More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3901 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  100 
 
 
322 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.16 
 
 
342 aa  530  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.94 
 
 
327 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  86.26 
 
 
327 aa  524  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  82.33 
 
 
327 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.35 
 
 
343 aa  518  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  81.99 
 
 
329 aa  518  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  82.08 
 
 
327 aa  519  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  82.3 
 
 
327 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  86.75 
 
 
321 aa  513  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  83.97 
 
 
322 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.49 
 
 
332 aa  513  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  82.7 
 
 
327 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.07 
 
 
328 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.55 
 
 
327 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.55 
 
 
327 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  81.13 
 
 
326 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  79.45 
 
 
326 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  80.77 
 
 
328 aa  501  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  82.3 
 
 
332 aa  499  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  78.44 
 
 
322 aa  494  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  83.06 
 
 
334 aa  497  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  78.83 
 
 
326 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  81.73 
 
 
334 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  81.25 
 
 
305 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  79.11 
 
 
328 aa  483  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  81.5 
 
 
329 aa  480  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  78.73 
 
 
327 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  76.03 
 
 
334 aa  467  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  80.63 
 
 
327 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  77.85 
 
 
327 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  70.68 
 
 
325 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  69.84 
 
 
323 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  64.17 
 
 
325 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  59.29 
 
 
333 aa  354  1e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.29 
 
 
344 aa  344  8.999999999999999e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.7 
 
 
350 aa  344  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  58.84 
 
 
356 aa  343  2e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  60.38 
 
 
348 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.29 
 
 
345 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  60.84 
 
 
354 aa  342  5e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  60.77 
 
 
356 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000128533  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  60.45 
 
 
356 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.98 
 
 
344 aa  342  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  61.74 
 
 
349 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  61.54 
 
 
343 aa  342  7e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  60.84 
 
 
358 aa  341  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  61.76 
 
 
344 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  58.62 
 
 
350 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.37 
 
 
353 aa  338  7e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.74 
 
 
351 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  59.68 
 
 
355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  57.84 
 
 
325 aa  315  5e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  51.57 
 
 
320 aa  298  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  51.62 
 
 
318 aa  278  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  49.33 
 
 
323 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  47.52 
 
 
321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  48.21 
 
 
325 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.45 
 
 
329 aa  255  7e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  47.14 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  45.6 
 
 
366 aa  252  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  48.33 
 
 
321 aa  251  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  48.51 
 
 
329 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  45.63 
 
 
320 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000848029  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  45.63 
 
 
320 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000001277  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  41.56 
 
 
319 aa  243  3e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.67 
 
 
310 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43.85 
 
 
322 aa  241  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.62 
 
 
309 aa  238  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  40.61 
 
 
319 aa  238  1e-61  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.16 
 
 
322 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  43.53 
 
 
322 aa  236  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  43.81 
 
 
320 aa  235  6e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000182151  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43 
 
 
325 aa  233  3e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  45.4 
 
 
320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  40.56 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  39.14 
 
 
346 aa  200  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  36.1 
 
 
349 aa  165  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  36.69 
 
 
444 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  36.27 
 
 
455 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  34.33 
 
 
464 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  39.02 
 
 
491 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  34.54 
 
 
572 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0726  type II secretion system protein E  35.71 
 
 
492 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50497  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  35.71 
 
 
455 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  34.06 
 
 
472 aa  156  4e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  35.39 
 
 
454 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  35.39 
 
 
454 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  35.39 
 
 
454 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  35.39 
 
 
455 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  35.6 
 
 
521 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  35.48 
 
 
491 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  34.54 
 
 
569 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  35.6 
 
 
520 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  35.6 
 
 
523 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  35.6 
 
 
515 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  35.6 
 
 
520 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  32.89 
 
 
469 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  35.6 
 
 
523 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  35.6 
 
 
520 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>