197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3938 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3938  superfamily I DNA/RNA helicase  100 
 
 		 1651 aa  3336    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98348 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2278  NERD domain protein  31.57 
 
 		 1585 aa  609  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468792  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2126  ATPase  31.57 
 
 		 1585 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5029  superfamily I DNA/RNA helicase  28.18 
 
 		 1620 aa  535  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1291  AAA ATPase  32.79 
 
 		 1099 aa  130  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0205527  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01780  hypothetical protein  26.77 
 
 		 2245 aa  124  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_443  predicted protein  27.12 
 
 		 797 aa  116  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00278314 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02960  ATP dependent helicase, putative  30.56 
 
 		 1090 aa  115  6e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275864  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2554  superfamily I DNA/RNA helicase  28.88 
 
 		 1653 aa  114  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119646  predicted protein  27.84 
 
 		 795 aa  112  8.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.44147  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00646  hypothetical protein similar to possible regulator of nonsense transcripts (Broad)  28.4 
 
 		 1077 aa  108  9e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1489  hypothetical protein  30.18 
 
 		 1018 aa  104  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.132129  normal  0.443999 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4394  superfamily I DNA/RNA helicase  31.03 
 
 		 585 aa  103  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.483682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  29.64 
 
 		 636 aa  101  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2411  AAA ATPase  27.49 
 
 		 635 aa  100  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000174617  normal  0.335241 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0901  putative DNA helicase  26.69 
 
 		 643 aa  99.4  5e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3380  AAA ATPase  29.41 
 
 		 632 aa  98.2  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.134452  normal  0.835582 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42380  predicted protein  28.03 
 
 		 479 aa  96.7  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  28.7 
 
 		 636 aa  96.3  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4194  AAA ATPase  29.49 
 
 		 1126 aa  95.1  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708139 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4606  superfamily I DNA/RNA helicase  30.32 
 
 		 1284 aa  94.4  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4258  superfamily I DNA/RNA helicase  30.96 
 
 		 1108 aa  90.9  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27204  predicted protein  27.54 
 
 		 553 aa  90.5  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.332143  normal  0.0288393 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29705  predicted protein  27.54 
 
 		 553 aa  90.5  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0430706  hitchhiker  0.00367175 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01000  DNA helicase, putative  23.3 
 
 		 748 aa  88.6  9e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.359255  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1883  AAA ATPase  28.4 
 
 		 1284 aa  86.7  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3092  putative helicase  28.43 
 
 		 941 aa  86.7  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0418433 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  30.74 
 
 		 752 aa  86.3  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  27.3 
 
 		 1999 aa  85.9  0.000000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51262  predicted protein  28.61 
 
 		 388 aa  85.5  0.000000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.21292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01710  putative DNA helicase  29.39 
 
 		 754 aa  84.7  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  26.87 
 
 		 611 aa  84  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  33.22 
 
 		 1189 aa  83.2  0.00000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_1178  predicted protein  29.17 
 
 		 609 aa  82.8  0.00000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.243815 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  26.9 
 
 		 650 aa  82.4  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04770  DNA helicase, putative  28.35 
 
 		 952 aa  81.6  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  26.52 
 
 		 650 aa  81.6  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  27.88 
 
 		 629 aa  82  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4366  superfamily I DNA/RNA helicase  29.85 
 
 		 651 aa  81.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.158459 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0955  DNA helicase  27.3 
 
 		 655 aa  80.9  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0893  putative DNA helicase  25.24 
 
 		 633 aa  80.9  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2292  predicted protein  30.77 
 
 		 464 aa  78.6  0.0000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41525  predicted protein  25 
 
 		 466 aa  78.2  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000217661  normal  0.0334974 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  29.04 
 
 		 619 aa  77  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07246  conserved hypothetical protein  25.47 
 
 		 2310 aa  76.3  0.000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6346  protein kinase, putative  27.27 
 
 		 473 aa  76.3  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49458  predicted protein  25.3 
 
 		 715 aa  76.3  0.000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1089  putative DNA helicase  25.64 
 
 		 633 aa  75.1  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.837557  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61353  predicted protein  27.03 
 
 		 716 aa  75.1  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0828  putative DNA helicase  25.32 
 
 		 633 aa  73.9  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16357  predicted protein  29.14 
 
 		 268 aa  73.6  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  27.59 
 
 		 622 aa  73.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  27.01 
 
 		 622 aa  71.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9531  helicase ATP-binding protein  28.27 
 
 		 1137 aa  70.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  28.43 
 
 		 902 aa  70.1  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03653  essential tripartite DNA replication factor with single-stranded DNA-dependent ATPase (Eurofung)  26.63 
 
 		 1048 aa  69.7  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43905  predicted protein  25.49 
 
 		 1038 aa  68.2  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.352902  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1672  superfamily I DNA/RNA helicase  27.1 
 
 		 946 aa  68.2  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1828  putative DNA helicase  23.4 
 
 		 633 aa  68.6  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00610  predicted nuclease (RecB family)  28.37 
 
 		 1270 aa  67.8  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07652  DNA helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G01090)  25.77 
 
 		 686 aa  67  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3926  superfamily I DNA/RNA helicase  30 
 
 		 1190 aa  67  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  27.12 
 
 		 902 aa  67  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  26.33 
 
 		 486 aa  67  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44917  predicted protein  28.67 
 
 		 315 aa  66.2  0.000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.394616  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2931  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  30 
 
 		 254 aa  65.9  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37994  predicted protein  27.3 
 
 		 521 aa  65.5  0.000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0920  superfamily I DNA/RNA helicase  26.28 
 
 		 1622 aa  64.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  26.23 
 
 		 1118 aa  65.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2521  DNA helicase, putative  25.62 
 
 		 1697 aa  64.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1511  hypothetical protein  25.53 
 
 		 1275 aa  64.3  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22960  hypothetical protein  25.37 
 
 		 1062 aa  63.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.238472  normal  0.0614628 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4249  superfamily I DNA/RNA helicase  25.66 
 
 		 1185 aa  63.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2266  superfamily I DNA/RNA helicase  24.43 
 
 		 1175 aa  63.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1201  serine/threonine protein kinase  37.74 
 
 		 1413 aa  63.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0875665 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2717  hypothetical protein  27.48 
 
 		 1126 aa  62.8  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375535 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0570  superfamily I DNA/RNA helicase  24.92 
 
 		 1457 aa  62.8  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.010636 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  22.91 
 
 		 606 aa  62.8  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51880  Superfamily I DNA and RNA helicases and helicase subunits-related protein  27.07 
 
 		 1212 aa  62.4  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.838373  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  21.44 
 
 		 1002 aa  61.6  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  28.66 
 
 		 934 aa  62  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1516  AAA ATPase  26.9 
 
 		 1271 aa  61.6  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.18518 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0634  superfamily I DNA/RNA helicase  26.37 
 
 		 1584 aa  61.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1283  hypothetical protein  27.76 
 
 		 1116 aa  61.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.112248 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1544  serine/threonine protein kinase  24.1 
 
 		 1387 aa  60.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0649  hypothetical protein  21.99 
 
 		 905 aa  60.1  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2871  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.7 
 
 		 1203 aa  59.7  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  22.42 
 
 		 932 aa  59.7  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  35.71 
 
 		 986 aa  59.3  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4472  RecB family-like nuclease  28.39 
 
 		 1151 aa  59.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.836505  normal  0.104003 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  29.37 
 
 		 1139 aa  58.5  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1940  DNA helicase-related protein  25.43 
 
 		 1803 aa  57.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2280  AAA ATPase  25.16 
 
 		 1403 aa  57.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00184905  decreased coverage  0.00000493751 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0591  DNA helicase, putative  27.21 
 
 		 1629 aa  57.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0803  putative DNA helicase  24.91 
 
 		 2125 aa  57.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0818  putative DNA helicase  24.91 
 
 		 2125 aa  57.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0544273 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07014  DEAD helicases superfamily protein (Aquarius), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04350)  23.43 
 
 		 1422 aa  57.4  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03980  DNA replication helicase dna2, putative  26.73 
 
 		 1097 aa  57  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.450462  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  25.77 
 
 		 901 aa  57  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1250  hypothetical protein  26.03 
 
 		 906 aa  56.6  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>