103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1770 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1770  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  100 
 
 
522 aa  1069    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00425829  normal  0.115514 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0309  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.67 
 
 
569 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.632592 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1865  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.66 
 
 
488 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.77 
 
 
504 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520154  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.26 
 
 
570 aa  331  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0536  putative cytidine deaminase  36.81 
 
 
522 aa  325  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.236376  normal  0.0995167 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0119  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  36.61 
 
 
489 aa  295  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3614  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  34.77 
 
 
503 aa  265  1e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0139  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  32.57 
 
 
591 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.195838  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0043  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  33.47 
 
 
520 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0728116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3723  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.87 
 
 
544 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.876202  normal  0.78493 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3354  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  39.42 
 
 
209 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1747  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.22 
 
 
156 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0753156  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  27.49 
 
 
162 aa  69.7  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.508443  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1622  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  48.53 
 
 
154 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000389213  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  27.64 
 
 
299 aa  69.3  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1598  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.53 
 
 
155 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000000104146  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0732  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  24.07 
 
 
609 aa  67.4  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3026  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.59 
 
 
151 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.415381  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1224  dCMP deaminase  45.59 
 
 
151 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.242587 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1686  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  45.59 
 
 
154 aa  67  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1570  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  41.18 
 
 
159 aa  64.3  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0147  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
145 aa  64.3  0.000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000260074  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1443  deoxycytidylate deaminase  42.65 
 
 
158 aa  63.5  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2185  dCMP deaminase  42.65 
 
 
156 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000465345  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21480  deoxycytidylate deaminase  29.41 
 
 
156 aa  63.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1037  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.19 
 
 
152 aa  63.2  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0424018 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1419  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.31 
 
 
153 aa  62.8  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0399371  normal  0.378339 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4824  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  27.27 
 
 
155 aa  61.6  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597848  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0634  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.24 
 
 
148 aa  61.2  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2599  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.48 
 
 
153 aa  60.5  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.736828  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1985  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.62 
 
 
151 aa  57.8  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000230584  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2433  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  42.11 
 
 
155 aa  57.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2081  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  28.19 
 
 
155 aa  57.4  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000136796  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0100  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  38.16 
 
 
149 aa  57  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0063  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.06 
 
 
153 aa  57  0.0000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0853  dCMP deaminase  39.71 
 
 
159 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0257  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.67 
 
 
144 aa  56.6  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1766  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.53 
 
 
170 aa  56.2  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1618  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.56 
 
 
158 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1156  comE operon protein 2  35.37 
 
 
153 aa  55.5  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.403375  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0516  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  32.32 
 
 
169 aa  55.5  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000285737  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0530  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  32.32 
 
 
169 aa  55.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0866803  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0348  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  40.32 
 
 
161 aa  55.5  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1647  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  33.33 
 
 
157 aa  55.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.318126  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1646  ComE operon protein 2  35.37 
 
 
143 aa  55.1  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1681  ComE operon protein 2  35.37 
 
 
143 aa  55.1  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000220754  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0042  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36 
 
 
170 aa  55.1  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00633059  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2856  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.29 
 
 
154 aa  55.1  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00540503 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4407  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4224  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4062  comE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0691295  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4072  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4552  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.252932  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3052  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.901586  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf406  deoxycytidylate deaminase  27.66 
 
 
173 aa  54.7  0.000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4459  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000252157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4348  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000304329 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1001  ComE operon protein 2  39.39 
 
 
156 aa  54.3  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0943  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  36 
 
 
173 aa  53.5  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1855  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.5 
 
 
176 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0261  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.71 
 
 
145 aa  53.1  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00013435  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1252  deoxycytidylate deaminase  37.31 
 
 
146 aa  52.4  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0080548  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.33 
 
 
169 aa  52.4  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.238566  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4177  ComE operon protein 2  40.32 
 
 
185 aa  52.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.611772  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4446  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.028939  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3096  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.29 
 
 
182 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0408769 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0791  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
185 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  0.000000127363 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2450  ComE operon protein 2  41.94 
 
 
151 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0169534  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2193  deoxycytidylate deaminase, putative  41.18 
 
 
165 aa  51.6  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.494514  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0918  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.19 
 
 
159 aa  51.6  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0194  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.39 
 
 
151 aa  50.4  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0459  deoxycytidylate deaminase  34.67 
 
 
158 aa  50.1  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0622  deoxycytidylate deaminase, putative  38.98 
 
 
173 aa  49.7  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.646191  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3161  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.29 
 
 
147 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1943  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.38 
 
 
149 aa  50.1  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1174  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.3 
 
 
168 aa  50.1  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3746  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.51 
 
 
150 aa  49.3  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1716  late competence protein required for DNA binding and uptake  35.48 
 
 
151 aa  48.9  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000612083  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_8218  predicted protein  40.28 
 
 
125 aa  48.9  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.387067  normal  0.180175 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0644  ComE operon protein 2  35.48 
 
 
161 aa  49.3  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000470948  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0947  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  27.08 
 
 
200 aa  48.9  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.244959 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2482  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  39.13 
 
 
164 aa  48.9  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000398505  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2391  putative ComE operon protein 2  41.18 
 
 
156 aa  48.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0828  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.7 
 
 
174 aa  47.8  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1816  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.76 
 
 
144 aa  47.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.468453  normal  0.80703 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1891  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  38.33 
 
 
177 aa  47.4  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.351382  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1704  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  33.87 
 
 
150 aa  47  0.0008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.677481  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0827  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.7 
 
 
174 aa  47  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1204  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.88 
 
 
143 aa  46.2  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0824  cytosine deaminase  35.05 
 
 
140 aa  45.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.385917  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1624  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.07 
 
 
174 aa  46.2  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.526387  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4176  ComE operon protein 2  37.74 
 
 
154 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000229271  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4494  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  41.18 
 
 
153 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.093103  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2215  cytidine/deoxycytidylate deaminase (dCMP deaminase)  39.22 
 
 
159 aa  45.4  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0202  deoxycytidylate deaminase  35.85 
 
 
162 aa  45.1  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.131565 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0433  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40 
 
 
148 aa  45.4  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1322  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  36.76 
 
 
166 aa  45.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0726  deoxycytidylate deaminase, putative  36.67 
 
 
187 aa  44.7  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.837477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1200  deoxycytidylate deaminase-like protein  23.08 
 
 
187 aa  44.3  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>