More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3942 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4618  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.72 
 
 
1191 aa  1223    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1012  Signal transduction histidine kinase  57.13 
 
 
1005 aa  860    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.948548  normal  0.15115 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6820  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  58.15 
 
 
981 aa  663    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0915227  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1469  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.62 
 
 
1149 aa  1267    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
1188 aa  2346    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478025  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1447  histidine kinase A-like  61.3 
 
 
1201 aa  1302    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60.76 
 
 
1031 aa  885    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244216  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3923  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.15 
 
 
1055 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1549  sensory box histidine kinase  38.12 
 
 
1035 aa  480  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1606  sensory box histidine kinase  38.12 
 
 
1035 aa  479  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23328  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0318  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
1138 aa  474  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.619733  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0171  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 
1192 aa  402  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0827  two component sensor kinase  42.61 
 
 
1410 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0381  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.74 
 
 
1296 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00957634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0413  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.95 
 
 
1276 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0153135  hitchhiker  0.00020462 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3474  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.86 
 
 
836 aa  354  5e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0680  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.87 
 
 
728 aa  345  2.9999999999999997e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.391065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.92 
 
 
1000 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.420098  normal  0.0858273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2561  PAS sensor protein  31.93 
 
 
846 aa  269  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218837  normal  0.950665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2784  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
841 aa  260  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759601  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 
853 aa  241  4e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.308506 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5599  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 
846 aa  190  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0595123  normal  0.659361 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 
911 aa  174  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.666627 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 
697 aa  167  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1600  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 
511 aa  164  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  28.89 
 
 
1255 aa  163  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1335  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.43 
 
 
518 aa  161  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0848  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
513 aa  161  7e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.88824  normal  0.551331 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1749  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 
511 aa  161  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3431  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
844 aa  160  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.737925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0873  histidine kinase  37.55 
 
 
513 aa  159  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0912  ATPase domain-containing protein  37.55 
 
 
513 aa  159  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0884  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 
513 aa  159  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683034  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4820  histidine kinase  36.76 
 
 
513 aa  158  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.780698  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2574  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
512 aa  158  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
717 aa  158  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 
1041 aa  155  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
798 aa  155  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0658643 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1010  histidine kinase  36.76 
 
 
503 aa  156  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2079  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
511 aa  154  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.964001  normal  0.759382 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2051  two component sensor kinase  37.87 
 
 
511 aa  154  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2316  histidine kinase  37.45 
 
 
511 aa  154  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.243806  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3395  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
530 aa  154  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109713  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
371 aa  154  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
523 aa  154  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.345754 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0438  putative non-motile and phage-resistance protein  27.23 
 
 
773 aa  154  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 
594 aa  151  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3460  putative sensor histidine kinase, putative membrane protein  36.76 
 
 
532 aa  150  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.305573 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2064  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
533 aa  150  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0167055  normal  0.0634721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1469  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
536 aa  150  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997673  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0066  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
773 aa  149  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.712477  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3094  two-component sensor histidine kinase  28.08 
 
 
774 aa  149  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
778 aa  148  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2046  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
530 aa  148  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.227598  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2185  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
531 aa  147  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 
769 aa  147  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1212  Signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
536 aa  145  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.39876  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1373  two component sensor kinase  26.68 
 
 
790 aa  145  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3152  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 
468 aa  144  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229393  normal  0.25439 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1305  two component sensor kinase  32.28 
 
 
599 aa  144  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282696  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  28.18 
 
 
1046 aa  143  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0905  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 
774 aa  143  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.226148  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
769 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3045  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
587 aa  143  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 
1158 aa  142  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1553  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 
505 aa  142  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0929  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
769 aa  142  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0582666 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2623  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
614 aa  142  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  33.22 
 
 
508 aa  142  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
764 aa  141  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0862951 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
1055 aa  141  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2628  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
902 aa  141  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1884  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
389 aa  140  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.329348  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  27.08 
 
 
823 aa  140  1e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.65 
 
 
1369 aa  140  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1548 aa  140  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
484 aa  140  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.197112  normal  0.954465 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.74 
 
 
881 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
784 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.501852  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2221  Signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
605 aa  139  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.763849  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
484 aa  139  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0641  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
772 aa  139  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.21 
 
 
1069 aa  139  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1847  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
775 aa  138  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0491237  normal  0.422245 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0648  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.58 
 
 
661 aa  137  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.173169  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 
940 aa  137  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0639  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 
456 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2759  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.99 
 
 
785 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0616  sensory box histidine kinase  26.87 
 
 
783 aa  135  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.260748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0615  sensory box histidine kinase  26.87 
 
 
783 aa  135  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0327  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
620 aa  135  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1449  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
775 aa  135  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00109411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1639  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
583 aa  135  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.19247  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0617  histidine kinase  32.28 
 
 
525 aa  134  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862925  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0215  sensor histidine kinase  31.01 
 
 
470 aa  134  7.999999999999999e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00343195  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
797 aa  134  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1626  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
770 aa  134  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.255804  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1358  histidine kinase  29.77 
 
 
288 aa  134  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.688927  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  31.69 
 
 
853 aa  133  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1944  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
607 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133284  normal  0.0645132 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>