More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3460 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3460  50S ribosomal protein L10  100 
 
 		 172 aa  333  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2283  50S ribosomal protein L10  94.77 
 
 		 172 aa  318  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0400383  normal  0.2116 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3197  50S ribosomal protein L10  94.19 
 
 		 172 aa  316  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1529  50S ribosomal protein L10  93.02 
 
 		 172 aa  310  5.999999999999999e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.908936  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3689  50S ribosomal protein L10  91.28 
 
 		 172 aa  307  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1348  50S ribosomal protein L10  88.37 
 
 		 172 aa  296  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5083  50S ribosomal protein L10  86.05 
 
 		 172 aa  292  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.614366  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3362  50S ribosomal protein L10  73.84 
 
 		 172 aa  253  9e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.256068  normal  0.223881 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1345  50S ribosomal protein L10  71.51 
 
 		 172 aa  245  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.100348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4497  50S ribosomal protein L10  70.93 
 
 		 172 aa  238  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1898  50S ribosomal protein L10  70.59 
 
 		 175 aa  235  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3841  50S ribosomal protein L10  69.19 
 
 		 172 aa  230  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0158219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0362  50S ribosomal protein L10  69.71 
 
 		 175 aa  229  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.656463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4015  50S ribosomal protein L10  70.35 
 
 		 172 aa  224  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.866731  normal  0.631329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4384  50S ribosomal protein L10  70.35 
 
 		 172 aa  224  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.313613 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1945  50S ribosomal protein L10  62.21 
 
 		 172 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.137242  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1246  50S ribosomal protein L10  61.63 
 
 		 172 aa  216  8.999999999999998e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.208748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1207  50S ribosomal protein L10  61.63 
 
 		 194 aa  216  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.347273  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2727  ribosomal protein L10  63.37 
 
 		 172 aa  215  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12165  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1821  50S ribosomal protein L10  63.37 
 
 		 172 aa  216  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0871653  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1822  50S ribosomal protein L10  61.05 
 
 		 172 aa  211  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3866  ribosomal protein L10  68.42 
 
 		 171 aa  209  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0292685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1322  50S ribosomal protein L10  59.88 
 
 		 172 aa  209  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.850894  normal  0.161771 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1420  50S ribosomal protein L10  58.14 
 
 		 172 aa  206  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.291032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0976  50S ribosomal protein L10  58.14 
 
 		 195 aa  204  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0194348 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0569  50S ribosomal protein L10  58.72 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000818206  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1701  50S ribosomal protein L10  60.82 
 
 		 171 aa  201  5e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3477  50S ribosomal protein L10  60.82 
 
 		 171 aa  192  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.232416  hitchhiker  0.0000717521 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2697  50S ribosomal protein L10P  55.23 
 
 		 172 aa  192  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561782  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1954  50S ribosomal protein L10  56.73 
 
 		 174 aa  186  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.262202  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2958  50S ribosomal protein L10  57.56 
 
 		 172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0648852 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0029  50S ribosomal protein L10  56.21 
 
 		 170 aa  166  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167833  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0745  50S ribosomal protein L10  52.47 
 
 		 171 aa  164  6.9999999999999995e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00501407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0232  50S ribosomal protein L10  49.42 
 
 		 172 aa  163  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0685965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0566  50S ribosomal protein L10  51.48 
 
 		 170 aa  160  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0789  50S ribosomal protein L10  47.67 
 
 		 172 aa  157  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.305137 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0351  50S ribosomal protein L10  50.88 
 
 		 171 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.703447 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1701  50S ribosomal protein L10  50.88 
 
 		 171 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.653585  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0337  50S ribosomal protein L10  50.88 
 
 		 171 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.635722  normal  0.581622 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2544  50S ribosomal protein L10  53.09 
 
 		 171 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0265  50S ribosomal protein L10  49.42 
 
 		 172 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1804  50S ribosomal protein L10P  43.27 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.160084 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0838  50S ribosomal protein L10P  44.19 
 
 		 172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0707377  normal  0.0995834 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0700  ribosomal protein L10  37.5 
 
 		 174 aa  106  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.299689  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0692  50S ribosomal protein L10  38.51 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000112903  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3316  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2969  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.45658 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3191  50S ribosomal protein L10  43.28 
 
 		 173 aa  104  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579756  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0270  50S ribosomal protein L10  39.6 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.247547  hitchhiker  0.00145059 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4018  ribosomal protein L10  37.18 
 
 		 174 aa  101  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.491975 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3336  50S ribosomal protein L10  41.73 
 
 		 173 aa  100  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08440  ribosomal protein L10  39.76 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.166227  normal  0.704722 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3036  50S ribosomal protein L10  41.61 
 
 		 168 aa  97.4  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0878547 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0385  50S ribosomal protein L10  37.35 
 
 		 177 aa  97.4  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0360  50S ribosomal protein L10  37.35 
 
 		 177 aa  97.4  9e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3594  50S ribosomal protein L10  37.58 
 
 		 178 aa  96.3  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.196569  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6637  ribosomal protein L10  40.94 
 
 		 184 aa  95.9  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.858869  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4318  50S ribosomal protein L10  38.24 
 
 		 187 aa  96.3  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.561909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2361  50S ribosomal protein L10  35.09 
 
 		 174 aa  95.5  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0276  50S ribosomal protein L10  35.58 
 
 		 175 aa  95.5  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000204852  hitchhiker  0.000495958 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0317  50S ribosomal protein L10  40 
 
 		 173 aa  95.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.146286  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1590  50S ribosomal protein L10  35.67 
 
 		 174 aa  95.1  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0488  50S ribosomal protein L10  40 
 
 		 173 aa  95.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.169718  hitchhiker  0.00000169108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3869  50S ribosomal protein L10  39.85 
 
 		 182 aa  95.5  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17270  LSU ribosomal protein L10P  38.51 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2273  50S ribosomal protein L10  35.09 
 
 		 174 aa  94.7  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0671  50S ribosomal protein L10  37.95 
 
 		 174 aa  94.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0586  50S ribosomal protein L10  36.94 
 
 		 177 aa  94.4  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4444  50S ribosomal protein L10  37.58 
 
 		 176 aa  94  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.651473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0508  50S ribosomal protein L10  37.58 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.270625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3328  50S ribosomal protein L10  37.79 
 
 		 186 aa  93.2  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211537 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0924  50S ribosomal protein L10  34.68 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0183  ribosomal protein L10  35.67 
 
 		 176 aa  92.4  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000324199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0922  50S ribosomal protein L10  37.33 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00116615  hitchhiker  0.00000161737 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3337  50S ribosomal protein L10  34.68 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000271161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2262  50S ribosomal protein L10  37.58 
 
 		 174 aa  92.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168271  normal  0.476107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4533  50S ribosomal protein L10  37.58 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3642  50S ribosomal protein L10  36.94 
 
 		 183 aa  92.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.279713 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3248  50S ribosomal protein L10  36.94 
 
 		 168 aa  92.4  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0757  50S ribosomal protein L10  34.9 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3453  50S ribosomal protein L10  42.52 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0925685  normal  0.446601 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3899  50S ribosomal protein L10  36.94 
 
 		 168 aa  92.4  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0040  50S ribosomal protein L10  36.55 
 
 		 179 aa  91.7  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0245031  hitchhiker  0.0000000000023806 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0180  50S ribosomal protein L10  37.93 
 
 		 166 aa  91.3  5e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0693527  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0044  50S ribosomal protein L10  35.86 
 
 		 215 aa  91.3  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000127438  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0867  50S ribosomal protein L10  34.52 
 
 		 175 aa  91.3  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2178  ribosomal protein L10  36.73 
 
 		 175 aa  90.9  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.905696 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0313  50S ribosomal protein L10  34.71 
 
 		 166 aa  90.1  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000558823  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2223  50S ribosomal protein L10  32.16 
 
 		 174 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194446 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2074  50S ribosomal protein L10  34.46 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0562  50S ribosomal protein L10  38.62 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000233555  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3437  50S ribosomal protein L10  37.3 
 
 		 165 aa  89.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0576  50S ribosomal protein L10  38.62 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000179203  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1172  ribosomal protein L10  36.97 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000357466  unclonable  0.0000000289216 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2333  50S ribosomal protein L10  37.33 
 
 		 175 aa  89  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00442702  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0698  50S ribosomal protein L10  39.18 
 
 		 228 aa  89  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0408  50S ribosomal protein L10  35.29 
 
 		 174 aa  88.6  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.79305e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2164  50S ribosomal protein L10P  38.89 
 
 		 174 aa  88.6  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0596262  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2850  50S ribosomal protein L10  33.56 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.675463 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0266  50S ribosomal protein L10  37.3 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.646007  normal  0.635943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>