37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2219 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2219  hypothetical protein  100 
 
 
469 aa  942    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0363094  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0801  hypothetical protein  34.41 
 
 
530 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535256  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1989  hypothetical protein  31.84 
 
 
529 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.436263  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0692  hypothetical protein  31.84 
 
 
553 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.850291  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2054  hypothetical protein  31.46 
 
 
463 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.254497  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2407  hypothetical protein  31.91 
 
 
463 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3350  hypothetical protein  31.46 
 
 
463 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0601  hypothetical protein  31.84 
 
 
561 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5727  hypothetical protein  30.07 
 
 
480 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.380995  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2386  hypothetical protein  31.61 
 
 
449 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.164497  normal  0.439216 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1483  hypothetical protein  30.11 
 
 
488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5613  hypothetical protein  30.53 
 
 
491 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0706869  normal  0.469482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1311  hypothetical protein  28.89 
 
 
514 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.127112 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6346  hypothetical protein  30.11 
 
 
488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.118536  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2148  hypothetical protein  31.2 
 
 
460 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000428746  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5830  hypothetical protein  30.31 
 
 
491 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.41171 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6127  hypothetical protein  31.15 
 
 
509 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7012  hypothetical protein  29.89 
 
 
488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0419358 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1277  hypothetical protein  28.89 
 
 
514 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4275  hypothetical protein  26.13 
 
 
455 aa  146  8.000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2383  hypothetical protein  30.45 
 
 
502 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0916169  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0191  hypothetical protein  28.63 
 
 
487 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0897253 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4543  hypothetical protein  28.03 
 
 
492 aa  144  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.277933  normal  0.737886 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3902  hypothetical protein  30.04 
 
 
471 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5591  hypothetical protein  29.78 
 
 
473 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.52477 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1400  hypothetical protein  28.57 
 
 
512 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0918  hypothetical protein  28.57 
 
 
512 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1378  hypothetical protein  28.79 
 
 
510 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294238  normal  0.306366 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5456  hypothetical protein  28.61 
 
 
453 aa  130  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2395  hypothetical protein  30.44 
 
 
477 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.466905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3144  hypothetical protein  28.36 
 
 
488 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2333  hypothetical protein  31.71 
 
 
427 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.179446  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3912  hypothetical protein  26.01 
 
 
475 aa  103  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2880  hypothetical protein  28.77 
 
 
231 aa  97.4  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2323  hypothetical protein  24.77 
 
 
481 aa  77.8  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.696472  decreased coverage  0.0026081 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0937  hypothetical protein  25.54 
 
 
564 aa  72.8  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2317  hypothetical protein  25.83 
 
 
572 aa  71.2  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>