More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1127 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1127  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  100 
 
 
366 aa  711    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0664983  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3040  2-alkenal reductase  58.45 
 
 
375 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0397571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2249  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  56.75 
 
 
388 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.637254  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3217  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  56.08 
 
 
387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.557937  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0793  2-alkenal reductase  58.45 
 
 
376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.323454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4798  2-alkenal reductase  58.73 
 
 
381 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.326499 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5265  2-alkenal reductase  58.73 
 
 
381 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5341  2-alkenal reductase  58.47 
 
 
381 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3736  2-alkenal reductase  57.26 
 
 
399 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4575  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  57.11 
 
 
375 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.059957  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1396  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  46.2 
 
 
372 aa  288  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0139255  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6645  HtrA2 peptidase  46.41 
 
 
469 aa  280  4e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00239269 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0187  2-alkenal reductase  44.38 
 
 
375 aa  278  8e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.775579  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1725  serine protease, putative  46.08 
 
 
374 aa  277  2e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.736757  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0558  DegP2 peptidase  43.22 
 
 
368 aa  276  4e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0382  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  45.99 
 
 
377 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.34875  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2947  2-alkenal reductase  48.7 
 
 
374 aa  272  5.000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0614  2-alkenal reductase  48.49 
 
 
383 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2308  2-alkenal reductase  45.14 
 
 
383 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4914  serine protease  46.2 
 
 
374 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3420  DegP2 peptidase  44.2 
 
 
383 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1158  DegP2 peptidase  45.41 
 
 
384 aa  266  4e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3387  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  44.05 
 
 
384 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.848439  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1540  protease  48.44 
 
 
344 aa  256  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.107774  normal  0.168358 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46320  serine peptidase  46.55 
 
 
365 aa  255  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.497554  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0935  hypothetical protein  41.31 
 
 
363 aa  244  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2015  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  41.95 
 
 
383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0965  hypothetical protein  41.31 
 
 
363 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2130  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  42.45 
 
 
368 aa  232  6e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2411  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  40.76 
 
 
366 aa  222  6e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3611  2-alkenal reductase  40.98 
 
 
396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.249525  normal  0.817359 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3737  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  39.88 
 
 
399 aa  219  7.999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46875  predicted protein  39.07 
 
 
466 aa  216  7e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_3562  predicted protein  37.99 
 
 
329 aa  209  4e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31732  predicted protein  39.88 
 
 
368 aa  209  8e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1146  2-alkenal reductase  37.02 
 
 
374 aa  206  5e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0676  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  37.4 
 
 
426 aa  206  5e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.146995  normal  0.128944 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0594  2-alkenal reductase  34.13 
 
 
379 aa  202  7e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1750  2-alkenal reductase  39.58 
 
 
418 aa  200  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.137948  normal  0.435495 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2119  2-alkenal reductase  39.94 
 
 
418 aa  198  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2857  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  39.82 
 
 
394 aa  196  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.122647  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1966  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  37.69 
 
 
425 aa  196  7e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000431561  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  39.78 
 
 
462 aa  188  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00160  serine endoprotease (protease Do), membrane-associated  38.52 
 
 
474 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3441  protease Do  38.52 
 
 
474 aa  186  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0154  serine endoprotease  38.52 
 
 
474 aa  186  6e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0165  serine endoprotease  38.52 
 
 
474 aa  186  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0166  serine endoprotease  38.52 
 
 
474 aa  186  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3498  serine endoprotease  38.52 
 
 
474 aa  186  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0173  serine endoprotease  38.52 
 
 
474 aa  186  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2948  serine endoprotease  35.01 
 
 
478 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4415  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  36.45 
 
 
387 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1305  2-alkenal reductase  34.24 
 
 
389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0232  serine endoprotease  38.85 
 
 
475 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0586414  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0230  serine endoprotease  38.85 
 
 
478 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0248  serine endoprotease  38.85 
 
 
478 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0229  serine endoprotease  38.85 
 
 
475 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0246  serine endoprotease  38.85 
 
 
475 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3540  serine endoprotease  36.92 
 
 
451 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3539  serine endoprotease  36.92 
 
 
455 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0314705  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3708  serine endoprotease  36.92 
 
 
455 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0987273  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3611  serine endoprotease  36.92 
 
 
455 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.40714  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3646  serine endoprotease  36.92 
 
 
455 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3659  2-alkenal reductase  37 
 
 
341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149627  normal  0.297116 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0171  serine endoprotease  38.16 
 
 
474 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0701  serine endoprotease  37.1 
 
 
496 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0504  peptidase S1C, Do  35.28 
 
 
453 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0524175  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2259  protease Do  38.38 
 
 
492 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.661037  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004514  outer membrane stress sensor protease DegQ  37.31 
 
 
455 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00186375  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00159  hypothetical protein  37.81 
 
 
474 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1007  protease Do  35.62 
 
 
453 aa  180  4e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000215082  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0879  protease Do  33.07 
 
 
476 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3530  serine endoprotease  35.38 
 
 
455 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00269541  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1673  2-alkenal reductase  38.21 
 
 
381 aa  179  7e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03094  serine endoprotease, periplasmic  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.587237  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0472  protease Do  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00978488  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3542  serine endoprotease  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0472  serine endoprotease  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0649674  normal  0.0819783 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3423  serine endoprotease  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000412048  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03045  hypothetical protein  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.471822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3717  serine endoprotease  35.38 
 
 
455 aa  179  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000159943  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3226  2-alkenal reductase  35.24 
 
 
403 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4551  serine endoprotease  35.38 
 
 
455 aa  179  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00837947  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7809  serine protease do-like precursor  33.51 
 
 
473 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0707872  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0324  HtrA2 peptidase  33.69 
 
 
413 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  36.39 
 
 
483 aa  178  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  36.39 
 
 
483 aa  178  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3598  protease Do  37.94 
 
 
451 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133395  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  33.25 
 
 
487 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0935  2-alkenal reductase  38.12 
 
 
400 aa  176  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000784268  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0197  HtrA2 peptidase  33.16 
 
 
369 aa  176  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2700  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  39.27 
 
 
387 aa  175  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  hitchhiker  0.000142466 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0424  2-alkenal reductase  36.27 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.943038  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3955  peptidase S1, chymotrypsin:PDZ/DHR/GLGF  32.63 
 
 
481 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  35.14 
 
 
457 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0769  endopeptidase  33.69 
 
 
451 aa  174  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1101  PDZ/DHR/GLGF  38.38 
 
 
385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0133  2-alkenal reductase  34.33 
 
 
392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.14619 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1196  protease Do  33.69 
 
 
451 aa  174  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0073  2-alkenal reductase  39.72 
 
 
459 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0754695 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>