More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1081 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1081  pyruvate formate-lyase activating  100 
 
 
267 aa  550  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.257983  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2981  pyruvate formate-lyase activating  99.63 
 
 
267 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.743712  normal  0.290746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2097  radical SAM family protein  63.39 
 
 
264 aa  301  9e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1542  pyruvate formate-lyase activating enzyme  58.58 
 
 
259 aa  290  2e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00863407  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16340  pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme  51.39 
 
 
287 aa  259  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.243728  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1722  pyruvate formate-lyase activating enzyme  50.38 
 
 
293 aa  250  2e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461343  normal  0.162758 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2837  pyruvate formate-lyase activating enzyme  49.39 
 
 
255 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.128251 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1894  pyruvate formate-lyase activating enzyme  51.59 
 
 
334 aa  245  4.9999999999999997e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.703525  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2999  radical SAM family protein  54.2 
 
 
265 aa  245  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0890  pyruvate formate-lyase activating  50.21 
 
 
275 aa  244  6.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.999298  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2417  pyruvate formate-lyase activating enzyme  53.91 
 
 
281 aa  243  3e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000163232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0425  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  43.21 
 
 
243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0421  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  43.21 
 
 
243 aa  232  6e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  42.8 
 
 
243 aa  231  7.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  42.8 
 
 
243 aa  231  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  42.8 
 
 
243 aa  231  7.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0566  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  43.21 
 
 
243 aa  231  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0564  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  43.21 
 
 
243 aa  231  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0692  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  41.18 
 
 
293 aa  230  2e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.104164  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0427  pyruvate formate-lyase activating enzyme  43.62 
 
 
243 aa  230  2e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  44.17 
 
 
247 aa  229  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2884  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  44.86 
 
 
246 aa  229  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00506631  hitchhiker  0.00000444162 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  42.8 
 
 
243 aa  228  9e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0885  pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme  41.54 
 
 
293 aa  228  1e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2219  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.33 
 
 
246 aa  226  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.542279 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0980  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.15 
 
 
265 aa  226  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2426  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.86 
 
 
255 aa  226  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0764987  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00906  pyruvate formate lyase activating enzyme 1  43.33 
 
 
246 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.84876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2741  pyruvate formate-lyase activating enzyme  43.33 
 
 
246 aa  226  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00913  hypothetical protein  43.33 
 
 
246 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1008  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.33 
 
 
246 aa  226  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.312248  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1063  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.33 
 
 
246 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2694  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.33 
 
 
246 aa  226  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.489101 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1671  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.44 
 
 
246 aa  225  6e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0803873  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1034  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.96 
 
 
265 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal  0.712061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1068  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.96 
 
 
265 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.763935 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1083  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.96 
 
 
265 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.704189  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2474  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.57 
 
 
245 aa  225  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0975  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.96 
 
 
265 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462536  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1003  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.96 
 
 
265 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0513  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  42.39 
 
 
243 aa  224  9e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3207  pyruvate formate-lyase activating enzyme  51.59 
 
 
267 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000377553  hitchhiker  0.000844358 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1707  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.21 
 
 
246 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0231805 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3391  pyruvate formate-lyase activating enzyme  42.5 
 
 
249 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2391  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.85 
 
 
246 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.227753  normal  0.208715 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  41.15 
 
 
243 aa  221  8e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1493  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.21 
 
 
246 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0621061  normal  0.601453 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1497  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  44.03 
 
 
246 aa  221  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2913  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  43.03 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1422  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.08 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1560  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.8 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0861855  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1554  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.8 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.202343 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0297  pyruvate formate-lyase activating enzyme  45.06 
 
 
247 aa  219  3e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1397  pyruvate formate-lyase activating enzyme  51.22 
 
 
310 aa  219  3e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.559642 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2719  pyruvate formate-lyase activating enzyme  46.86 
 
 
241 aa  217  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  42.37 
 
 
246 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  42.62 
 
 
238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2679  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  39.76 
 
 
265 aa  215  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1701  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.25 
 
 
246 aa  215  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.276107 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1953  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.98 
 
 
245 aa  215  7e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.21 
 
 
246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1996  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  40.42 
 
 
246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1728  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  40.42 
 
 
246 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  40.43 
 
 
240 aa  212  5.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2591  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  40.51 
 
 
244 aa  211  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1618  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  40.51 
 
 
244 aa  211  7e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344326  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2245  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  40 
 
 
246 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.53 
 
 
246 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.11 
 
 
246 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.39 
 
 
246 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2346  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  39.58 
 
 
246 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1693  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.56 
 
 
246 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00927712  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2407  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  42.74 
 
 
245 aa  208  8e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2691  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.56 
 
 
246 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00335137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2770  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  41.56 
 
 
246 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.789492  normal  0.831123 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1147  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  44.02 
 
 
246 aa  206  4e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.223371  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1605  pyruvate-formate lyase activating enzyme  42.21 
 
 
266 aa  204  1e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1398  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  42.86 
 
 
262 aa  199  5e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1357  pyruvate formate-lyase activating enzyme  40 
 
 
235 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1170  pyruvate formate-lyase activating enzyme  40 
 
 
235 aa  198  7e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.763287  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0038  pyruvate formate-lyase activating enzyme  42.6 
 
 
229 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  42.99 
 
 
250 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1999  pyruvate-formate lyase activating enzyme  37.4 
 
 
263 aa  185  9e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.637211  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2365  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  38.87 
 
 
251 aa  178  9e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1049  pyruvate formate lyase activating enzyme  35.74 
 
 
246 aa  175  8e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0211  pyruvate formate-lyase activating enzyme  40.4 
 
 
251 aa  171  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0217  pyruvate formate-lyase activating enzyme  40.4 
 
 
251 aa  171  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01544  pyruvate formate-lyase 1 activating enzyme  37.38 
 
 
215 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0654  pyruvate formate-lyase activating enzyme  38.77 
 
 
260 aa  161  9e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00347583  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36094  predicted protein  33.72 
 
 
324 aa  142  8e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3029  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.47 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  36.93 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  30.8 
 
 
297 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.03 
 
 
305 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1175  glycyl-radical activating family protein  33.33 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0579151  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.53 
 
 
304 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0325  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  28.69 
 
 
258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.719518  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.77 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  34.45 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.46 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>