57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3547 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  100 
 
 
154 aa  306  9e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  79.29 
 
 
145 aa  228  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  78.36 
 
 
145 aa  217  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  54.41 
 
 
140 aa  166  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  54.48 
 
 
156 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  50 
 
 
173 aa  159  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  48.55 
 
 
146 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  48.48 
 
 
145 aa  138  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  46.27 
 
 
145 aa  136  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  50 
 
 
144 aa  135  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  43.36 
 
 
142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  50 
 
 
144 aa  127  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  51.8 
 
 
143 aa  124  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  44.7 
 
 
144 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  46.67 
 
 
144 aa  122  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  47.76 
 
 
143 aa  121  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  43.28 
 
 
139 aa  122  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  42.75 
 
 
154 aa  121  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.6 
 
 
150 aa  122  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  42.75 
 
 
154 aa  121  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  51.88 
 
 
149 aa  120  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  47.33 
 
 
149 aa  120  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  41.98 
 
 
154 aa  120  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  41.98 
 
 
154 aa  120  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  48.09 
 
 
144 aa  120  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  41.98 
 
 
154 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  47.06 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  42.11 
 
 
148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  41.35 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  40.6 
 
 
154 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  41.22 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  47.83 
 
 
141 aa  117  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  43.31 
 
 
154 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  41.35 
 
 
154 aa  117  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.6 
 
 
158 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  45.04 
 
 
149 aa  117  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  45.04 
 
 
149 aa  117  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.6 
 
 
158 aa  116  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.6 
 
 
158 aa  116  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  40.6 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  50.41 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  47.69 
 
 
142 aa  114  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  45.45 
 
 
150 aa  114  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  43.51 
 
 
143 aa  110  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  44.88 
 
 
136 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  50 
 
 
144 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  44 
 
 
127 aa  103  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  43.18 
 
 
144 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  46.79 
 
 
150 aa  100  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  42.11 
 
 
158 aa  99  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  38.21 
 
 
139 aa  90.9  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  39.02 
 
 
138 aa  90.5  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  38.84 
 
 
136 aa  89.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  30.53 
 
 
142 aa  76.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  22.9 
 
 
157 aa  52.8  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  31.96 
 
 
461 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0397  hypothetical protein  25 
 
 
142 aa  40  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>