
 
 
140 aa  102  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546918  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1214  PilT domain-containing protein  40.88 
 
 
140 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3521  PilT domain-containing protein  40.88 
 
 
140 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.764562 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1876  plasmid stabilization protein StbB-like  41.61 
 
 
139 aa  101  3e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.417395  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3027  PilT protein domain protein  39.86 
 
 
140 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1710  PilT domain-containing protein  43.07 
 
 
140 aa  100  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.164761  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0018  plasmid stability protein StbB  39.42 
 
 
139 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0242004  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3455  PilT protein, N-terminal  42.34 
 
 
144 aa  98.6  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0728  PilT protein domain protein  46.1 
 
 
141 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.5519  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3192  PilT domain-containing protein  38.3 
 
 
141 aa  98.2  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7721  plasmid stability protein  39.57 
 
 
140 aa  97.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.859418 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2075  PilT domain-containing protein  40.15 
 
 
144 aa  96.3  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0526989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0076  PilT protein domain protein  38.69 
 
 
140 aa  96.3  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1964  PilT protein domain protein  40.88 
 
 
141 aa  95.1  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4334  PilT domain-containing protein  41.55 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  35.77 
 
 
142 aa  92  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3138  PilT protein-like  37.86 
 
 
140 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464533  normal  0.496916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0013  PilT protein-like  38.85 
 
 
140 aa  91.3  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4674  PilT protein domain protein  38.3 
 
 
141 aa  90.1  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  36.76 
 
 
145 aa  89.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  35.56 
 
 
141 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2332  PilT protein-like  34.29 
 
 
140 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.221502 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  35.51 
 
 
140 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0792  nucleic acid binding protein  43.81 
 
 
155 aa  87.4  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.705991  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4575  PilT protein-like  40.29 
 
 
137 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0713  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 
141 aa  84.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000185206  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0805  PilT protein-like  39.42 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.402403 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1400  PilT protein domain protein  35 
 
 
140 aa  84.3  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.310156 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5262  PilT protein domain protein  35.29 
 
 
142 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0679342  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0871  putative plasmid stability-like protein  34.81 
 
 
137 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852163  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  35.56 
 
 
141 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4581  PilT protein-like  36.03 
 
 
140 aa  80.1  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.766949  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0057  PilT protein domain protein  36.5 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.033229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2505  PilT protein domain protein  34.51 
 
 
142 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1999  PIN domain protein  35.86 
 
 
150 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0463072  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0505  putative plasmid stability protein  36.03 
 
 
145 aa  76.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1048  PilT protein domain protein  33.09 
 
 
109 aa  75.5  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.71366  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  34.06 
 
 
147 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4574  PilT domain-containing protein  32.87 
 
 
147 aa  73.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0680986  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  35.66 
 
 
145 aa  73.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3418  PilT protein, N-terminal  33.1 
 
 
150 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.0554428 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2539  PilT domain-containing protein  37.68 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4833  PilT protein-like  35.21 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3333  PilT domain-containing protein  35.21 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4182  PilT domain-containing protein  35.21 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6402  PilT protein domain protein  34.93 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0857  PilT protein  34.25 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0155  PilT protein domain protein  33.09 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.538447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3962  PilT domain-containing protein  34.04 
 
 
137 aa  64.7  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.1997 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4589  PilT protein domain protein  29.29 
 
 
139 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000022459  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1397  PilT protein-like  36.24 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00639192  normal  0.0193425 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2534  PilT protein, N-terminal  34.29 
 
 
137 aa  62  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.641844  normal  0.62652 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0686  PIN domain-containing protein  59.57 
 
 
47 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0660129  normal  0.756784 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1602  PilT protein-like  34.04 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2039  PilT domain-containing protein  34.69 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.837298  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2873  PilT protein domain protein  33.33 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4565  PilT protein domain protein  34.46 
 
 
140 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6277  PilT protein domain protein  33.09 
 
 
135 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.466445  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4543  PilT protein domain protein  31.76 
 
 
136 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1127  PilT domain-containing protein  31.39 
 
 
133 aa  58.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.539233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3729  PilT protein-like  32.35 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294534  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0679  putative plasmid stability protein  34.23 
 
 
145 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.536522  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1213  PilT domain-containing protein  31.69 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  28.68 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1868  PilT domain-containing protein  30.4 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000212984  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3558  PilT domain-containing protein  31.11 
 
 
128 aa  55.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2951  PilT domain-containing protein  28.06 
 
 
136 aa  55.1  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>