More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4070 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4070  NADH dehydrogenase subunit B  100 
 
 		 205 aa  423  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1348  NADH dehydrogenase subunit B  88.94 
 
 		 208 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.675338 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1327  NADH dehydrogenase subunit B  90.91 
 
 		 208 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4742  NADH dehydrogenase subunit B  88.46 
 
 		 208 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.578905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1737  NADH dehydrogenase subunit B  69.61 
 
 		 205 aa  292  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.865113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0101  NADH dehydrogenase subunit B  69.61 
 
 		 205 aa  292  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0879346  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1690  NADH dehydrogenase subunit B  68.78 
 
 		 205 aa  291  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1126  NADH dehydrogenase subunit B  60.85 
 
 		 212 aa  268  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1358  NADH dehydrogenase subunit B  63.82 
 
 		 213 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0717  NADH dehydrogenase subunit B  58.77 
 
 		 211 aa  259  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.813135  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02212  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1370  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00721379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1365  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2663  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102783  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3426  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.101338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2441  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.675859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2580  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0400998  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2436  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02172  hypothetical protein  60.42 
 
 		 220 aa  255  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2511  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  254  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0438233  normal  0.552577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2555  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  254  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.225165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2566  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  254  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.112494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2673  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  254  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.104558  normal  0.525556 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2466  NADH dehydrogenase subunit B  60.42 
 
 		 220 aa  254  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000315164  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1493  NADH dehydrogenase subunit B  59.81 
 
 		 224 aa  254  7e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.195904  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1561  NADH dehydrogenase subunit B  61.22 
 
 		 225 aa  254  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1815  NADH dehydrogenase subunit B  61.22 
 
 		 225 aa  254  8e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2771  NADH dehydrogenase subunit B  59.81 
 
 		 224 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.320877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3604  NADH dehydrogenase subunit B  60.2 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1014  NADH dehydrogenase subunit B  62.63 
 
 		 221 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3307  NADH dehydrogenase subunit B  60.71 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000318013  normal  0.583268 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2831  NADH dehydrogenase subunit B  59.69 
 
 		 224 aa  251  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4120  NADH dehydrogenase subunit B  59.3 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2413  NADH dehydrogenase subunit B  58.79 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.119197  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3198  NADH dehydrogenase subunit B  59.18 
 
 		 224 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal  0.022092 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1395  NADH dehydrogenase subunit B  60.2 
 
 		 224 aa  249  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.125456  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3692  NADH dehydrogenase subunit B  59.3 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.779049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2569  NADH dehydrogenase subunit B  59.8 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1745  NADH dehydrogenase subunit B  59.3 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.440453  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1872  NADH dehydrogenase subunit B  59.3 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.681353  normal  0.231818 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1119  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  60.1 
 
 		 231 aa  248  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.722994  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3366  NADH dehydrogenase I, B subunit  59.18 
 
 		 224 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.381632  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3824  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  54.85 
 
 		 212 aa  248  3e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30010  NADH dehydrogenase subunit B  59.3 
 
 		 225 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28450  NADH dehydrogenase subunit B  54.91 
 
 		 224 aa  247  7e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1020  NADH dehydrogenase subunit B  56.25 
 
 		 224 aa  246  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2549  NADH dehydrogenase subunit B  58.67 
 
 		 224 aa  243  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541718  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1455  NADH dehydrogenase subunit B  60.61 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0380  NADH dehydrogenase subunit B  56.63 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.8672  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0574  NADH dehydrogenase subunit B  53.15 
 
 		 222 aa  241  5e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0585  NADH dehydrogenase subunit B  53.15 
 
 		 222 aa  241  6e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1698  NADH dehydrogenase subunit B  52.7 
 
 		 222 aa  240  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0268752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3131  NADH dehydrogenase subunit B  56.46 
 
 		 226 aa  239  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2861  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  53.96 
 
 		 213 aa  235  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0909969  hitchhiker  0.00517541 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0160  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  57.67 
 
 		 794 aa  226  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.155081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0178  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  56.61 
 
 		 794 aa  223  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0333  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  65.52 
 
 		 793 aa  218  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  61.44 
 
 		 791 aa  217  8.999999999999998e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3444  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  64.83 
 
 		 792 aa  216  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  70.29 
 
 		 787 aa  216  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0206  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  56.49 
 
 		 794 aa  206  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000609108  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1275  NADH-quinone oxidoreductase B subunit  52.53 
 
 		 216 aa  187  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99313  normal  0.170871 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1282  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  55.56 
 
 		 179 aa  186  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6681  NADH dehydrogenase subunit B  53.16 
 
 		 182 aa  186  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4557  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  52.53 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.770439  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0539  NADH dehydrogenase subunit B  52.67 
 
 		 271 aa  184  9e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.573079  normal  0.187495 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2715  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  55.7 
 
 		 183 aa  183  1.0000000000000001e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1876  NADH-quinone oxidoreductase B subunit  52.94 
 
 		 179 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.522368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0158  NADH-quinone oxidoreductase chain b  50.98 
 
 		 168 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3228  NADH dehydrogenase subunit B  53.16 
 
 		 184 aa  183  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal  0.0125062 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03170  NADH dehydrogenase subunit B  52.53 
 
 		 182 aa  182  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4462  NADH dehydrogenase subunit B  51.9 
 
 		 226 aa  182  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6093  NADH dehydrogenase subunit B  51.33 
 
 		 264 aa  181  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4243  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  51.23 
 
 		 170 aa  181  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157448  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0910  NADH dehydrogenase subunit B  53.9 
 
 		 178 aa  181  6e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.617047 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0364  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  48.92 
 
 		 180 aa  181  7e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4064  NADH dehydrogenase subunit B  51.27 
 
 		 226 aa  181  7e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0470  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  53.69 
 
 		 183 aa  180  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677887  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0400  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  49.38 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0975  NADH dehydrogenase subunit B  51.63 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07390  NADH dehydrogenase subunit B  53.02 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0371464 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3354  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 20 kDa subunit  50.62 
 
 		 170 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000291107  hitchhiker  0.00879289 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3925  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  48.77 
 
 		 170 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000298768  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4009  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  48.77 
 
 		 170 aa  179  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.02735e-29 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4981  NADH dehydrogenase subunit B  57.86 
 
 		 250 aa  177  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000483357  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0268  NADH dehydrogenase subunit B  45.56 
 
 		 184 aa  177  7e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.220523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2157  NADH dehydrogenase subunit B  53.85 
 
 		 193 aa  177  1e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00451511 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0339  NADH dehydrogenase I, B subunit  48.77 
 
 		 170 aa  176  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000262724  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7690  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  49.38 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1245  NADH dehydrogenase subunit B  52.6 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0540  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  53.47 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.687461  normal  0.404608 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2252  NADH dehydrogenase subunit B  51.75 
 
 		 213 aa  175  4e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1048  NADH dehydrogenase subunit B  50.97 
 
 		 174 aa  175  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.675921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0282  NADH-quinone oxidoreductase subunit B  50.67 
 
 		 183 aa  175  5e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2990  NADH dehydrogenase subunit B  54.55 
 
 		 268 aa  174  7e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0744  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  49.36 
 
 		 191 aa  174  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.167949 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3358  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  45.86 
 
 		 202 aa  174  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1630  NADH dehydrogenase subunit B  57.14 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.298148  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2089  NADH dehydrogenase subunit B  52.26 
 
 		 268 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.580688  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3169  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  50 
 
 		 184 aa  173  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.242992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>