More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1893 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1893  tricarballylate dehydrogenase  100 
 
 		 457 aa  912    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.291034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2323  tricarballylate dehydrogenase  59.38 
 
 		 432 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2722  tricarballylate dehydrogenase  49.56 
 
 		 468 aa  444  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3175  tricarballylate dehydrogenase  54.79 
 
 		 441 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2383  tricarballylate dehydrogenase  55.2 
 
 		 434 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2274  tricarballylate dehydrogenase  49.89 
 
 		 465 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579032  normal  0.274442 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8556  tricarballylate dehydrogenase  49.56 
 
 		 462 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.819008  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6301  tricarballylate dehydrogenase  48.7 
 
 		 468 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2502  tricarballylate dehydrogenase  48.04 
 
 		 472 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927489  normal  0.370831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4210  tricarballylate dehydrogenase  47.83 
 
 		 477 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5626  tricarballylate dehydrogenase  46.96 
 
 		 469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0847  tricarballylate dehydrogenase  46.74 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6017  tricarballylate dehydrogenase  46.41 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0750  tricarballylate dehydrogenase  46.74 
 
 		 467 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0900786  normal  0.301353 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0738  tricarballylate dehydrogenase  46.74 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0182155  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0811  tricarballylate dehydrogenase  46.74 
 
 		 467 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.329314  normal  0.994664 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6134  tricarballylate dehydrogenase  47.39 
 
 		 469 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0798  tricarballylate dehydrogenase  46.52 
 
 		 467 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5878  tricarballylate dehydrogenase  46.3 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5148  tricarballylate dehydrogenase  47.56 
 
 		 469 aa  398  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226548  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3133  tricarballylate dehydrogenase  45.65 
 
 		 476 aa  398  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.615879  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3488  tricarballylate dehydrogenase  44.64 
 
 		 486 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3815  tricarballylate dehydrogenase  45.77 
 
 		 469 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.990462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0639  tricarballylate dehydrogenase  45.34 
 
 		 479 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3415  tricarballylate dehydrogenase  44.71 
 
 		 479 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0794  tricarballylate dehydrogenase  45.53 
 
 		 474 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4070  tricarballylate dehydrogenase  44.47 
 
 		 479 aa  382  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2086  tricarballylate dehydrogenase  45.65 
 
 		 471 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.32911  normal  0.0400814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4211  tricarballylate dehydrogenase  47.83 
 
 		 470 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3858  tricarballylate dehydrogenase  43.44 
 
 		 474 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000815395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2986  tricarballylate dehydrogenase  48.02 
 
 		 477 aa  339  7e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0071938  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1064  tricarballylate dehydrogenase  33.4 
 
 		 505 aa  208  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02608  conserved hypothetical protein  30.46 
 
 		 508 aa  187  3e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.262389 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3133  tricarballylate dehydrogenase  34.69 
 
 		 524 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.262589  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3056  tricarballylate dehydrogenase  31.92 
 
 		 482 aa  176  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2834  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  31.93 
 
 		 488 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0283  tricarballylate dehydrogenase  31.1 
 
 		 493 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06133  conserved hypothetical protein  28.96 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6400  tricarballylate dehydrogenase  30.8 
 
 		 502 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479436  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2808  tricarballylate dehydrogenase  29.84 
 
 		 503 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1003  putative succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit  28.79 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415422  normal  0.433093 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5093  tricarballylate dehydrogenase  30.64 
 
 		 498 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496959 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  28.01 
 
 		 588 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0200  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  29.76 
 
 		 488 aa  113  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  25.37 
 
 		 502 aa  105  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0810  flavocytochrome c  29.73 
 
 		 589 aa  104  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  27.71 
 
 		 589 aa  103  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0913  flavocytochrome c  28.81 
 
 		 483 aa  102  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.387235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3299  flavocytochrome c  26.58 
 
 		 597 aa  100  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  25.8 
 
 		 464 aa  97.1  6e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  26.07 
 
 		 493 aa  96.3  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000784469 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  29.03 
 
 		 591 aa  92.8  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  26.94 
 
 		 598 aa  92  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  28.45 
 
 		 460 aa  91.3  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  27.09 
 
 		 598 aa  90.9  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4075  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.81 
 
 		 484 aa  87.8  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3318  flavocytochrome c  26.94 
 
 		 596 aa  87.4  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.5959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0611  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  27.72 
 
 		 593 aa  86.7  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0905  flavocytochrome c  27.1 
 
 		 597 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.604755  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3433  flavocytochrome c  27.31 
 
 		 596 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3628  flavocytochrome c  27.31 
 
 		 596 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0138  flavocytochrome c  25.76 
 
 		 608 aa  83.2  0.000000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000254788  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3505  flavocytochrome c  27.31 
 
 		 596 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0859  flavocytochrome c  27.31 
 
 		 596 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0970  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  26.94 
 
 		 596 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0808  flavocytochrome c  26.51 
 
 		 596 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.587828  normal  0.0624147 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  27.23 
 
 		 583 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6873  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  27.12 
 
 		 569 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901911  normal  0.6243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3112  flavocytochrome c  27.09 
 
 		 596 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541974 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3387  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.87 
 
 		 557 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2281  flavocytochrome c  25.74 
 
 		 519 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  26.51 
 
 		 596 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0208  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.3 
 
 		 534 aa  80.1  0.00000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000177  normal  0.616185 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  25.77 
 
 		 596 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0098  fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.84 
 
 		 465 aa  79.7  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2432  flavocytochrome c  27.22 
 
 		 517 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.77876  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0848  fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.21 
 
 		 457 aa  78.6  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000988882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2354  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.02 
 
 		 551 aa  78.2  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1421  fumarate reductase flavoprotein subunit  25.54 
 
 		 589 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3686  hypothetical protein  26.63 
 
 		 484 aa  77.8  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0694  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  24.63 
 
 		 584 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3126  flavocytochrome c  26.85 
 
 		 925 aa  77.4  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  28.98 
 
 		 1005 aa  77  0.0000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1545  putative flavocytochrome c flavin subunit  23.13 
 
 		 447 aa  77  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  26.16 
 
 		 519 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3877  succinate dehydrogenase  26.21 
 
 		 596 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0232  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  25.31 
 
 		 523 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0397857  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0124  Succinate dehydrogenase  25.75 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  27.22 
 
 		 517 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11650  flavocytochrome c  25 
 
 		 504 aa  73.6  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0722  flavocytochrome c  24.94 
 
 		 596 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1861  flavocytochrome c  26.65 
 
 		 515 aa  73.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3488  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.3 
 
 		 491 aa  73.6  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2401  flavocytochrome c flavin subunit  24.43 
 
 		 505 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2096  flavocytochrome c  26.78 
 
 		 515 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148795  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3776  flavocytochrome c  26.68 
 
 		 596 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235124 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0505  succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.27 
 
 		 597 aa  72.8  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1489  flavocytochrome c  26.79 
 
 		 517 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1782  flavocytochrome c  26.27 
 
 		 515 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.283775  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05539  oxidoreductase  27.68 
 
 		 1004 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>