More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4098 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  61.69 
 
 
815 aa  846    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4098  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
754 aa  1538    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  47.07 
 
 
745 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1436  TonB-dependent siderophore receptor  45.44 
 
 
750 aa  571  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1499  TonB-dependent siderophore receptor  44.41 
 
 
747 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  41.3 
 
 
740 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1876  TonB-dependent siderophore receptor  43.51 
 
 
744 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.150042  normal  0.0292257 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1595  TonB-dependent siderophore receptor  43.22 
 
 
744 aa  513  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.603088  normal  0.0988814 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3474  ferrichrome receptor precursor protein  41.59 
 
 
719 aa  513  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.588367  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6718  ferrichrome receptor precursor protein  39.63 
 
 
719 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0249127  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3585  ferrichrome receptor precursor protein  40.49 
 
 
718 aa  495  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.885271  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  40.86 
 
 
829 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1178  TonB-dependent siderophore receptor  40.06 
 
 
741 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0776508  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1622  TonB-dependent siderophore receptor  40.06 
 
 
736 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0876  TonB-dependent siderophore receptor  40.06 
 
 
736 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.195373  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  40 
 
 
738 aa  475  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0285  TonB-dependent siderophore receptor  40.06 
 
 
752 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0472595  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  39.74 
 
 
737 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  39.48 
 
 
769 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  39.74 
 
 
753 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  39.74 
 
 
753 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  39.1 
 
 
801 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  38.99 
 
 
833 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4075  TonB-dependent siderophore receptor  39.06 
 
 
745 aa  465  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  39.83 
 
 
806 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  38.57 
 
 
789 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  39.6 
 
 
797 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1619  TonB-dependent siderophore receptor  37.65 
 
 
754 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00285071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  37.06 
 
 
829 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1164  TonB-dependent siderophore receptor  37.7 
 
 
754 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0408687  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1644  TonB-dependent siderophore receptor  37.7 
 
 
754 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.107171  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  37.23 
 
 
806 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  38.42 
 
 
821 aa  444  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4790  TonB-dependent siderophore receptor  37.12 
 
 
750 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00609925  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1594  TonB-dependent siderophore receptor  37.55 
 
 
734 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000849595  hitchhiker  0.00416618 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1541  TonB-dependent siderophore receptor  37.52 
 
 
750 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0957373  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1562  TonB-dependent siderophore receptor  37.76 
 
 
753 aa  439  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000416689  normal  0.182143 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7174  TonB-dependent siderophore receptor  37.23 
 
 
729 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.229498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  36.21 
 
 
778 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  36.88 
 
 
812 aa  432  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2399  TonB-dependent siderophore receptor  35.74 
 
 
729 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.380948 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3728  TonB-dependent siderophore receptor  38.12 
 
 
733 aa  429  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0317837  normal  0.454435 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  37.63 
 
 
729 aa  429  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  37.15 
 
 
820 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  36.69 
 
 
810 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6070  TonB-dependent siderophore receptor  36.69 
 
 
729 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  37.07 
 
 
802 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  36.35 
 
 
794 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  35.6 
 
 
753 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  36.08 
 
 
797 aa  413  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  35.6 
 
 
808 aa  415  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3502  TonB-dependent siderophore receptor  37.48 
 
 
771 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6529  TonB-dependent siderophore receptor  37.34 
 
 
725 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180795  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6367  TonB-dependent siderophore receptor  36.88 
 
 
729 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6763  TonB-dependent siderophore receptor  37.34 
 
 
725 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.345321 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  35.62 
 
 
771 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0378  TonB-dependent siderophore receptor  37.09 
 
 
810 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  36.52 
 
 
797 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0672  TonB-dependent siderophore receptor  37.52 
 
 
728 aa  411  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264811  normal  0.669281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  37.03 
 
 
723 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1319  TonB-dependent siderophore receptor  35.52 
 
 
740 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  36.89 
 
 
810 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  36.09 
 
 
717 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0683  TonB-dependent siderophore receptor  37.52 
 
 
728 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  36.71 
 
 
819 aa  409  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6351  TonB-dependent siderophore receptor  37.19 
 
 
725 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.532557  normal  0.487523 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3324  TonB-dependent siderophore receptor  35.33 
 
 
745 aa  404  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.177313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0646  TonB-dependent siderophore receptor  37.37 
 
 
665 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123915  normal  0.553141 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6866  TonB-dependent siderophore receptor  37.3 
 
 
748 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  35.91 
 
 
750 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0376  TonB-dependent siderophore receptor  36.69 
 
 
810 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319241  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  34.31 
 
 
863 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  35.64 
 
 
714 aa  402  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  35.36 
 
 
828 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  35.34 
 
 
735 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  34.93 
 
 
828 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  35.58 
 
 
831 aa  398  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  35.66 
 
 
808 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  36.05 
 
 
817 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  35.58 
 
 
799 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  34.88 
 
 
729 aa  394  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  35.07 
 
 
828 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  34.95 
 
 
733 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  33.72 
 
 
726 aa  391  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  35.51 
 
 
799 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  34.87 
 
 
747 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1367  TonB-dependent siderophore receptor  34.01 
 
 
745 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0632202  normal  0.0485131 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2580  iron(III) compound receptor  36.17 
 
 
718 aa  388  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000113666  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  36.81 
 
 
828 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  34.68 
 
 
747 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001284  putative iron(III) compound receptor  34.89 
 
 
701 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000165675  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  34.17 
 
 
747 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  34.29 
 
 
729 aa  384  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  33.75 
 
 
752 aa  383  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2654  TonB-dependent siderophore receptor  34.17 
 
 
757 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0434213 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  35.03 
 
 
736 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  34.27 
 
 
745 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  34.64 
 
 
747 aa  386  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  34.17 
 
 
747 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1027  TonB-dependent siderophore receptor  36.01 
 
 
717 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.424895 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>