186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0443 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0443  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
476 aa  936    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0161  twin-arginine translocation pathway signal  69.18 
 
 
474 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0209  amine oxidoreductase domain-containing protein  71.4 
 
 
469 aa  589  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0048  twin-arginine translocation pathway signal  67.92 
 
 
476 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708369  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0035  amine oxidase  63.28 
 
 
485 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0063  amine oxidase  64.05 
 
 
480 aa  544  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.203976 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0071  twin-arginine translocation pathway signal  65.4 
 
 
504 aa  533  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0204  amine oxidase  42.62 
 
 
463 aa  274  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423387  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0203  amine oxidase  44.55 
 
 
450 aa  267  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14169  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2453  amine oxidase  36.79 
 
 
425 aa  195  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.950724  normal  0.0836974 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0575  amine oxidase  36.47 
 
 
442 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0104  amine oxidase  34.84 
 
 
422 aa  167  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0698  amine oxidase  35.77 
 
 
414 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613915  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0585  amine oxidase  35.51 
 
 
442 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1419  amine oxidase  37.44 
 
 
419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413429  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0613  amine oxidase  33.74 
 
 
419 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.490888  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0413  amine oxidase  34.45 
 
 
422 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0489  amine oxidase  35.51 
 
 
456 aa  160  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0261  hypothetical protein  34.03 
 
 
415 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.794532  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5306  amine oxidase  34.09 
 
 
409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2690  amine oxidase  34.62 
 
 
458 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0389849  normal  0.435459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2233  amine oxidase  35.18 
 
 
434 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0743875 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0549  amine oxidase  32.37 
 
 
450 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.281302  normal  0.915784 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1664  amine oxidase  33.92 
 
 
422 aa  144  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155004  normal  0.105212 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0744  amine oxidase  31.33 
 
 
420 aa  143  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0115844 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4367  amine oxidase  34.47 
 
 
463 aa  143  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5659  amine oxidase  33.98 
 
 
422 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436535  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0038  amine oxidase  31.14 
 
 
413 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6595  amine oxidase  35.42 
 
 
423 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000326859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4843  amine oxidase  33.25 
 
 
420 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1155  hypothetical protein  26.11 
 
 
495 aa  131  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5276  amine oxidase  31.84 
 
 
424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1160  hypothetical protein  26.7 
 
 
495 aa  128  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4388  amine oxidase  31.64 
 
 
445 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.48846  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0785  amine oxidase  32.65 
 
 
417 aa  126  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0940413  normal  0.297014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0377  amine oxidase  33.66 
 
 
457 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0312  amine oxidase  32.5 
 
 
430 aa  124  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1769  amine oxidase  29.77 
 
 
412 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.998946  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4715  amine oxidase  29.52 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3036  amine oxidase  34.85 
 
 
439 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4699  amine oxidase  30.09 
 
 
445 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0922876  normal  0.472473 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1384  amine oxidase  31.59 
 
 
429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2074  amine oxidase  28.51 
 
 
479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1418  polyamine oxidase  26.59 
 
 
436 aa  113  9e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.103525  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2278  amine oxidase  30.09 
 
 
435 aa  111  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.682646 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1319  amine oxidase  28.63 
 
 
470 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1349  amine oxidase  27.79 
 
 
468 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4579  amine oxidase  30.65 
 
 
438 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130535  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2283  Polyamine oxidase  29.21 
 
 
427 aa  103  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.844558 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4710  amine oxidase  30.09 
 
 
481 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173844  normal  0.0970024 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_42289  amine oxidase  26.97 
 
 
628 aa  93.6  7e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.317329  decreased coverage  0.00000000282984 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1467  amine oxidase  27.38 
 
 
463 aa  92  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188757  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1822  amine oxidase  28.47 
 
 
445 aa  80.9  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2925  amine oxidase  30.75 
 
 
418 aa  79  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183611  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2535  amine oxidase  30.66 
 
 
429 aa  75.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2955  amine oxidase  28.33 
 
 
413 aa  75.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000016357  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2472  amine oxidase  25.29 
 
 
459 aa  68.2  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1280  amine oxidase  24.94 
 
 
433 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30688  amine oxidase  27.16 
 
 
1199 aa  67.8  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.602004 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06658  flavin containing polyamine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03510)  24.45 
 
 
536 aa  65.1  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.182585  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1963  amine oxidase  28.09 
 
 
446 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.144326  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3628  amine oxidase  26.98 
 
 
465 aa  63.5  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.533226  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4155  amine oxidase (flavin-containing)  27.14 
 
 
465 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326684  normal  0.0591967 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57813  predicted protein  44.87 
 
 
494 aa  60.8  0.00000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.266253  normal  0.196096 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05890  conserved hypothetical protein  25.81 
 
 
492 aa  59.3  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.314478  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2620  amine oxidase  28.6 
 
 
451 aa  59.7  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.794942  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3468  amine oxidase  28.13 
 
 
436 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.43202  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_30946  predicted protein  22.52 
 
 
484 aa  58.2  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00734662  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0521  hypothetical protein  25.23 
 
 
496 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0455  amine oxidase  23.7 
 
 
624 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4331  Amine oxidase (flavin-containing)  24.72 
 
 
498 aa  56.6  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0789189 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4441  Amine oxidase (flavin-containing)  24.72 
 
 
498 aa  56.6  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.358617 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03580  lysine-specific histone demethylase Aof2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13000)  29.65 
 
 
1274 aa  56.6  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.506255  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1230  amine oxidase (flavin-containing)  39.24 
 
 
457 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.333981  normal  0.164061 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05276  Putative monoamine oxidasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B2F4]  41.18 
 
 
492 aa  55.1  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5286  amine oxidase  22.48 
 
 
592 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.456502  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5578  amine oxidase (flavin-containing)  38.75 
 
 
456 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3282  amine oxidase  40.4 
 
 
451 aa  54.3  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.13115  normal  0.103215 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46399  predicted protein  23.48 
 
 
408 aa  53.9  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0389  amine oxidase  25.91 
 
 
449 aa  53.9  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.22597  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1866  amine oxidase  43.59 
 
 
447 aa  53.9  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.591896  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1556  amine oxidase (flavin-containing)  44.3 
 
 
450 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1580  amine oxidase (flavin-containing)  44.3 
 
 
450 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5634  amine oxidase, flavin-containing  27.78 
 
 
407 aa  53.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0493824  normal  0.227831 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6833  amine oxidase  24.38 
 
 
532 aa  52.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.574218  normal  0.40808 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0040  amine oxidase  25.25 
 
 
463 aa  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05480  hypothetical protein  27.86 
 
 
496 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2259  amine oxidase  40.51 
 
 
459 aa  52.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00770255  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1454  amine oxidase  31.27 
 
 
456 aa  52.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.162575  normal  0.372865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4856  amine oxidase  23.93 
 
 
619 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314626  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4983  amine oxidase  23.93 
 
 
619 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26240  monoamine oxidase  58.14 
 
 
418 aa  52  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.67782  normal  0.0649912 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0838  Putrescine oxidase  45.16 
 
 
463 aa  51.6  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.272774  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2643  amine oxidase  36.05 
 
 
516 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.686426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5074  amine oxidase, flavin-containing protein  23.06 
 
 
625 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23230  Flavin containing amine oxidoreductase  60.47 
 
 
415 aa  51.2  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.807494  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3473  amine oxidase  33.72 
 
 
516 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1906  FAD dependent oxidoreductase  44.64 
 
 
351 aa  50.4  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.118317  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48603  flavin-containing amine oxidase  24.15 
 
 
600 aa  50.4  0.00008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.871635  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10320  monoamine oxidase  39.81 
 
 
510 aa  50.1  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>