61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0368 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0368  hypothetical protein  100 
 
 
378 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.992488 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0565  hypothetical protein  70.88 
 
 
370 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.866851  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0145  hypothetical protein  70.28 
 
 
371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0706  hypothetical protein  71.82 
 
 
373 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0005  hypothetical protein  59.31 
 
 
377 aa  371  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00809476  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0015  hypothetical protein  58.06 
 
 
380 aa  345  8.999999999999999e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4389  hypothetical protein  36.97 
 
 
361 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2736  hypothetical protein  38.46 
 
 
363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.30564  normal  0.0867479 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2601  hypothetical protein  34.37 
 
 
371 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220305  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0309  hypothetical protein  31.94 
 
 
363 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.631914  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1134  hypothetical protein  32.09 
 
 
376 aa  90.9  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1914  protein of unknown function DUF939  25.64 
 
 
395 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0054  hypothetical protein  25.95 
 
 
338 aa  82  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0097  hypothetical protein  26.71 
 
 
347 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0146368  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0164  hypothetical protein  33.57 
 
 
359 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2884  hypothetical protein  30.34 
 
 
360 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7105  hypothetical protein  30.59 
 
 
350 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.480008 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5794  integral membrane protein, YccS/YhfK family  25.5 
 
 
720 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1951  conserved hypothetical conserved membrane protein  29.94 
 
 
677 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126596  normal  0.313547 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2162  conserved hypothetical conserved membrane protein  29.73 
 
 
679 aa  49.7  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0547772  normal  0.0766716 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6076  membrane protein  27.17 
 
 
600 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0430  membrane protein  28.17 
 
 
364 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0785433  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4804  membrane protein-like protein  31.78 
 
 
352 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2060  fusaric acid resistance protein region  45.71 
 
 
635 aa  47  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.065197  normal  0.166692 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1733  fusaric acid resistance domain protein  27.31 
 
 
679 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.105287  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1611  fusaric acid resistance domain-containing protein  27.31 
 
 
679 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.461133  normal  0.751418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1551  fusaric acid resistance domain protein  27.19 
 
 
679 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2224  membrane protein-like protein  31.76 
 
 
188 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566223  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0973  membrane protein-like protein  31.68 
 
 
189 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0760  hypothetical protein  30.12 
 
 
698 aa  45.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.183091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1992  fusaric acid resistance protein region  29.66 
 
 
702 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.355593  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4120  hypothetical protein  31.1 
 
 
679 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215585  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2821  hypothetical protein  38.67 
 
 
724 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.596664  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1263  fusaric acid resistance protein  30.99 
 
 
676 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16106  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1952  fusaric acid resistance protein region  29.33 
 
 
704 aa  45.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47810  hypothetical protein  29.74 
 
 
679 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112495  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0511  YccS/YhfK family integral membrane protein  23 
 
 
727 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.917341 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0233  membrane protein-like  28.9 
 
 
653 aa  44.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5003  YccS/YhfK family integral membrane protein  23 
 
 
727 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.481214  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5250  intergral membrane protein  22.39 
 
 
727 aa  43.9  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4827  YccS/YhfK family integral membrane protein  23 
 
 
727 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1783  hypothetical protein  28.73 
 
 
364 aa  44.3  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1693  membrane protein-like  31.68 
 
 
188 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2305  membrane protein-like protein  31.68 
 
 
188 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3001  fusaric acid resistance protein region  29.82 
 
 
697 aa  43.9  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4954  integral membrane protein, YccS/YhfK family  23 
 
 
727 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6623  Fusaric acid resistance protein conserved region  26.75 
 
 
700 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4720  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  24.31 
 
 
746 aa  43.5  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0171257  hitchhiker  0.00604484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1538  fusaric acid resistance domain protein  26.85 
 
 
679 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0513426  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1902  fusaric acid resistance domain-containing protein  26.85 
 
 
679 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.48277  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1421  hypothetical membrane spanning protein  24.42 
 
 
377 aa  43.1  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.230954  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2344  membrane protein-like protein  31.08 
 
 
188 aa  43.1  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1484  hypothetical protein  24.42 
 
 
377 aa  43.1  0.008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.356024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5009  membrane protein, TIGR01666  22.5 
 
 
732 aa  43.1  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1306  fusaric acid resistance protein region  28.39 
 
 
644 aa  43.1  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.389506  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3787  fusaric acid resistance protein region  32.77 
 
 
673 aa  42.7  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4581  fusaric acid resistance protein region  32.77 
 
 
673 aa  42.7  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0331097  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2164  Fusaric acid resistance protein conserved region  30.06 
 
 
670 aa  42.7  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2320  fusaric acid resistance protein region  27.42 
 
 
713 aa  42.7  0.009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.300913  normal  0.199301 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5724  fusaric acid resistance protein region  32.77 
 
 
673 aa  42.7  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.367852 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3993  hypothetical protein  25.29 
 
 
356 aa  42.7  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0182739  normal  0.26526 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>