More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3836 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 158 aa  314  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  94.3 
 
 		 174 aa  297  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  93.67 
 
 		 165 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  93.67 
 
 		 158 aa  295  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  91.14 
 
 		 158 aa  291  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  89.87 
 
 		 158 aa  291  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  91.14 
 
 		 158 aa  289  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  75.64 
 
 		 168 aa  248  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  71.97 
 
 		 157 aa  229  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  70.06 
 
 		 158 aa  227  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  68.79 
 
 		 158 aa  226  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 		 158 aa  226  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  72.37 
 
 		 152 aa  226  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  70.06 
 
 		 158 aa  226  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  69.23 
 
 		 160 aa  224  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  68.59 
 
 		 160 aa  222  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  68.59 
 
 		 160 aa  222  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  68.59 
 
 		 157 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  67.95 
 
 		 179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  67.31 
 
 		 157 aa  218  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  67.95 
 
 		 158 aa  217  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  66.67 
 
 		 157 aa  216  1e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  66.67 
 
 		 158 aa  215  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  66.67 
 
 		 157 aa  214  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  67.55 
 
 		 152 aa  214  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 		 157 aa  213  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 		 203 aa  213  7e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  64.1 
 
 		 157 aa  206  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 157 aa  202  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 156 aa  192  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  59.87 
 
 		 171 aa  191  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 157 aa  188  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 157 aa  187  5e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 156 aa  186  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 156 aa  185  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 156 aa  184  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 156 aa  184  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  57.32 
 
 		 168 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 156 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 		 166 aa  180  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 		 166 aa  180  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 		 166 aa  180  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  58.28 
 
 		 152 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  58.33 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 158 aa  170  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  170  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  170  6.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0439  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 158 aa  170  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  57.05 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  57.89 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  52.23 
 
 		 158 aa  164  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 160 aa  163  9e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 160 aa  163  9e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  53.55 
 
 		 158 aa  162  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  52.23 
 
 		 158 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  52.83 
 
 		 159 aa  163  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 		 158 aa  161  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 		 158 aa  162  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  52.23 
 
 		 158 aa  161  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  51.63 
 
 		 159 aa  160  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 		 158 aa  160  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 159 aa  160  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  54.78 
 
 		 158 aa  160  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  53.5 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 169 aa  159  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  53.59 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  53.5 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  53.8 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  51.27 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  54.78 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 158 aa  158  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 158 aa  157  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 172 aa  156  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  51.95 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  56.6 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  54.43 
 
 		 157 aa  156  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  56.6 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  51.59 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000315443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  50.32 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  49.37 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  51.59 
 
 		 158 aa  154  3e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  50.96 
 
 		 158 aa  154  4e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  54.43 
 
 		 157 aa  154  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0654  transcription elongation factor GreA  49.07 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.156211  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0133  transcription elongation factor GreA  53.09 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.431567  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1372  transcription elongation factor GreA  47.77 
 
 		 161 aa  154  6e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  51.27 
 
 		 159 aa  153  7e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  53.85 
 
 		 160 aa  153  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2677  GreA/GreB family elongation factor  53.9 
 
 		 158 aa  153  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  53.5 
 
 		 158 aa  153  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  50.32 
 
 		 158 aa  153  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  49.68 
 
 		 158 aa  152  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  50 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  50 
 
 		 173 aa  152  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  50 
 
 		 158 aa  152  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  53.9 
 
 		 158 aa  152  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  53.9 
 
 		 158 aa  152  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 		 158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 		 158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>