44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1407 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1407  hypothetical protein  100 
 
 
166 aa  347  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.246502 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4848  Protein of unknown function DUF1790  81.93 
 
 
166 aa  298  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2513  hypothetical protein  83.73 
 
 
166 aa  296  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.31273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3881  hypothetical protein  83.13 
 
 
179 aa  295  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.832488  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4170  hypothetical protein  80.72 
 
 
166 aa  289  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1744  hypothetical protein  78.92 
 
 
166 aa  283  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111746 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3105  hypothetical protein  84.34 
 
 
179 aa  280  6.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2546  hypothetical protein  56.63 
 
 
166 aa  204  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4947  hypothetical protein  55.7 
 
 
169 aa  203  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.399738  hitchhiker  0.000000153474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2148  hypothetical protein  54.22 
 
 
166 aa  201  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.8454  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1137  Protein of unknown function DUF1790  55.84 
 
 
166 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00643359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2264  hypothetical protein  54.61 
 
 
167 aa  196  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.652496 
 
 
-
 
NC_004310  BR1525  hypothetical protein  52.41 
 
 
220 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1475  hypothetical protein  52.41 
 
 
243 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0717176  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1376  Protein of unknown function DUF1790  51.57 
 
 
167 aa  193  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2756  Protein of unknown function DUF1790  50.6 
 
 
166 aa  193  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0854  hypothetical protein  50.94 
 
 
167 aa  193  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3019  Protein of unknown function DUF1790  50.6 
 
 
166 aa  193  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2250  hypothetical protein  51.81 
 
 
166 aa  191  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.338275  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1641  hypothetical protein  51.81 
 
 
166 aa  191  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4064  Protein of unknown function DUF1790  50.63 
 
 
168 aa  187  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3770  hypothetical protein  50.63 
 
 
168 aa  187  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.465916  normal  0.757189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4025  Protein of unknown function DUF1790  50 
 
 
168 aa  187  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.377233  normal  0.351333 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3169  hypothetical protein  49.4 
 
 
166 aa  185  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1259  hypothetical protein  52.2 
 
 
166 aa  185  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00906465 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0991  hypothetical protein  46.84 
 
 
166 aa  166  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0359037  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3280  hypothetical protein  46.1 
 
 
166 aa  165  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1096  Protein of unknown function DUF1790  45.16 
 
 
167 aa  157  8e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.820328  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2703  hypothetical protein  43.23 
 
 
167 aa  153  9e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.600419  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0763  hypothetical protein  43.51 
 
 
167 aa  140  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.396097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0676  hypothetical protein  38.96 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.298237  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0622  hypothetical protein  36.75 
 
 
166 aa  133  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4471  hypothetical protein  38.46 
 
 
170 aa  130  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.39855  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0039  hypothetical protein  40.28 
 
 
152 aa  130  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.158376  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1141  hypothetical protein  37.25 
 
 
167 aa  129  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1322  hypothetical protein  35.71 
 
 
167 aa  122  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19423  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2646  hypothetical protein  35.06 
 
 
176 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.364701  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2199  hypothetical protein  33.73 
 
 
166 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00724399  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3363  hypothetical protein  35.71 
 
 
173 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3008  hypothetical protein  34.73 
 
 
167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719619  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3330  hypothetical protein  33.77 
 
 
167 aa  115  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.635014  normal  0.855915 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3255  hypothetical protein  29.08 
 
 
153 aa  45.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0701128  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1940  hypothetical protein  26.67 
 
 
151 aa  42.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.473224  normal  0.0765452 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1465  hypothetical protein  26 
 
 
168 aa  41.6  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.344519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>