More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2952 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2952  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0349553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  91.41 
 
 		 291 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  91.41 
 
 		 291 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  91.41 
 
 		 291 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  89.35 
 
 		 291 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  89.47 
 
 		 287 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  75.43 
 
 		 295 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  75.78 
 
 		 293 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  76.04 
 
 		 295 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  74.39 
 
 		 295 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  69.2 
 
 		 294 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  67.82 
 
 		 294 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  68.17 
 
 		 294 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  68.86 
 
 		 294 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.13 
 
 		 287 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  67.01 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  67.01 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.01 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  67.47 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  67.47 
 
 		 320 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  67.01 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  67.01 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  67.01 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  67.82 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  67.47 
 
 		 320 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  67.82 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  66.32 
 
 		 294 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.51 
 
 		 295 aa  363  1e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.51 
 
 		 295 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  65.4 
 
 		 313 aa  362  4e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  64.71 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  64.36 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3306  inner-membrane translocator  71.03 
 
 		 295 aa  358  7e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.605647  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 295 aa  357  9.999999999999999e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  68 
 
 		 295 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  68.25 
 
 		 295 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  68.88 
 
 		 294 aa  355  6.999999999999999e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  65.74 
 
 		 296 aa  353  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  66.09 
 
 		 294 aa  352  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  68.06 
 
 		 295 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  67.71 
 
 		 295 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1438  inner-membrane translocator  70.49 
 
 		 293 aa  350  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.683973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1399  inner-membrane translocator  68.17 
 
 		 295 aa  349  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.934196  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2867  inner-membrane translocator  68.51 
 
 		 295 aa  347  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.957765 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3289  hypothetical protein  69.1 
 
 		 295 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0960576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5954  inner-membrane translocator  64.71 
 
 		 295 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00927263  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  61.17 
 
 		 656 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  57.86 
 
 		 301 aa  328  6e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6726  inner-membrane translocator  69.55 
 
 		 295 aa  328  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5820  inner-membrane translocator  69.55 
 
 		 295 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  0.153687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3484  inner-membrane translocator  67.7 
 
 		 291 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282429  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1676  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 287 aa  326  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1378  inner-membrane translocator  68.68 
 
 		 293 aa  323  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3530  inner-membrane translocator  67.13 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.902092  normal  0.626427 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6268  inner-membrane translocator  64.73 
 
 		 294 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.770597  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3780  inner-membrane translocator  66.3 
 
 		 294 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3118  inner-membrane translocator  66.55 
 
 		 294 aa  317  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4076  inner-membrane translocator  67.27 
 
 		 294 aa  308  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2464  inner-membrane translocator  66.44 
 
 		 294 aa  308  5.9999999999999995e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.707029  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1078  inner-membrane translocator  65.74 
 
 		 294 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0299849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5161  inner-membrane translocator  65.05 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2931  inner-membrane translocator  63.48 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4078  inner-membrane translocator  68.18 
 
 		 294 aa  302  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0009  inner-membrane translocator  64.9 
 
 		 306 aa  299  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.978164  normal  0.0292693 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1284  inner-membrane translocator  67.64 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.115194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0009  inner-membrane translocator  65.09 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.30949  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2138  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  65.61 
 
 		 288 aa  278  8e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1819  inner-membrane translocator  65.61 
 
 		 288 aa  278  8e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2031  inner-membrane translocator  57.39 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  52.14 
 
 		 293 aa  266  4e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  51.36 
 
 		 293 aa  255  7e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2582  inner-membrane translocator  60 
 
 		 291 aa  246  2e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.496751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  44.25 
 
 		 296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  44.25 
 
 		 296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  44.41 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.96 
 
 		 290 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  43.4 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  43.55 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  41.22 
 
 		 285 aa  198  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.78 
 
 		 285 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 291 aa  189  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40.36 
 
 		 286 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 291 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  38.35 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 652 aa  176  5e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3459  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.411869  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1051  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8565  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0330607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>