More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3127 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3127  patatin  100 
 
 
344 aa  678    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  83.04 
 
 
390 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  82.74 
 
 
345 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  82.49 
 
 
343 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  76.68 
 
 
347 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  77.3 
 
 
343 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  74.85 
 
 
348 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1647  patatin  59.22 
 
 
373 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  52.41 
 
 
354 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0353  Patatin  52.77 
 
 
321 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.016762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3230  patatin  50.84 
 
 
352 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.000670188  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  44.72 
 
 
368 aa  272  7e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4637  patatin  50.82 
 
 
327 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0400128 
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  50.85 
 
 
315 aa  263  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  49.83 
 
 
315 aa  263  4e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  47.19 
 
 
326 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  48.99 
 
 
323 aa  260  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  48.81 
 
 
314 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2220  Patatin  47.52 
 
 
351 aa  256  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0960823 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  48.14 
 
 
352 aa  255  8e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  46.47 
 
 
322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2538  Patatin  46.58 
 
 
352 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.54485 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1851  Patatin  45.6 
 
 
320 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202121  normal  0.0299677 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2051  Patatin  44.95 
 
 
320 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  46.47 
 
 
323 aa  246  4.9999999999999997e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1418  patatin  42.31 
 
 
333 aa  243  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1683  patatin  46.41 
 
 
315 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.234772  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1661  patatin  46.41 
 
 
315 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  44.34 
 
 
300 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1646  patatin  46.41 
 
 
315 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2697  Patatin  46.41 
 
 
315 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00646422  hitchhiker  0.0000697088 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1047  patatin  46.89 
 
 
321 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  40.91 
 
 
305 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3119  Patatin  47.35 
 
 
324 aa  236  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  42.72 
 
 
316 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2605  patatin  47.12 
 
 
315 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  41.52 
 
 
335 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  43.77 
 
 
310 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  41.58 
 
 
292 aa  229  4e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  42.39 
 
 
316 aa  229  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  41.45 
 
 
292 aa  229  7e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2204  hypothetical protein  46.73 
 
 
316 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.772676  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2513  patatin  46.74 
 
 
315 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191978 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2443  patatin  46.9 
 
 
315 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  45.67 
 
 
315 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0830  Patatin  41.5 
 
 
299 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00263851  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0681  patatin-like phospholipase family protein  41.5 
 
 
299 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2444  patatin  40.38 
 
 
312 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2623  patatin  41.49 
 
 
328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0385483  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1538  patatin  45.94 
 
 
320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.546797  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1274  hypothetical protein  42.52 
 
 
311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  40.67 
 
 
304 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  39.47 
 
 
301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  39.46 
 
 
303 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  39.8 
 
 
301 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  38.24 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  38.24 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  38.24 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  38.24 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000191972 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  39.47 
 
 
300 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  40.74 
 
 
335 aa  212  7e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  37.91 
 
 
314 aa  212  7e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  38.16 
 
 
301 aa  212  7e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  37.91 
 
 
314 aa  212  7e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  38.16 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  36.72 
 
 
341 aa  212  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2451  patatin  40.39 
 
 
343 aa  210  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000295185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  37.83 
 
 
301 aa  209  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3052  patatin  41.04 
 
 
311 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.443611  normal  0.0107165 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  36.58 
 
 
327 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1793  patatin  43.24 
 
 
343 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.810977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1887  hypothetical protein  38.8 
 
 
301 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261271  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1881  hypothetical protein  38.8 
 
 
301 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.256375  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1391  hypothetical protein  38.8 
 
 
301 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.4061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1574  hypothetical protein  38.8 
 
 
301 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1944  hypothetical protein  38.8 
 
 
301 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  42.58 
 
 
323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1595  patatin  41.32 
 
 
310 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.613745  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  41.31 
 
 
323 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1553  Patatin  42.26 
 
 
317 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  37.87 
 
 
300 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2928  putative patatin-like phospholipase  42.86 
 
 
317 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793052  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1593  Patatin  38.87 
 
 
340 aa  189  8e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  38.78 
 
 
315 aa  179  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2826  patatin-like phospholipase family protein  33.33 
 
 
295 aa  175  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0488  patatin  34.3 
 
 
313 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268881  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2188  putative phospholipase  32.88 
 
 
293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4504  patatin  37.72 
 
 
293 aa  162  7e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2469  patatin  31.63 
 
 
347 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.504238  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2071  Patatin  34.29 
 
 
325 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.157936  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4687  patatin  31.04 
 
 
333 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.257253  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1844  patatin-like protein of phospholipase family protein  31.83 
 
 
291 aa  156  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03596  lipoprotein  37.67 
 
 
345 aa  155  9e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0262  Patatin  35.91 
 
 
276 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.129262  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2126  patatin  30.67 
 
 
304 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.375829  hitchhiker  0.00774444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3633  hypothetical protein  29.53 
 
 
345 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2995  patatin  30.84 
 
 
326 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43300  hypothetical protein  29.24 
 
 
345 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.882188  normal  0.835077 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0302  patatin  35.76 
 
 
302 aa  152  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1351  Patatin  34 
 
 
256 aa  152  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019632  normal  0.0919184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>