215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1168 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1168  microcompartments protein  100 
 
 
93 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0908  microcompartments protein  95.65 
 
 
92 aa  149  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0210  microcompartments protein  76.4 
 
 
100 aa  140  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1741  microcompartments protein  74.12 
 
 
96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1749  microcompartments protein  67.39 
 
 
93 aa  129  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0905  microcompartments protein  77.78 
 
 
98 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196453  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1955  microcompartments protein  79.78 
 
 
93 aa  122  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4097  microcompartments protein  76.4 
 
 
93 aa  121  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2215  propanediol utilization protein PduA  78.65 
 
 
94 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2161  propanediol utilization protein PduA  78.65 
 
 
94 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2374  propanediol utilization protein PduA  78.65 
 
 
94 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2208  propanediol utilization protein PduA  78.65 
 
 
94 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151925  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2261  propanediol utilization protein PduA  78.65 
 
 
94 aa  120  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.558848  normal  0.158414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2279  propanediol utilization protein PduA  77.53 
 
 
94 aa  120  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.176891  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3264  microcompartments protein  73.33 
 
 
95 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2215  propanediol utilization protein PduJ  79.07 
 
 
91 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2381  propanediol utilization protein PduJ  79.07 
 
 
91 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2222  propanediol utilization protein PduJ  79.07 
 
 
91 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.68551  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2268  propanediol utilization protein PduJ  79.07 
 
 
91 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.739069  normal  0.0436831 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2168  propanediol utilization protein PduJ  79.07 
 
 
91 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2641  microcompartments protein  71.43 
 
 
96 aa  117  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1182  microcompartments protein  68.89 
 
 
164 aa  117  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1411  microcompartments protein  72.22 
 
 
96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1368  microcompartments protein  72.09 
 
 
94 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4890  microcompartments protein  72.22 
 
 
95 aa  113  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2286  propanediol utilization protein PduJ  77.01 
 
 
91 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4030  microcompartments protein  75.29 
 
 
104 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.441101  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1039  microcompartments protein  72.22 
 
 
91 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3278  microcompartment protein  67.39 
 
 
94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0896  ethanolamine utilization protein EutM  68.89 
 
 
96 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0075  microcompartments protein  73.86 
 
 
99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1430  microcompartments protein  70.79 
 
 
94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1165  microcompartments protein  78.89 
 
 
97 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.128739  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5815  microcompartments protein  61.63 
 
 
99 aa  111  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.588526  normal  0.838674 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1043  microcompartments protein  74.12 
 
 
97 aa  110  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1299  microcompartments protein  71.11 
 
 
95 aa  110  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3270  ethanolamine utilization protein eutM precursor  71.76 
 
 
92 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0501  putative carboxysome structural-like protein  72.94 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4907  microcompartments protein  58.06 
 
 
96 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0357  microcompartments protein  71.11 
 
 
96 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0358  microcompartments protein  71.91 
 
 
92 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1038  microcompartments protein  72.94 
 
 
91 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3281  microcompartments protein  57.3 
 
 
96 aa  105  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0205  microcompartments protein  71.26 
 
 
96 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2645  carboxysome shell protein CsoS1A  61.11 
 
 
101 aa  103  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0126  microcompartments protein  61.11 
 
 
107 aa  103  7e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0125  microcompartments protein  61.11 
 
 
103 aa  103  8e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0124  microcompartments protein  61.11 
 
 
103 aa  103  8e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2646  carboxysome shell protein, CsoS1C  61.11 
 
 
99 aa  103  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1685  carboxysome shell peptide  58.89 
 
 
98 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0523027  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4472  microcompartments protein  59.77 
 
 
102 aa  102  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.518185  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1383  microcompartments protein  58.89 
 
 
98 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1683  carboxysome shell peptide  60 
 
 
112 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373595  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1684  carboxysome shell peptide  60 
 
 
100 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0610381  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1373  microcompartments protein  59.77 
 
 
103 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1233  microcompartments protein  65.12 
 
 
125 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1382  microcompartments protein  60 
 
 
98 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1865  microcompartments protein  59.77 
 
 
102 aa  102  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1381  microcompartments protein  60 
 
 
112 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.640555  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1621  microcompartments protein  59.77 
 
 
103 aa  101  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.540022  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1596  microcompartments protein  59.77 
 
 
103 aa  101  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0915  microcompartments protein  58.89 
 
 
98 aa  101  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0916  microcompartments protein  58.89 
 
 
98 aa  100  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0866  microcompartments protein  58.89 
 
 
104 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.457489  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3852  microcompartments protein  57.47 
 
 
103 aa  100  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0791445 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1232  microcompartments protein  63.22 
 
 
98 aa  100  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3195  carboxysome structural peptide CsoS1B  58.89 
 
 
112 aa  100  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3197  carboxysome shell protein, CsoS1C  59.55 
 
 
99 aa  100  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.452211  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2644  carboxysome structural peptide CsoS1B  60.67 
 
 
124 aa  100  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1421  putative carboxysome assembly protein  58.62 
 
 
102 aa  100  8e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00194265  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1618  microcompartments protein  58.62 
 
 
102 aa  100  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1622  microcompartments protein  59.77 
 
 
111 aa  99.4  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.392894  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4471  microcompartments protein  58.62 
 
 
114 aa  99.8  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3196  carboxysome structural peptide CsoS1B  59.55 
 
 
97 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.446917  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0865  microcompartments protein  58.43 
 
 
97 aa  99.4  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4338  carboxysome structural polypeptide  60 
 
 
99 aa  99.4  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0864  microcompartments protein  58.43 
 
 
99 aa  99.4  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.465845  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1597  microcompartments protein  59.77 
 
 
111 aa  99.4  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2647  major carboxysome shell protein 1C (carbon dioxide concentrating mechanism protein)  58.24 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1878  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1980  carboxysome structural peptide CsoS1B  58.89 
 
 
113 aa  99  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1615  carboxysome shell peptide, CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0557247  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0751  carboxysome shell peptide, CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.362237 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0758  carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmK  56.67 
 
 
178 aa  99  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.531252  normal  0.131519 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0549  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06051  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0748449  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06131  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.172754  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06031  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.207245  normal  0.289857 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08071  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05751  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05511  carboxysome shell protein CsoS1  61.54 
 
 
103 aa  99  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1371  microcompartments protein  59.77 
 
 
112 aa  98.6  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1213  microcompartments protein  60.47 
 
 
97 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4339  carboxysome structural peptide CsoS1B  58.89 
 
 
115 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02310  hypothetical protein  60.47 
 
 
97 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1372  microcompartments protein  58.62 
 
 
103 aa  98.2  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2586  ethanolamine utilization protein EutM  60.47 
 
 
97 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2734  ethanolamine utilization protein EutM  60.47 
 
 
97 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2823  ethanolamine utilization protein EutM  60.47 
 
 
97 aa  98.6  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2603  ethanolamine utilization protein EutM  60.47 
 
 
97 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>