62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0540 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3700  cobalt chelatase, pCobT subunit  68.64 
 
 
634 aa  834    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0079  cobaltochelatase, CobT subunit  51.8 
 
 
631 aa  646    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7564  aerobic cobaltochelatase subunit CobT  86.26 
 
 
633 aa  1107    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1945  cobaltochelatase, CobT subunit  60.61 
 
 
637 aa  738    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.290424  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2329  cobalt chelatase, pCobT subunit  57.21 
 
 
612 aa  644    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.287563 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2559  cobalt chelatase, pCobT subunit  60.71 
 
 
631 aa  767    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.921544  normal  0.478832 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0915  cobalt chelatase, pCobT subunit  60.06 
 
 
637 aa  726    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1712  cobalt chelatase, pCobT subunit  60.55 
 
 
638 aa  738    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.220052  normal  0.634495 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1878  cobalt chelatase, pCobT subunit  67.48 
 
 
637 aa  825    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3229  cobalt chelatase, pCobT subunit  66.4 
 
 
635 aa  820    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.754717 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4144  cobalt chelatase, pCobT subunit  58.01 
 
 
647 aa  684    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  0.713122 
 
 
-
 
NC_004310  BR2021  cobalamin biosynthesis protein, putative  61.27 
 
 
633 aa  737    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.295725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6497  cobalt chelatase, pCobT subunit  68.66 
 
 
630 aa  836    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15318  decreased coverage  0.00510889 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3426  cobalt chelatase, pCobT subunit  65.58 
 
 
640 aa  808    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.23963  normal  0.334691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3424  cobalt chelatase, pCobT subunit  67.2 
 
 
636 aa  819    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0497  cobalt chelatase, pCobT subunit  90.19 
 
 
634 aa  1155    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3590  cobalt chelatase, pCobT subunit  58.18 
 
 
633 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.94588  normal  0.603807 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0317  cobalt chelatase, pCobT subunit  65.83 
 
 
644 aa  834    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0168476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3553  cobalt chelatase, pCobT subunit  66.4 
 
 
635 aa  820    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.705599 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6738  cobalt chelatase, pCobT subunit  68.38 
 
 
632 aa  816    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4045  cobaltochelatase CobT subunit  61 
 
 
633 aa  745    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.439387  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3883  cobalt chelatase, pCobT subunit  60.25 
 
 
633 aa  751    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2191  cobalt chelatase, pCobT subunit  56.41 
 
 
620 aa  644    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.382262  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0540  cobalt chelatase, pCobT subunit  100 
 
 
633 aa  1285    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.263292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0543  cobalt chelatase, pCobT subunit  91.94 
 
 
631 aa  1186    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0404  cobalt chelatase, CobT subunit  84.94 
 
 
635 aa  1095    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.167561  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0286  cobalt chelatase, pCobT subunit  90.97 
 
 
631 aa  1163    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.349467 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0499  cobalt chelatase, pCobT subunit  85.6 
 
 
645 aa  1100    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3071  cobalt chelatase, pCobT subunit  61.85 
 
 
631 aa  752    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.567265  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2287  cobalt chelatase, pCobT subunit  56.01 
 
 
632 aa  625  1e-178  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2742  cobalt chelatase, CobT subunit  53.24 
 
 
626 aa  608  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178687  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2719  aerobic cobaltochelatase subunit cobT  51.54 
 
 
624 aa  605  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1976  aerobic cobalt chelatase, CobT subunit  53.63 
 
 
619 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0684  cobaltochelatase  53.63 
 
 
619 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0115  cobalt chelatase, pCobT subunit  52.31 
 
 
633 aa  596  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.102217  normal  0.0675463 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2389  cobalt chelatase, pCobT subunit  55.04 
 
 
604 aa  598  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0642  cobalt chelatase, CobT subunit  52.03 
 
 
607 aa  590  1e-167  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0619466 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0642  cobalt chelatase, CobT subunit  50.65 
 
 
625 aa  587  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0589223  normal  0.0701901 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3073  cobaltochelatase  52.67 
 
 
619 aa  588  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0207  cobalt chelatase, CobT subunit  51.58 
 
 
633 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1711  cobalt chelatase, pCobT subunit  53.64 
 
 
622 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0221  Cobaltochelatase  49.12 
 
 
622 aa  522  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.435346  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3828  Cobaltochelatase  34.24 
 
 
577 aa  259  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1995  cobaltochelatase  32.73 
 
 
563 aa  254  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.314181  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0688  putative cobalamin biosynthesis cobT protein  32.83 
 
 
574 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.811064  normal  0.437479 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4366  Cobaltochelatase  33.16 
 
 
578 aa  243  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.639758 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6208  cobaltochelatase  31.38 
 
 
577 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215105  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1996  cobalamin biosynthesis protein CobT  32.96 
 
 
610 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.605161  normal  0.780234 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4519  cobaltochelatase  30.59 
 
 
573 aa  209  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.847873  normal  0.518328 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3756  CobT protein  31.7 
 
 
573 aa  209  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.799605  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5309  von Willebrand factor type A  30.84 
 
 
582 aa  107  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1300  putative cobalamin biosynthesis protein cobT  30.24 
 
 
584 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00926856  normal  0.404271 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7220  putative cobalamin biosynthesis protein, CobT  31.62 
 
 
567 aa  96.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.557339  normal 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0109  cobT family protein  29 
 
 
788 aa  94  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  9.49872e-80  unclonable  2.67705e-133 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1265  Cobalamin biosynthesis protein CobT (nicotinate- mononucleotide:5 6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase)-like protein  26.83 
 
 
599 aa  47.8  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0237592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3435  von Willebrand factor, type A  22.54 
 
 
547 aa  47.8  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.919392  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2920  von Willebrand factor, type A  22.54 
 
 
547 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0347292  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2614  von Willebrand factor, type A  29.38 
 
 
533 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.908666  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0978  hypothetical protein  25.29 
 
 
629 aa  45.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.827084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0265  von Willebrand factor type A  24.44 
 
 
572 aa  44.3  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1498  hypothetical protein  22.58 
 
 
628 aa  44.7  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239548  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1469  hypothetical protein  22.58 
 
 
628 aa  44.7  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>